ImageLab中文操作手冊解讀

1、Image Lab ?中文操作手冊Fast and ReliableImage Lab全自動圖像獲取和分析軟件用于 Molecular Imager ChemiDoc? XRS+Molecular Imager Gel Doc? XR+ 和 Criterion Stain Free TM 成像系統(tǒng)，可應(yīng)用于凝膠電泳和轉(zhuǎn)印膜的數(shù)字成像和分析，而自動化的工作流程能加速圖像獲取步驟及參數(shù)優(yōu)化，并針對調(diào)整好的凝膠或轉(zhuǎn)印膜影像進(jìn)行系統(tǒng)性分析，進(jìn)而得到所需的分析數(shù)據(jù)結(jié)果。一、軟件操作界面主窗口工具列分析工具列狀態(tài)列啟動精靈程序桌面1 .主窗口工具列D 它巴； 。國.n Lr B B H htew pFGi

2、twgl Qpcnt 一.卜上is由 H” Andorra Table lane prfc Standard Curve ! TUbanak Start PageJ檔案管理k>分析數(shù)據(jù)Results Data2 .顯示工具列圖像信息轉(zhuǎn)換3D成模式像 改變圖像色彩 亮度明暗度轉(zhuǎn)換 全窗口大小 縮小放大圖像顯示設(shè)定3.分析工具列(1)圖像工具(Image Tools)(2)泳道及條帶工具(Lane and Band Tools)(3)分子量工具(MW Molecular W eight)(4)自動定量工具(Quantity Tools)(5)注釋工具(Annotation Tools)(6)

3、手動定量工具(Volume Tools)二、使用Image Lab軟件進(jìn)行化學(xué)發(fā)光圖像獲取流程1 .建立圖像獲取程序:在凝膠成像(Gel Imaging )對話框中選擇 Chemi (化學(xué)發(fā)光)應(yīng)用程序Me沿中M5仃E工p*vNyE ggf! SdnrrwyPr白 ta GA I Setup3*中小鵬4Afi Cfilc ftgt<|.n Geh Ml.Gellmasimgrh*mi|jrM4>n| M*CobFimetFit Qcloci 52 5 口duU 5i65 Odati £不 C¥2 Ale<a 4EEL Entev inMe Area 9.5

4、 FlU3Ff SCtin ， 1國AirOvl ight 4SAInlHise Jr£k二，Tha，。加彼軍，Will ditJiQfn.iltally apHn，工工收 小工 呼上Dri早 啟二1的rpcrtiiiFTi詬， i SCO s«fM "Hlrqhhqhit 5.alurated pixelsInaqe Color Cra?在成像區(qū)域(Imaging Area)對話框中的下拉式選單中選擇合適的樣品大小(非必需,可之后通過Position Gel選擇)選擇成像曝光(Image Exposure )方法，可以人為評估曝光時間并以手動設(shè)定( Manual

5、 Exposure),或是使用信號累積模式(Signal Accumulation Mode , SAM)來進(jìn)行操作。在建立一個化學(xué)發(fā)光的程序時最難的任務(wù)就是圖像曝光的確定，因為您想獲得一個充分 利用了相機大的動態(tài)范圍的圖像。過短的圖像曝光時間可能使高于膜背景的微弱信號不能被 識別；過長的圖像曝光時間能夠使得某些條帶飽和(也就是說，超出了相機準(zhǔn)確報告信號的 能力)。如果這是您第一次用 ChemiDoc XRS+分析化學(xué)發(fā)光樣品，您需要在使用手控或信 號累積模式(SAM)之前決定一個合適的成像時間框架。獲得這個信息的最好的方式是取 得一個相對短的手工曝光并利用Image Lab里的工具估計最適的

6、曝光時間。mag« EMp&iurt0 Signal At<umuUuon Mode - iu|8 Manually 刈 exposure time： ic| J sec4 Highlight salunted pixefs2 .手動曝光(1)選擇手動設(shè)定曝光時間(Manually set exposuretime)并在讀秒框中輸入10秒。選擇 Highlight saturated pixels (3)把膠置于透射箱的中心位置。Position Gei 在程序窗口中點擊按鈕。(5)觀察顯示器中樣品的實時圖像，打開照膠系統(tǒng)的門并移動樣品直到位于視野的中心區(qū)域。(6)可利

