VectorNTI7.0中文使用說明書.doc

Vector NTI7.0 Users Manual軟件包中文翻譯者：宋厚輝（浙江大學(xué)），記住這個偉大的人物吧！前言（Introduction）1. 程序附帶的數(shù)據(jù)庫（Vector NTI database）包括：DNA/RNA、蛋白質(zhì)、內(nèi)切酶、寡核苷酸、凝膠mark。此外程序還提供數(shù)據(jù)庫開發(fā)（Database Explorer）功能，用戶可以自己修改、添加、拷貝感興趣的各類數(shù)據(jù)庫。2. 創(chuàng)建新分子（有四種方法）A 用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT and FASTA、ASCII等格式輸入DNA或氨基酸。B 手工粘帖，然后保存到數(shù)據(jù)庫中C 從其他分子、接頭、載體中剪切、拼接構(gòu)鍵D 從DNA或RNA分子的編碼區(qū)翻譯成蛋白質(zhì)3. 關(guān)于新分子的序列特征圖譜：利用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT or FASTA等格式輸入的分子都能顯示出序列和結(jié)構(gòu)圖，但自己手工粘帖的沒有，需要自己編輯第一章Chapter 1Tutorial: Display Windows（顯示窗口）目的：創(chuàng)建顯示窗口，并對圖、序列和文本進行操作 1.登錄Vector NTI安裝后首次登錄，系統(tǒng)將提示是否允許填充空庫，點OK。這樣DNA molecules, proteins, enzymes, oligos, and gel markers將組成NTI的數(shù)據(jù)庫。并出現(xiàn)下列兩個窗口。 2. 觀察出現(xiàn)的 Vector NTI 工作窗口 和 Database Explorer窗口上面的第一個窗口為工作窗口，由菜單欄和工具條兩欄，移動鼠標到工具欄任意選項處，鼠標自動顯示每個工具條的功能。第二個窗口為exlporinglocal vector NTI database,顯示的是上次打開的DNA/RNA或蛋白分子。3. Create a Display Window for pBR322激活exlporinglocal vector NTI database窗口中的DNA/RNA Molecules (MAIN) 數(shù)據(jù)庫，找到pBR322分子并雙擊打開。顯示如下窗口： 4. 觀察 pBR322 顯示窗口上面的窗口由文本區(qū)（對分子信息的文字描述，雙擊文件夾可以看到）、圖形區(qū)（標住限制性內(nèi)切酶位點等）和序列區(qū)（全序列及酶切位點）三個部分組成。 5. 顯示窗口的管理（通過拖拉標尺，改變窗口、或每個顯示區(qū)的相對大小） 6. 轉(zhuǎn)換 pBR322s 圖形區(qū)：在工具欄左邊的active pane右側(cè)有三個按鈕，用鼠標點當中那個（graphics pane） 7. 對 pBR322s 結(jié)構(gòu)圖進行操作：用戶可以嘗試點擊、，此時圖形的大小會發(fā)生變化。選區(qū)設(shè)定：菜單Editset selection,輸入100bp1000bp,然后OK.可以看到選取在圖形中用扇型框圈了起來.將鼠標移到選取的5端,可以看到,通過拖拉可以延長或縮短選區(qū)范圍,同樣在3端也能做到。如果用戶一次只想移動一個堿基用直接拖拉就可能不方便，假如用戶想在5端移動一個堿基，首先將鼠標放到處，然后按住shift和鍵盤右側(cè)的或箭頭，則按一次箭頭移動一個堿基距離。如果一次想移動10個堿基，則同時按住shift+ctrl+箭頭。如果用戶只是粗略選擇，可以直接將鼠標移到圖中，用十字花拖動。將鼠標移到圖的TCr處，此時鼠標箭頭變成，并顯示TCr代表的含義，如果用戶此時按下鼠標，則TCr的編碼區(qū)將被選中。 8. 檢查 pBR322s nucleotide 序列移動標尺，盡可能將更多的PBR322序列顯示出來，并點擊序列中任何一處?