生物信息學填空題(個人整理)

1、精選優(yōu)質(zhì)文檔-傾情為你奉上1、BLAST教案所程序中，哪個方法是不存在的？（D）A：BLASTP B：BLASTN C：BLASTX D:BLASTQ2、下列哪個軟件不是常用來觀察蛋白質(zhì)結(jié)構視圖的？（D）A：AVS B：Chimera C:MICE D:HMM3、下列哪個不是點突變的類型?(A)A:染色體畸變 B：錯義突變 C：無義突變 D：移碼突變4、基因突變的效應不包括：（C）A：有利突變 B：中性突變 C：移碼突變D：遺傳多態(tài)現(xiàn)象5、人類基因組的結(jié)構特點不包括：（A）A：基因進化 B：基因數(shù)目 C：基因重復序列 D：基因組復制6、世界上三大數(shù)據(jù)庫不包括：（B）A:NCBI B:BLAST

2、 C:UCSC D:Ensembl7、常用序列比對方法錯誤的是：（C）A：編輯距離 B：點陣描圖 C：局部比對 D：記分模式8、下列哪個不是蛋白質(zhì)結(jié)構模型？（D）A：同源性模型 B：折疊識別 C：ab initio折疊 D： MoLScript結(jié)構9、下列哪個選項不是微陣列實驗設計的內(nèi)容？（A）A：貝葉斯網(wǎng)絡法 B：對照組的選擇 C：重復樣本的使用 D：隨機化原則10、構建序列進化樹的一般步驟不包括：（A）A：建立DNA文庫 B：建立數(shù)據(jù)模型 C：建立取代模型 D：建立進化樹11、下列中屬于一級蛋白質(zhì)結(jié)構數(shù)據(jù)庫的是：（C）A. EMBL B. DDBJ C. PDB D.SWISS-PROT1

3、2蛋白質(zhì)結(jié)構預測分為：（B）A一級和三級結(jié)構預測 B. 二級和空間結(jié)構預測C. 三級和空間結(jié)構預測 D. 二級和三級結(jié)構預測13數(shù)據(jù)挖掘的四個步驟不包括下列哪個：（C）A. 數(shù)據(jù)選擇 B. 數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換 C. 數(shù)據(jù)記錄 D. 結(jié)果分析14下列哪項不是生物學研究必備的工具：（A）A.數(shù)據(jù)分析數(shù)據(jù)統(tǒng)計因素分析多元回歸分析15.Linux中rmdir 命令的功能是：（D）A改變工作目錄 B.刪除工作目錄C. 創(chuàng)建目錄 D.刪除空目錄16BLAST教案所程序中，哪個方法是不存在的？（D）A：BLASTP B：BLASTN C：BLASTX D:BLASTQ17下列哪個不是蛋白質(zhì)結(jié)構模型？（D）A：同源性模

4、型 B：折疊識別 C：ab initio折疊 D： MoLScript結(jié)構18人類基因組的結(jié)構特點不包括：（A）A：基因進化 B：基因數(shù)目 C：基因重復序列 D：基因組復制19、下列哪個選項不是微陣列實驗設計的內(nèi)容？（A）A：貝葉斯網(wǎng)絡法 B：對照組的選擇 C：重復樣本的使用 D：隨機化原則20、構建序列進化樹的一般步驟不包括：（A）A：建立DNA文庫 B：建立數(shù)據(jù)模型 C：建立取代模型 D：建立進化樹三、填空題1、數(shù)據(jù)格式的建立、數(shù)據(jù)的準確性和質(zhì)量控制、方便的數(shù)據(jù)搜尋方式以及數(shù)據(jù)的及時更新是數(shù)據(jù)庫建立和維護中的重要問題。2、按堿基配對原則將DNA分子的遺傳信息拷貝到mRNA分子中，稱為轉(zhuǎn)錄。