7、用照相機的變焦滑板口哨皿工皿r 000調(diào)節(jié)成像區(qū)域的大小。Run Piotocol 選擇按鈕獲得你的第一個圖像。若所需的圖像出現(xiàn)在計算機的顯示器上，確認(rèn)圖像中是否包含紅色的飽和區(qū)域。若有飽和區(qū)域存在，請重新以較短的曝光時間來獲取圖像。若無飽和區(qū)域存在，則可移動鼠標(biāo)置于最暗的條帶之上，在較低的右下角Image Lab窗 X： 290 Y 513 Value 1994 Int口中觀察信號的強度數(shù)值。如圖中顯示強度為1994,照相機能記錄的最大值的 32分之一(最大值為65,535)。用你的最初的10秒曝光再乘以30就可在照相機的最大動態(tài)范圍附近成像你的樣品。若你只需針對單一圖像的成像時間進(jìn)行評估，

8、可直接在手動曝光區(qū)域中輸 入 300。Ihe scftsR vitl arqimire ihe i=maoes andurn 例。 th* iigMl.First time BecLast image lime nec lTcitii numlMr of image s 0* ) f Cinctli -Signi Accumulit'On SetupTheaiII 甘ifnjycs wd sue uo'Ok ' Cjritel3 .信號累 積模式(Signal Accumulation Mode , SAM )如果預(yù)估方法不足以精確滿足您的目的，請選擇SAM按鈕，然后按

9、Setup按鈕。一個新的對話框會跳出 來，具包含有可輸入細(xì)分的成像時間的領(lǐng)域。在這個例子中，我們已經(jīng)輸入了小于和大于我們原始的300秒曝光估計時間，因為我們有理由相信準(zhǔn)確的成像時間將會在這些時間之中。我們總共想要5個成像，推測其中一個將會與最佳成像極為接近。一個您的 SAM設(shè)定的圖像顯示出現(xiàn)在對話框里。Run而SAM設(shè)定的影像顯示對話窗口，在您選擇 舊按鈕后再點選按鈕，窗口會顯示相關(guān)進(jìn)度圖標(biāo)來說明整體圖像獲取的時間。在250秒獲取第一個圖像，同時一個小的縮略圖會出現(xiàn)在窗口的下方，以此類推整個過程將持續(xù)到獲取所有的圖像。iLuii AL-Utui1* 4ns d3f就像前面做過的那樣，通過移動鼠

10、標(biāo)在圖像上，您能判定強度值。您也可以通過使用位于程序窗口左邊的圖像轉(zhuǎn)換窗口(Image Transform )中的調(diào)節(jié)劃片改變圖像的表觀。在SAM程序中的任何地方您都能通過點擊縮略圖查看圖像。若確定調(diào)整到符合您要求的圖像ind 8nllng時，點擊按鈕舍棄其它不適合的圖像來完成獲取圖像的程序。也可在 SAM獲取圖像的過程中或之后來保存需要的所有圖像，直接點選右鍵單點縮圖窗口內(nèi)的圖像即可進(jìn)行存盤保留下來。在決定獲取圖像的數(shù)量時，記住增加SAM圖像會導(dǎo)致背景信號的平均。當(dāng)較多的圖像被獲得時，在背景強度水平附近的弱的信號將會變得難以識別。如果辨別最弱的信號很重要，我們推薦在合適的時間下獲得單一的成像

11、。三、建立全自動圖像獲取及分析程序(Creating Protocols )1.啟動分析精靈窗口- STEP 1. GEL IMAGING(1)按照應(yīng)用(NucleicAcid/Protein/Blots )選擇相關(guān)的程序(Choose an application )AWk：己 tKnI Nucleic Acid Gds *Protein 沁卜Bhts卜Custami+Coonias5lB SubCopfHir StanZinc StainFlarnngoShrer匚口EiiM用io Hunr Orange5YPRO Rubyrtenge BjxisO Manud* set exposure

