MS建模疑難問題詳解集百家所長

1、1， MS的Amorphous cell使用出問題 問題：用MS的Amorphous cell建個含水和有機(jī)分子的體系，再用build-layer加到金屬表面。建不起來，我分子是用高斯優(yōu)化的，然后用GV另存為MOL引入MS的，水是直接在MS中畫的再minimize得，只建含200水分子可以建。出如下錯誤。答案：選擇的力場沒有你要建立的盒子的力場參數(shù)，可以把缺少力場參數(shù)的原子換成有力場參數(shù)的原子，建好盒子后，再換回來。問題：怎么看哪些原子缺力場？用label-force type嗎，我看了全分配的有力場啊，我那分子就CNHO原子會有缺力場的？回答：MS畫有

2、機(jī)分子，水。分配compass力場，AC建盒子就行了，沒有必要用高斯問：因?yàn)槲椅恼虑懊嬗酶咚顾懔藚?shù)，也就是找有機(jī)分子的吸附位點(diǎn)，模擬時用MS劍的話，優(yōu)化分子會和高斯優(yōu)化的分子有結(jié)構(gòu)差異，沒什么說服力，所以模擬時也想用相同的結(jié)構(gòu)就只能導(dǎo)入高斯優(yōu)化好的結(jié)構(gòu)了。 答：如果下一步要使用量子力學(xué)研究，值得這么做。 另外，如果你下一步要build layer的話，建議建cell而不confined layer 問：對我下一步是要用build layer，把金屬表面、有機(jī)分子和水溶液、水結(jié)合起來。 再動力學(xué)研究有機(jī)分子在金屬表面的吸附。

3、用COnfined layer文獻(xiàn)上這么用的。但是用periodic還是鍵不起來。另外用用量化我只算有機(jī)分子的參數(shù)，不是建好后算。用MS建的periodic結(jié)構(gòu)導(dǎo)入GV中鍵輸入文件，無法識別的。我用沒有優(yōu)化的結(jié)構(gòu)可以建AMORphous cell用優(yōu)化結(jié)果建就出錯，但以前的分子用優(yōu)化結(jié)果是可以建的，包含的原子類型也相同啊。錯誤說不清楚力場類型。那為什么沒優(yōu)化之前又可以建呢？包含的原子又沒變，只是結(jié)構(gòu)變了。牛，我居然把N與五元雜環(huán)的partial double bond人為的拉長點(diǎn)（原始結(jié)構(gòu)是單鍵，優(yōu)化結(jié)果變?yōu)榱藀artial double

4、60;bond可能是共軛原因），皆可以建呢，用periodic cell和confined layer均可。這是為什么呢？跟力場分配有什么關(guān)聯(lián)嗎？不拉長鍵，只將partial double bond改為single bond也可以建。但單改其他地方就不行，出同樣的錯。說明建不起來跟這個鍵有關(guān)，但是在高斯里優(yōu)化的4個YES，頻率全為正，結(jié)構(gòu)為平面結(jié)構(gòu)，應(yīng)該沒什么問題啊答：證明ms不能自動分配相應(yīng)的原子力場參數(shù)，手動查看一下，如果有手動指定可以用MS中Dmol3做量化2，怎么在MS中建立一個64水的盒子問：怎么在MS中建立一個64水的盒子答：

5、60;先畫好一個水分子，點(diǎn)sketch atom，下拉菜單中選擇O原子，再點(diǎn)adjust hydrigen，再點(diǎn)clean，可用Forcite模塊中的 geometry optimization優(yōu)化。再在amorphous cell中construct中，先激活你所優(yōu)化好的水分子圖，點(diǎn)add加入64個水分子，再點(diǎn)construct就可以了。3， MS中的castep模塊金屬表面水分子模型的建立問：我現(xiàn)在用的是MS中的castep模塊，我算的是Pt（111）面的反應(yīng)，想在真空層中加上水，溶劑化，保證水的密度是0.86g/cm3，怎么做??？答：Am