，F(xiàn)在對序列顯示的樣式進行設(shè)定：點擊（Display Setup）按鈕，顯示molecular display setup對話框：用戶可以對序列的顏色、大小、10個一組顯示還是15個一組（默認是10個堿基一組），結(jié)構(gòu)圖的顏色、限制酶切圖譜（注意剛開始顯示的PBR322上限制酶并不多）、ORF、Motif等進行設(shè)置?，F(xiàn)在我們打算把序列字體的顏色由黑色變成綠色，顯示全部PBR322的酶切圖。操作如下：在剛才的窗口中點restriction map下面的RMap setup按鈕，在出現(xiàn)的對話框中點Add,再在出現(xiàn)的對話框中點select all，然后OK。點sequence下面的sequence setup,可以看到序列長度的設(shè)置等，在color欄中選green,一路點OK。此時顯示如下：我們發(fā)現(xiàn)限制酶是大大的多了，不過美中不足的是序列顯示的是兩條鏈（正鏈和互補鏈），實際上一條鏈就夠了，還有最好再和編碼的氨基酸一切顯示。這好辦：先選中全序列（Ctrl-A），看到工具條中的（Translate Direct）圖標了沒，點它。哈哈果然翻譯成功了。不要忘了看左右兩側(cè)的圖標喲，點點看。（注意用戶在發(fā)表文章的時候，一般在文章中發(fā)表自己克隆或表達的DNA序列，在DNA序列下面還有氨基酸序列，哈哈，這不幫你做到了。什么？內(nèi)切酶怎么去掉，剛才你怎么加上去的就怎么解除吧，看看我下面的圖不就是辦到了）：9. 對 pBR322s text 文本描述進行操作拖動標尺，使文本區(qū)盡可能拉大。選中Restriction Map文件夾，然后找到工具條中的Expand Branch按鈕，點它。其實這和雙擊restriction map文件夾是一樣的，都是打開的意思，還有它左邊的按鈕。在找到Feature Map 文件夾，然后按 按鈕。看到TC(R)了沒，記住它。這是一個四環(huán)素抗性基因，在第7章中將詳細敘述如何將這段基因克隆到載體PUC19中。10. 將 pBR322s 文本區(qū)和圖區(qū)、序列區(qū)連接起來（可以讓你一個一個的細細品位PBR322的每個細小結(jié)構(gòu)，全部看可能會眼花，那就一個一個的看吧）激活文本區(qū)，然后找到（Link Panes）按鈕，點它。完了，PBR322的圖區(qū)上的任何標記都沒了，成了一個圓圈。還有，序列區(qū)的酶切標記也沒了。哈哈，不用急，先點文本區(qū)的Restriction Map文件夾，然后點按鈕打開文件夾里面的分支?，F(xiàn)在看看，酶切標記又重新顯示出來了。激活圖形區(qū)，找到（Standard Arrangement）按鈕了沒，點它。會發(fā)現(xiàn)酶切圖譜顯示的方式和剛才不一樣了，這是標準方式。在文本區(qū)中選中feature map文件夾，點打開，發(fā)現(xiàn)圖形又變了。依次關(guān)掉feature map中的其他文件夾，只留TCR，此時圖中只有TCR一個標記了。最后別忘了再點一下鏈條，發(fā)現(xiàn)圖又回到原樣。如下圖：（看看上面的時鐘都23：12了，該睡覺了），明天繼續(xù)。11. 打印 pBR322s 文本description, 圖形 map, 和序列 sequence打印文本：先激活文本區(qū)，（就是active pane右邊的第一個按鈕，或者直接用鼠標在本文區(qū)點一下），然后按expand branch按鈕打開文本區(qū)內(nèi)的所有文件夾，然后點打印。同樣要想打印圖形或序列，先激活其所在的選區(qū)，然后按打印機圖標即可。 12.為 41BB_HUMAN創(chuàng)建顯示窗口點擊窗口下面的exploringlocal vector NTI database圖標，打開打開Explorer窗口，點擊窗口左上角的下拉式菜單，選Protein Molecules (MAIN)數(shù)據(jù)庫。找到41BB_HUMANs并雙擊。打開窗口如下：窗口顯示結(jié)構(gòu)和DNA序列的顯示窗口一致，也包括文本區(qū)，圖形區(qū)和序列區(qū)三部分。菜單和工具條也基本一樣。在文本區(qū)中雙擊Analysis文件夾，則蛋白自動分析結(jié)果以表格的形式在下面顯示出來。