12、 time： C .500secIntense Band?Fant Bards(2)選擇成像區(qū)域(Choose th e Imaging Area)DmagF即制 Selectgd卸的西口丑聞叩TEMJllxiGelvO Enter hwge area;| x 16 0(3)選擇成像曝光時間(Choose Image Exposure Time)Image Expo sure The software wB flutoniatically opUrnie Ihe exposure time fcr(4) 選擇顯示設(shè)定( Choose Display Options , Highlight sa

13、turated pixels and ImageColor)2 .圖像自動分析(Analyze Image ) - STEP 2. D ETECT LANES AND BANDS設(shè)定DETECT LANES AND BANDS的參數(shù)(Low Band Detection Sensitivity (Low sensitivity = 25 )、 High Band Detection Sensitivity (High sensitivity = 75 ) 或自行設(shè)定靈 敏度。3 .分子量分析(Analyze Molecular Weight ) -STEP 3. ANALYZE MOLECUL

14、AR WEIGHT3 Protocol? CticmiDDc NRS+/回國I設(shè)定Analyze Molecular Weight Settings 的分子量標(biāo)準(zhǔn)品(Molecular WeightStandard )類型，所有Bio-Rad的各類標(biāo)準(zhǔn)品(包括核酸、蛋白)均已預(yù)存。當(dāng)然，您也可以根據(jù)您的實驗設(shè)置您自定義的分子量標(biāo)準(zhǔn)品。并同時設(shè)定分子量標(biāo)準(zhǔn)品的泳道及回歸方4 .報告輸出設(shè)定(Report Settings ) - STEP 4. SPECIFY CONTENT OF REPORTSReport5 .結(jié)果(Results Over view )及報告(Report )Annotit

15、ionLane LabelsMolecularWaighft LabelsLane Fra nrnstafidar'd LaneBandLane(1)數(shù)據(jù)顯示信息(Displaying Data )H所曲第TaNeAnalysis Table Lane ProHle Strd Curve Req(2)分析表格設(shè)定(Analysis Table Options )中度$3年l«»lBand No.*EM3口豳加用Mort燦t幢口胤Qwrit.Rei Qwdt.la*%11皿口0.313ZH曄9H055BS3 5296.90.4®213,120軌5。驪9.43

16、7力出4也蜘緝蜘10.1Ci±1b方4 0432.1D 7£1周3工前B37391E3.12495| 次*0.97521BM 機 3.6053B.i3 3"z1Band No.叁BdiM 但frfol.WLKH1ReUMeBort惟鵬山也的 Qu#*.RM Qwrtiim%113*7Q/31S0Q12$07715999286.0O.«711DJ02O44OJT5.931a胃BEn.573313,2601230J51G£37V l frKJBwdT jiit A/(3) Lane 信息(Lane Profile)(4)標(biāo)準(zhǔn)曲線(Standar d

17、 Curve)SStandiwd CurveProtocols )四、建立圖像分析程序(Creating Images Analyzing1.圖像分析 (Analyzing Images )(1)分析工具 Analysis Tool Box(A)自動分析(Auto Analysis)進(jìn)入 Detection Settings 窗 口 Auto-Araly5i5點選設(shè)定Detect lanes and bands 的參數(shù) (Low Band Detection Sensitivity (Low sensitivity = 25 )、High Band Detection Sensitivity

18、(High sensitivity = 75 )或自行設(shè)定靈 敏度),接著再設(shè)定 Molecular Weight Analysis Settings 的 Molecular W eight Standard、 Standard Lanes 及Regression Met hod參數(shù)。2.圖像工具(Image Tools )可進(jìn)行水平或垂直翻轉(zhuǎn)、左右旋轉(zhuǎn)90c或自由旋轉(zhuǎn)(Rotate )、裁剪(Crop)、反轉(zhuǎn)(Invert Data )及迭合 (Merge )。3. Lanes及 Bands 工具(Lane and Band Tools )(1) Lane Tab使用自動(Automatic

