3圖解：如何在NCBI上找到HNF-4基因第4個(gè)外顯子的序列ppt課件

1、如何在如何在NCBIHNF-4基因第基因第4個(gè)外顯子的序列個(gè)外顯子的序列1;.2事實(shí)上，在事實(shí)上，在NCBI有很多種辦法可以確定某個(gè)基因的外顯子或者內(nèi)含子，當(dāng)然有很多種辦法可以確定某個(gè)基因的外顯子或者內(nèi)含子，當(dāng)然還有還有UTR區(qū)域。今天只介紹一種。通過區(qū)域。今天只介紹一種。通過Blast是一種辦法，但不夠直觀，需要是一種辦法，但不夠直觀，需要判斷的條件要多一些，經(jīng)驗(yàn)也需要多一些。如果條件允許的話，我們可以借判斷的條件要多一些，經(jīng)驗(yàn)也需要多一些。如果條件允許的話，我們可以借助其它一些專門的軟件助其它一些專門的軟件,讓事情變得容易。讓事情變得容易。3準(zhǔn)備工作準(zhǔn)備工作首先介紹首先介紹NCBI的其中一

2、個(gè)軟件，的其中一個(gè)軟件，Splign （點(diǎn)擊（點(diǎn)擊online，在線運(yùn)行），在線運(yùn)行）Splign -通過通過mRNA或或EST序列與所在的基因組序列比對(duì)，用于單個(gè)基因結(jié)序列與所在的基因組序列比對(duì)，用于單個(gè)基因結(jié)構(gòu)圖（外顯子內(nèi)含子）顯示構(gòu)圖（外顯子內(nèi)含子）顯示, 用戶每次只能提交一個(gè)基因序列。用戶每次只能提交一個(gè)基因序列。45進(jìn)入進(jìn)入Genbank頁面頁面或直接進(jìn)入或直接進(jìn)入NCBI主頁主頁GeneHNF-46查詢結(jié)果查詢結(jié)果選擇選擇mouse的的HNF4基因作為今天的例子基因作為今天的例子Mus musculus 小家鼠小家鼠Hnf4a點(diǎn)擊這里點(diǎn)擊這里基因名會(huì)隨著版本的升級(jí)而變化，當(dāng)然，以前

3、使用過的基基因名會(huì)隨著版本的升級(jí)而變化，當(dāng)然，以前使用過的基因名也會(huì)保留著。而基因名會(huì)對(duì)應(yīng)一個(gè)因名也會(huì)保留著。而基因名會(huì)對(duì)應(yīng)一個(gè)GeneID，無論名，無論名字如何改變，字如何改變，GeneID是唯一的。是唯一的。7以下幾張都是結(jié)果頁面以下幾張都是結(jié)果頁面肝細(xì)胞核因子肝細(xì)胞核因子48GenemRNAProtein從圖中看出這個(gè)基因有從圖中看出這個(gè)基因有10個(gè)外顯子個(gè)外顯子9在在HNF-4基因的基因的RefSeq區(qū)域，我們將可以看到這個(gè)基因的參考序列，有區(qū)域，我們將可以看到這個(gè)基因的參考序列，有mRNA和編碼蛋白質(zhì)序列。這個(gè)區(qū)域不一定每個(gè)基因都有。和編碼蛋白質(zhì)序列。這個(gè)區(qū)域不一定每個(gè)基因都有。NM

4、_開頭的序列都是開頭的序列都是mRNA序列。序列。10這里是這里是HNF4基因所在的基因組序列基因所在的基因組序列好像有多個(gè)基因組可選。其實(shí)它們是好像有多個(gè)基因組可選。其實(shí)它們是不同的人測出的?？梢远帱c(diǎn)幾個(gè)看看不同的人測出的?？梢远帱c(diǎn)幾個(gè)看看11 接下來我們進(jìn)入接下來我們進(jìn)入Splign的的online界面（見前），你可以通過界面（見前），你可以通過mRNA和基因和基因組的組的Accession或是它們或是它們Fasta格式的序列進(jìn)行對(duì)比，要注意基因組的序列格式的序列進(jìn)行對(duì)比，要注意基因組的序列不要太長。推薦直接在下拉框選項(xiàng)里選擇，一般常用的生物都在。不要太長。推薦直接在下拉框選項(xiàng)里選擇，一般常用的生物都在。12這里你可以輸入這里你可以輸入mRNA的的accession或或Fasta全序列全序列直接在這里選一個(gè)基因組（直接在這里選一個(gè)基因組（Mus musculus ）Align開始比對(duì)開始比對(duì)13 結(jié)果一目了然，結(jié)果一目了然，10個(gè)外顯子，而且還顯示個(gè)外顯子，而且還顯示mRNA以及對(duì)應(yīng)的基因組比對(duì)的序以及對(duì)應(yīng)的基因組比對(duì)的序列，并且還