5、3、線粒體基因組含有細胞核基因組之外的遺傳信息，有其獨特的遺傳特點表現(xiàn)為:mtDNA具有半自主性、線粒體基因組所用的遺傳密碼與核基因的通用密碼有所不同、mtDNA呈母系遺傳、mtDNA具有異質(zhì)性與均質(zhì)性、mtDNA具有閥值效應、mtDNA的進化率極高。4、分子生物學數(shù)據(jù)庫中的信息可以是DNA序列，保守的DNA結(jié)構域、基因組、基因表達、蛋白質(zhì)序列、蛋白質(zhì)家族、基因突變、基因多態(tài)性和代謝途徑。5、BLAST是一種快速序列比較工具，采用啟發(fā)式方法根據(jù)優(yōu)化的局部相似性構建比對關系。6藥物基因組學中的三大技術平臺：SNP分型，基因表達芯片和生物信息學7數(shù)據(jù)格式的建立、數(shù)據(jù)的準確性和質(zhì)量控制、方便的數(shù)據(jù)搜

6、尋方式以及數(shù)據(jù)的及時更新是數(shù)據(jù)庫建立和維護中的重要問題。8蛋白質(zhì)的折疊預測方法：同源性模型，折疊識別和從頭開始折疊9生物膜的特性：流動性和不對稱性10分子生物學數(shù)據(jù)庫中的信息可以是DNA序列，保守的DNA結(jié)構域、基因組、基因表達、蛋白質(zhì)序列、蛋白質(zhì)家族、基因突變、基因多態(tài)性和代謝途徑。1. 常用的三種序列格式：NBRF/PIR,FASTA和GDE2. 初級序列數(shù)據(jù)庫：GenBank，EMBL和DDBJ3. 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫：SWISS-PROT和TrEMBL4. 提供蛋白質(zhì)功能注釋信息的數(shù)據(jù)庫：KEGG（京都基因和基因組百科全書）和PIR（蛋白質(zhì)信息資源）5. 目前由NCBI維護的大型文獻資源

7、是PubMed6. 數(shù)據(jù)庫常用的數(shù)據(jù)檢索工具：Entrez，SRS，DBGET7. 常用的序列搜索方法：FASTA和BLAST8. 高分值局部聯(lián)配的BLAST參數(shù)是HSPs（高分值片段對），E（期望值）9. 多序列聯(lián)配的常用軟件：Clustal10. 蛋白質(zhì)結(jié)構域家族的數(shù)據(jù)庫有：Pfam，SMART11. 系統(tǒng)發(fā)育學的研究方法有：表現(xiàn)型分類法，遺傳分類法和進化分類法 12. 系統(tǒng)發(fā)育樹的構建方法： 距離矩陣法，最大簡約法和最大似然法13. 常用系統(tǒng)發(fā)育分析軟件：PHYLIP14. 檢測系統(tǒng)發(fā)育樹可靠性的技術：bootstrapping和Jack-knifing15. 原核生物和真核生物基因組中

8、的注釋所涉及的問題是不同的16. 檢測原核生物ORF的程序：NCBI ORF finder17. 測試基因預測程序正確預測基因的能力的項目是GASP（基因預測評估項目）18. 二級結(jié)構的三種狀態(tài)：螺旋，折疊和轉(zhuǎn)角19. 用于蛋白質(zhì)二級結(jié)構預測的基本神經(jīng)網(wǎng)絡模型為三層的前饋網(wǎng)絡，包括輸入層，隱含層和輸出層20. 通過比較建模預測蛋白質(zhì)結(jié)構的軟件有SWISS-PDBVIEWER（SWISSMODEL網(wǎng)站）21. 蛋白質(zhì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)搜索工具：SEQUEST22. 分子途徑最廣泛數(shù)據(jù)庫：KEGG23. 聚類分析方法，分為有監(jiān)督學習方法，無監(jiān)督學習方法24. 質(zhì)譜的兩個數(shù)據(jù)庫搜索工具：SEQEST和Lutk