19、)或手動(Manu al)搜尋Lane功能(A)針對所有的Lanes (All Lanes)進(jìn)行大小調(diào)整(Resize )、( Adjust)及刪除(Delete)等參數(shù)調(diào)整(B)針對單一Lane ( Single Lane)進(jìn)行增加(Add)、彎曲(Bend)、 移動(Move)、寬度(Width)及刪除(Delete)等參數(shù)調(diào)整。(C)利用Lane Background Subtraction進(jìn)行背景值的扣抵，并可點選(Apply to selected Lane )針對單一 Lane 進(jìn)行調(diào)整。對 Lane and BandsL«s Bands LaneiFhde, Autom

20、aticManuaJ.,Al lanes叫 AdjustXi Me但；Lane-j'Addj* Eend| 4b 同wu '韭 WidthBackgDund Subtraction 0 EnaMe SubtractionDisk Size (mm) | IQ : | 一琢)ply to EilecWd LiBE打-可以藉悖olling Disk參數(shù)設(shè)定(1-99 mm)來去除背景值(2) Bands Tab通過Detect Bands進(jìn)行自動搜尋Bands功能或手動進(jìn)行增加(Add)、刪除(Delete)及(Adjust)等參數(shù)調(diào)整。4.分子量分析工具(Molecular We

21、ight Analysis Tools )此工具可由已知的標(biāo)準(zhǔn)品測算相對的分子量或堿基對( base pairs)* MW Anifelfld Tm依5tandard Laneslir5tli laml:Select standard lane- by ch±kjri i the box below the lanesR 吁 es5bn5.定量工具Quantity Tools )Quanitifty Took(1)相對定量(Relative Quantity Tab )從圖像中選擇已知的 標(biāo)準(zhǔn)品(reference band)及其標(biāo)準(zhǔn)品濃度(以綠色R表示)，其分析結(jié)果可從Analys

22、i s table觀察。RelativeAbsdUteRefativ?如Sfllan a reference band on the gdSdect|bn&ai" (seffi-lDg m酎d!%珈 Qutfd.*.d百d寓MM七M(jìn)d由癡1A2K（劉1.T|l.S3rTh*?箭14 51J?*十簿口由界事緲,第aH116pt濁劭( "1FJ抑A立的mmw1幻721、詡*115112W.81”MOitJ*KIJ1In quantity TooltsRelative AbsdUteAhsdiAe QuantitySelect Ban ch to add to caibr

23、&ion cur*eStandard Bands:Ln ©nd Quflntiry22 a口H 4 I.D口式=Units: mkragrani*RecessionMethMLn&ar r FiOfCC thrCaj lOfigpndiek an band tc> a =standard bandStandard Curve - Lane 1（2）絕對定量（Absolute Quantity Tab）通過選擇已知標(biāo)準(zhǔn)品濃度 的bands （至少兩個以上，以R表示）， 并設(shè)定合適的回歸參數(shù)計算 所得之標(biāo)準(zhǔn)曲線來推算目標(biāo)bands的絕對濃 度（回歸參數(shù)設(shè)定如 Lin

24、ear（較常用）、Point-to-Point 或Cubic spline）。RegressionMethodMinimum number of standardMinimum number withForce ThroughOptionLinearbands1Point-to-Point21CibicSpine543 5how Labek ll I Lug V-X-?.i£S Annotation TookAdd 臼m a ah msT佗武4 2 o 0 & 4 2111-宮 u=2BII 一百喇二<1 ArrO*vAfcgrmant ®es®®bText PrcpertesFont: "他.Size:工ColorFor&groind;05001r0D01.5002.000B誦lid Volume x 1000Regresaon Methoci!F nr nvula:R-Squared VaAue t Md, Weight Standard duiva J Abs, Quantiy Standard Gjve 八 由bme 5t ,獷；6.注釋工具（Annotation