下面我們把這兩個表格拷貝到word文檔中，先用shift+鼠標將兩個表格選中，然后點工具條中的照相機（camera）命令，在出現(xiàn)的對話框中可以看到序列的range中的selection已被選中，點Copy.，然后打開一個word文檔，粘帖（ctrl-V）,則表格被完整的拷貝到word文檔中了。如下所示：Length255 aaMolecular Weight27897.66 m.w.1 microgram =35.845 pMolesMolar Extinction coefficient112501 A280 corr. to2.48 mg/mlA280 of 1 mg/ml0.40 AUIsoelectric Point8.13Charge at pH 73.72Amino Acid(s)Number count% by weight% by frequencyCharged (RKHYCDE)8336.6832.55Acidic (DE)2510.859.80Basic (KR)2914.4311.37Polar (NCQSTY)9034.0835.29Hydrophobic (AILFWV)6727.0626.27A Ala113.024.31C Cys259.339.80D Asp114.514.31E Glu146.345.49F Phe168.146.27G Gly214.858.24H His20.960.78I Ile72.832.75K Lys135.855.10L Leu218.488.24M Met31.381.18N Asn124.884.71P Pro186.387.06Q Gln125.404.71R Arg168.586.27S Ser227.128.63T Thr176.246.67V Val113.974.31W Trp10.630.39Y Tyr21.120.78B Asx239.399.02Z Glx2611.7410.20X Xxx00.000.0013. 為1B14_HUMAN創(chuàng)建顯示窗口重新回到exploringlocal vector NTI database窗口，找到1B14_HUMAN分子并雙擊打開。如下圖：注意該蛋白分子圖形上的各種特征顯示的十分緊湊，大有眼花繚亂的感覺，為了方便起見，我們可以按剛才介紹的link命令來逐一顯示各個feature。操作方法和DNA分子一致。關(guān)閉窗口，結(jié)束，當最后一個窗口關(guān)閉是屏幕提示this will end your vector NTI session,點確定（OK）關(guān)閉。第二章：Chapter 2Tutorial: Molecule Operations分子操作目的：對pBR322 的 general data, feature map, and sequence進行編輯（注意蛋白質(zhì)和DNA分子的操作是一樣的）1. 登錄Vector NTI程序（剛剛說完，不用再教了吧）2. 打開 pBR322的顯示窗口（再羅嗦一遍吧，程序vector NTIExploring local vector NTI Database DNA/RNA Molecules (MAIN)PBR322，雙擊。）3. 對 pBR322s 的常用數(shù)據(jù)（general data）進行編輯在文本區(qū)的最上面，雙擊PBR322名字，彈出下面窗口：1st：給PBR322加關(guān)鍵詞：點keywords,在彈出的關(guān)鍵詞窗口中輸入My own plasmid，點Add?；氐紻NA/RNA Molecular 窗口，將最下面的description中的內(nèi)容替換成My pBR322。點OK（確定）。注意屏幕的左上角pBR322*，在PBR322的后面有一個星號，說明現(xiàn)在顯示的是PBR322的修飾形式?，F(xiàn)在我們要在數(shù)據(jù)庫中保存這一結(jié)果：菜單molecularsave as，在彈出的對話框中輸入序列的名字My pBR322，點OK。