9、efish二 填空題1 生物信息學的發(fā)展大致經(jīng)歷了3個階段，分別為（前基因組時代）（基因組時代）和（后基因組時代）p22 后基因組時代的標志性工作是（基因組分析）（蛋白質(zhì)組分析）以及（各種數(shù)據(jù)的比較和整合）p33 前基因組時代的標志性工作是（生物數(shù)據(jù)庫的建立）（檢索工具的開發(fā)）以及（DNA和蛋白質(zhì)的序列分析）p24 基因組時代的標志性工作是（基因?qū)ふ液妥R別）（網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)的建立）以及（交互界面的開發(fā)）p25 遺傳圖譜的圖距單位是（厘摩）代表（1%）的交換值，物理圖譜的圖距以（物理長度）為單位p155-156 如果兩個遺傳標記之間的重組率是1%，則他們之間的遺傳距離就是（1cM）6 人類基因組

10、中大小約（3×109）對核苷酸，含（30000）個基因，人類基因組中編碼DNA的序列占（10%），junkDNA占（）p1517 人類基因組計劃的目標是完成四張圖，分別是（遺傳圖譜）（物理圖譜）（序列圖譜）和（基因圖譜）8 HGP由（六）個國家完成，我國完成了HGP的（1%，即號染色體上萬個堿基）的測序工作。9 蛋白質(zhì)組分析的關鍵技術主要有（雙向凝膠電泳）和（蛋白質(zhì)鑒定方法）p18310 國際著名的三大公共核苷酸數(shù)據(jù)庫為（GenBank）（DDBJ）（EMBL）p5611 Genebank由（NCBI）管理運行，（BLAST）是一種快速檢索相似性序列的工具，（Entrez）是一個整合

11、的數(shù)據(jù)查詢系統(tǒng)p5612 最常用的序列相似性查詢工具是（BLAST）和（FASTA），兩個系統(tǒng)的服務分別由（NCBI）和（EBI）維護p7313 BLAST系列程序有（序列對位排列）（序列同源性）（相似性記分）和（全局排列）p7314 NCBI中主要的數(shù)據(jù)庫有（DDBJ ）（EMBL）和（GenBank）？15基因組瀏覽的數(shù)據(jù)庫主要有（）和（）？16蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫主要有（PIR）和（SWISS-PROT）等，蛋白質(zhì)結(jié)構數(shù)據(jù)庫主要有（PDB）17生物信息數(shù)據(jù)庫分為（核酸和蛋白質(zhì)一級結(jié)構數(shù)據(jù)庫）（基因組數(shù)據(jù)庫）和（生物大分子三維空間結(jié)構數(shù)據(jù)庫）18生物分子數(shù)據(jù)庫專集每年均在（Nucleic Ac

12、ids Research）雜志的第一期看出 p5219生物信息學數(shù)據(jù)常見的數(shù)據(jù)格式主要有（FASTA）（GenBank）和（SwissProt）等20生物信息學數(shù)據(jù)庫之間的聯(lián)系方式有（相似性）和（硬鏈接）21真核生物基因內(nèi)含子一般以（GT）兩個基因開始，以（AG）兩個基因結(jié)束22生物信息學識別基因兩種途徑為（基因組外顯子識別）和（EST策略的基因鑒定）23人類基因組計劃具體任務是建立四張圖譜，分別為（遺傳圖譜）（物理圖譜）（序列圖譜）和（基因圖譜）24建立人類遺傳圖譜的關鍵是要有足夠的高度多肽的遺傳標記。第一代遺傳標記為（RFLP），第二代遺傳標記為（STR），第三代遺傳標記為（SNP）。25大規(guī)?；蚪M測序的基本策略主要有（逐個克隆法）和（全基因組鳥槍法）26距離矩陣法主要有（UPGMA）和（鄰接法）27基因診斷常用技術方法有（核酸分子雜交技術）（P