MIDI微生物鑒定脂肪酸分析系統(tǒng)PLFA應(yīng)用案例及其它

1、midi微生物鑒定（脂肪酸分析）系統(tǒng)plfa 應(yīng)用案例及其它顏淑瑋2011.1.4plfa分析原理pplfa定義 plfa 是磷脂脂肪酸(phospholipid fatty acid) 的英文縮寫。plfa 是構(gòu)成活體細胞膜的重要組分p群落分析基本原理 部分plfa 總是出現(xiàn)在同一類群的微生物中, 而在其它類群的微生物中很少出現(xiàn)pplfa混合樣本分析 根據(jù)不同類群微生物的指示性plfa不同, 通過提取和分析指示性plfa , 測定其含量, 可定量反映活體微生物中不同類群的生物量及總生物量。應(yīng)用范圍p指示環(huán)境因素變化對微生物群落變化的影響（包含菌根共生，植物與微生物相互作用）領(lǐng)域細分p環(huán)境與資

2、源科學(xué)p農(nóng)林牧漁科學(xué)p植物與土壤科學(xué)p海洋、水文/水利、河流/湖泊科學(xué)p生態(tài)與環(huán)境保護科學(xué)其他群落分析方法pdna測序（sts-pcr（sequence-tagged site）+t-rflp/dgge/tgge；二代測序儀，100萬條序列/次）pboilog法（碳源代謝差異） plfa分析優(yōu)勢： 靈敏度、準確性（sd小）；取樣便利，保真性；工作量；成本（二代測序10萬rmb/次）midi在plfa中的優(yōu)勢pmidi 提取及分析方法由于低成本、其簡單性、可同時處理大量樣品而被廣泛應(yīng)用于土壤微生物群落研究pgc-ms進行plfa分析 微生物指示性plfa的特異性文庫 工作量midi plfa方法

3、研發(fā)中?。A(yù)計3月底完成第一步）pplfa特征性脂肪酸文庫(c9-c30)p標準化提取方法（2天 2小時）pgc分析時間：15minpplfa專用標準品$2000 plfa研究案例分析p文獻標題： the effects of mineral fertilizer and organic manure on soil microbial community and diversity p研究單位： 南京師范大學(xué) 化學(xué)與環(huán)境學(xué)院及生命科學(xué)學(xué)院 p雜志名稱：plant soilp接收日期：2009-3-25分析方法及結(jié)果脂肪酸分組：細菌（革蘭氏陽性/陰性、嗜氧/好氧）、真菌、放線菌含量小于1%及單

4、一樣本中檢出的plfa被剔除分析，檢出29種顯著plfas。用plfa總量（19:0 fame內(nèi)標法定量）表征微生物總量，主要含量組成為cy17:0, 16:0, 2- and 3-oh-fas, 18:19, 18:26,9 及 a17:0，占總量約40%。分析結(jié)論1 細菌及放線菌plfa含量在om+npk樣本中最高，n樣本中最低 om+npk施肥方式顯著刺激土壤原核生物生長，單純n肥施肥方式則有抑制作用（導(dǎo)致酸化降低微生物群落豐度及多樣性）2 土壤中細菌特別是革蘭氏陰性菌含量最高，對土壤施肥方式更敏感，相對于真菌及放線菌指示性更強。3 革蘭氏陽性及厭氧菌plfa含量在om樣本中最高，而真菌

5、plfa在npk樣本中最高 革蘭氏陽性菌對有機肥敏感而真菌對無機肥敏感4 真菌plfa含量在npk樣本中最高，p樣本中最低 npk均衡施肥對土壤真菌生長重要4與1不一致 細菌、真菌對有機肥和無機肥應(yīng)答不同pca（principal component analysis ）原理p多樣本多維分析（以脂肪酸為維） 二維界面顯示 （ex. pc1 vs. pc2）p最大程度展示系統(tǒng)變異（pc1pc2) 當(dāng)累計方差貢獻率大于80%，可全面反映系統(tǒng)變異p樣本固有性質(zhì)在反映變異情況的二維主成分界面上得以展現(xiàn)，由其本身性質(zhì)決定叢集或分離。pca案例一pca案例二主成分的組成因素：第一主成分主要綜合微生物plfa總量和細菌plfa 第二主成分主要綜合“真菌/細菌”及真菌plfa微生物鑒定應(yīng)用注意點p優(yōu)勢 一步鑒定到株型(菌庫中已有菌株），親緣性分析可分型p弱勢 腸道菌（遺傳高度相關(guān)）鑒定準確性為屬級，推薦使用碳源利用鑒定法關(guān)于配置p2011年midi發(fā)布最新gc配置，已轉(zhuǎn)發(fā)大家，請注意更新p安捷倫提供電腦默認為win7系統(tǒng)，與midi不兼容。建議自購電腦或提前告知安捷倫銷售更改發(fā)貨電腦系統(tǒng)。 謝 謝！有問題嗎？歡迎討論小測試：pmidi