這時發(fā)現(xiàn)星號不見了，說明結(jié)果已保存到數(shù)據(jù)庫中，這時數(shù)據(jù)庫中關(guān)于PBR322的DNA分子有兩個，一個是原始的PBR322（就是最初打開的那個），另一個就是我們保存的那個my PBR322。3. 編輯 My pBR322s序列激活序列區(qū)，菜單editset selection,在對話框中輸入范圍21-40，點OK。會發(fā)現(xiàn)序列選區(qū)內(nèi)含有ClaI 和 HindIII兩個酶切位點。點擊菜單editnewReplace Sequence 21 bp40 bp，將窗口中第23和24位的TC刪除分別用AA代替，窗口將顯示如下：注意該窗口左下腳顯示有：inserted 2,delete 2，什么意思都不用說了。點OK，注意序列中的ClaI位點立刻消失了。如下圖所示：5. 將 My pBR322的修改結(jié)果取消，不保存到數(shù)據(jù)庫注意剛才修改完后，在屏幕左上角My pBR322的后面，有一個星號，說明當前顯示的分子已經(jīng)修改，下面將修改結(jié)果取消，點擊菜單molecularRevert To Saved，點OK確定。此時數(shù)據(jù)庫將剛才的修改結(jié)果取消了。（如果需要保存修改結(jié)果則在molecular菜單中選save as命令）6. 如何插入新的序列片段通常在編輯序列的時候需要在序列圖譜中插入一段基因或者一段特征序列，先找到序列中的AP(R) 標志（ 3293 bp4156 bp）和 TC(R) 標志（ 86 1276 bp），菜單editSet Caret Position，輸入200，將光標打到200bp處，下面我們要在此位置處輸入10個T堿基。點菜單editnewinsert sequence 200bp,在出現(xiàn)的對話框中輸入10個T，點OK，然后又出現(xiàn)一個對話框，問你是否確認當前的序列已經(jīng)修改（CDS TC(R) is affected by sequence editing，Delete, Delete All, Keep, and Keep All），點keep.我們發(fā)現(xiàn)在200bp序列處多了10個T。我們將鼠標移到AP（R）處，我們發(fā)現(xiàn)其位置已經(jīng)順時針移了10個堿基（3303 bp4166 bp）。其實，在原始序列中一旦插入一段序列后，系統(tǒng)會自動改變圖譜中各特征的相對位置，如果插入的序列位于某一特征序列的內(nèi)部，我們點Keep,NTI會自動向3端移動?，F(xiàn)在我們將鼠標移到TCR處，發(fā)現(xiàn)其3端已經(jīng)后移了10個堿基（1286），不過5端沒動喲。如下圖所示：7. 編輯 TC(R) 信號特征將鼠標移到圖形的TCr 處，當箭頭變成“手”的形狀時雙擊（或者點鼠標右鍵，選feature properties）,在出現(xiàn)的對話框中用戶可以修改TCr的位置、名稱和描述。我們將名稱（name）由TC(R)改成Old TC(R)，然后在最下面的description中輸入描述：“10 bp fragment inserted”，點OK。則圖形結(jié)構(gòu)變成：8. 刪除 P2_P信號，并加入新的序列特征在圖譜中找到P2P，選中，點鼠標右鍵，選Delete Feature From Fmap（或者從edit菜單中選擇此命令），此時NTI將提示P2_P will be deleted from the feature map,點OK（確定）。我們發(fā)現(xiàn)圖譜中P2P已經(jīng)沒有了。下面我們我為PBR322序列加入一個新的特征：editset selection輸入3000-3500bp，點OK。在工具條中找到（add features）按鈕，點它。（也可以從editnewadd feature to FMap進入）。在出現(xiàn)的對話框feature name中輸入New Feature，注意NTI默認的特征類型（feature type）為Misc. Feature，用戶可以從列表中選擇自己認可的特征。最后點OK。如圖：下面將My pBR322的修改結(jié)果保存到數(shù)據(jù)庫中：菜單molecularsave as,（如果不想改名的話）點OK，NTI將提示My pBR322已經(jīng)存在，是否覆蓋，點overwrite.9. 修改 My pBR322的起始坐標（這樣可使剛才插入的10bp片段和最初的PBR322具有一致的坐標系）菜單MoleculeoperationsAdvanced (DNA/RNA) Change Starting Coordinate。在出現(xiàn)的對話框new start(新的起始點位置)輸入：11（因為剛才插入了10bp，所以起始點是1+10=11）。點OK，此時NTI會提示當前坐標已被修改，是否繼續(xù)，點OK確定?，F(xiàn)在我們會發(fā)現(xiàn)顯示窗口中TCR的位置已經(jīng)變成了（76bp1276bp），還有AP（R）的位置（3293 bp4156 bp），這都和最初的PBR322一致。如下圖：10.退出顯示窗口，關(guān)閉NTI第三章：Chapter 3Tutorial: Working With A Molecules Graphical Representation（對分子圖形的展示進行操作）目的：以DNA分子為例，對分子圖形的展示進行操作（蛋白質(zhì)的操作和DNA類似），為pBR322圖形創(chuàng)建一個展示窗口，并保存到分子文檔中1. 登錄 Vector NTI程序2. 通過新窗口打開PBR322（與前兩章的打開方式略有不同）在NTI主窗口中，點擊工具條最左邊的打開文件夾（或者molecularOpen）,在彈出的Open窗口中點擊database DNA/RNAs，在列表中找到PBR322，然后OK。3. 顯示窗口的調(diào)整比如我們想觀察圖象的詳細情況，首先用標尺拖動圖形窗口，至于序列和文本區(qū)，可以很小，因為我們的目的是看圖。然后點或讓圖形放大或縮小，直到滿意為止，如果用戶想一步步的看放大效果，可以按住shift的同時點。4. 修改圖形的自動排列設(shè)置按住ctrl的同時，點（Standard Arrangement），用戶可以根據(jù)彈出的小菜單，來選擇圖形線條的粗細和字體的大小，直到滿意為止。5. 修改圖形的編碼區(qū)信號（ CDS signals）設(shè)置點中圖形中任意編碼區(qū)（粗箭頭），然后按鼠標右鍵，在彈出的下拉菜單中，選CDS Display Setup，用戶可以在彈出的Graphics Display Setup對話框中修改所選編碼區(qū)的名稱、顏色標記、箭頭的粗細等，（實際上NTI默認的就很好了）。用戶也可以通過點more來進行更多的修改（比如字體和大小等，和word中字體的處理很相似），修改完后一路OK點下去即可。注意這種修改只是針對本窗口中的分子，對其他分子沒有影響。比如我們將箭頭填充成蘭色。下面我們保存這一設(shè)置：點擊（display setup）右側(cè)的小三角形符號，在彈出的菜單中選Save Settings As，然后在彈出的窗口中給剛才的設(shè)置風格取個名字，不妨叫blue，點OK，注意此時NTI 會提示是否保存其他沒用過的風格，點NO?，F(xiàn)在再點擊（display setup）右側(cè)的小三角形符號我們會發(fā)現(xiàn)blue已經(jīng)在下拉菜單上了。（注意這種改變一改就是好幾個箭頭一塊改，如果只想改一個箭頭的顏色，請看第6條）6. 打開圖片編輯方式NTI提供了兩種編輯圖片的方式，分子編輯方式 (默認)和圖片編輯方式。激活圖形區(qū)然后按（edit picture）按鈕。然后點中圖形中任意標記或者箭頭，按住鼠標右鍵，在彈出的下拉菜單中選properties(屬性)或者style(風格)等，進行設(shè)置，注意此時設(shè)置的僅僅是所選的箭頭或者標記，而不是整個分子（在第5條中設(shè)的確是整個分子，請注意比較，也就是第5條的方法是分子編輯方式，兩種方式的轉(zhuǎn)換通過按鈕）。7. 將 TC(R)箭頭變成蘭色網(wǎng)格操作如下：點中按鈕，點中TCR箭頭，按住鼠標右鍵，選propertiesfill，按右圖方式選擇：點OK（如果是中文操作系統(tǒng)，OK=確定）8. 放大TC(R)箭頭點中TCR后，當鼠標在箭頭附近移動時，會出現(xiàn)兩種十字形標記：和，通過鼠標拖動可以改變箭頭的胖瘦，而拖動則可以改變箭頭的相對位置（移到圓內(nèi)或圓外）。如果想讓箭頭按圓圈轉(zhuǎn)動，可以在按住ctrl+shift同時，拖動。注意這種拖動并不能修改分子本身，僅僅是改變位置而已，如果想修改分子中的標記，請使用第二章介紹的方法?，F(xiàn)在，拖來拖去是不是將箭頭拖的亂七八糟了，那就按取消吧。如下圖：9. 修改 TC(R)標記的格式將鼠標移到TCr標記上，雙擊。顯示下面的對話框（就是屬性）點Font,選擇斜體18號字，點OK。TCR將顯示如下圖：我們發(fā)現(xiàn)，字體大了。點（Standard Arrangement）按鈕，使標記的信號回到標準位置，如果圖片已經(jīng)修改，NTI還會不厭其煩的提示是否繼續(xù)，點確定吧。10. 加入文本注釋看到窗口工具條最右側(cè)的“回形針”符號了沒，點它（說什么，沒反應(yīng)？哈哈，那你肯定把忘了，如果沒反應(yīng)，點后再點回形針肯定行），在彈出的對話框中輸入“Clone into pUC19”，點OK。此時加入的注釋出現(xiàn)在圓圈的中央，用鼠標拖到TCr的下面即可（什么？字體太小，哈哈，點中鼠標右鍵從properties中選擇字體的大小和顏色）。如下圖：如果覺得不爽，可以先選中剛才添加的文本，點菜單editDelete Annotation進行刪除。注意以上修改的僅僅是顯示的界面，NTI并不能將修改的顯示結(jié)果保存到數(shù)據(jù)庫中，所以用戶也可以發(fā)現(xiàn)在左上角并沒有*號標記，也就是數(shù)據(jù)庫中的分子沒有改變，如果想讓它改變的話，只能將文件存到文檔文件中了。11. 將pBR322 分子顯示結(jié)果保存到文檔文件中菜單Moleculesave assave as file,名稱NTI已經(jīng)給起好了，就是pBR322.gb。選擇好要保存的目錄，點OK。如果感覺剛才創(chuàng)建的blue比較爽，可以在保存前選擇右側(cè)的三角按鈕選擇blue。此時系統(tǒng)會提示是否創(chuàng)建html文件描述分子，點yes（這樣我們可以和朋友通過internet進行交流了）。注意該文檔完全與數(shù)據(jù)庫相關(guān)聯(lián)，其顯示的信息與數(shù)據(jù)庫中的信息一致。但風格與數(shù)據(jù)庫不同，比如箭頭的顏色、字體的大小等（當然由用戶決定）?，F(xiàn)在用戶可以先關(guān)閉文檔然后再打開就可以發(fā)現(xiàn)顯示的風格和數(shù)據(jù)庫中的風格完全不同（不過內(nèi)容還是一樣的）。注意：對于原先數(shù)據(jù)庫中沒有的分子（比如用戶根據(jù)自己的需要自己構(gòu)建或從GENBANK下載的，并不能直接修改顯示風格，如果想修改其顯示風格，先將該分子保存到數(shù)據(jù)庫中，這樣就可以了）退出程序第四章Chapter 4Vector NTI 工具和internet連接目的：將本地數(shù)據(jù)發(fā)送到internet上，并進行BLAST 搜索, 序列對排、比較和分析等1. 登錄 Vector NTI2.在新窗口 打開 pBR3223. 通過exploring local vector NTI database窗口（切記）選中 pBR322整個分子并利用 BLAST 搜索工具進行序列比較（注意：如果不是通過exploring 窗口，而是通過NTI主窗口“打開”命令，打開PBR322，則最終的搜索結(jié)果不會直接顯示在屏幕上，而是發(fā)到用戶指定的email中，但結(jié)果都是一樣的）選中后，點exploring local vector NTI database窗口中的ToolsCompare AgainstGenBank via BLAST on NCBI Server，在彈出的菜單中按下面窗口選擇全序列和正鏈并點OK確認（注意保證網(wǎng)絡(luò)連接正常，否則無法連接到Genbank）：當連接成功后，將彈出NCBI入口口，如下圖所示（不過由于使用的internet瀏覽器不同，可能每個人顯示的窗口可能不一樣，我使用