6、orphous cell 模塊建立水模型，再用adsorption模塊將水層添加到Pt的表面就可以了4， 綜合建模問題大家知道，模擬中難的就是建模，其實(shí)模型建好了，怎么算只是怎么選擇參數(shù)的原因，希望大家分享下MS中建模的過程，如果能夠附帶圖畫就更好！本版在于分子模擬，那就只是限定MS建模分子模擬的結(jié)構(gòu)吧，介觀模擬和量化模擬的結(jié)構(gòu)先不考慮，像表面活性劑與油混合的盒子，層狀硅酸鹽，多孔硅，介孔碳，MOF, COF,分子篩，層狀MnO2等等比如說，對于考察某個晶體的110面，可以使用Build->surface->cleave surface-&g

7、t;(110),然后是Build->symmetry->supercell,選擇多少層，然后定義多少層為固定狀態(tài)，就得到了晶體110面的結(jié)構(gòu)，然后可以研究吸附，催化，能帶等結(jié)構(gòu)。 建立聚合物的結(jié)構(gòu)，可以使用Build->build polymer->build homopolymer,選擇重復(fù)單元，然后再M(fèi)odules->Amorphrous cell->construction->add,調(diào)整聚合物鏈的數(shù)目，開始的時候，把密度調(diào)小點(diǎn)，這樣可以更好的建成盒子，然后點(diǎn)擊construct，建立好的結(jié)構(gòu)還需要分子動力

8、學(xué)能量最小化才能使用。表面活性劑的盒子貌似也是這么建立的。 但是層狀硅酸鹽，某些很復(fù)雜的結(jié)構(gòu)，不光需要以上，還需要一些特別細(xì)致的操作，所以期望大家多多討論。5，關(guān)于畫晶體結(jié)構(gòu)大家用ICSD數(shù)據(jù)畫晶體時，要注意Add Atom的順序，加原子的先后順序不一樣，會導(dǎo)致不同的晶體周期結(jié)構(gòu)，MS的這種建模不確定性令人頭疼。所以要在Add Atom上多試幾種順序。make P1 要慎用。再用Morphology 作晶體預(yù)測時，不能為了修改晶體結(jié)構(gòu)把對稱性改為P1。這和CASTEP 有著本質(zhì)的區(qū)別。如果這樣做了，那么預(yù)測出的晶體都是立方柱結(jié)構(gòu)。6，關(guān)于晶體參雜Make P1，修改參雜原子。注意Su

9、perCell的使用以及晶胞原子分?jǐn)?shù)的確定是比較矛盾的，要好好斟酌。注意布里淵區(qū)的選定及合適的K 點(diǎn)采樣。最好做了純晶體的Geometry Optimize的收斂性測定及誤差評估后，再參雜。補(bǔ)充：建模時加入雜原子的方法方法一：用鼠標(biāo)點(diǎn)上將要被取代得原子（點(diǎn)上后原子顏色將變成黃色），在窗口的右邊屬性欄中，將會顯示這個原子的相關(guān)屬性，并告訴你這個原子的元素種類（比方是Al 吧），然后點(diǎn)這個元素種類Al，將出現(xiàn)一個元素周期表，選擇你要摻雜得原子，確定就可以了！方法二：建立完沒有摻雜的晶胞后,選supercell,然后再選擇要替換的原子,進(jìn)行摻雜.如果不把晶胞的對稱性改為supercell就不能改變其中的一個原子,而是由于對稱性把同一元素的所以原子改變了7，水合物晶胞問題問：我就是想在MS中建甲烷水合物的模型，這都不行嗎，都好幾天了頭痛，我查到I型水合物的晶胞參數(shù)，但是按我的步驟體系中的原子數(shù)不對，和文獻(xiàn)不一樣，我是按文獻(xiàn)說的先確定氧原子的位置，按參數(shù)添加是440個，你是怎么添加的，另外我添加完氧原子后，氫原子是按自動加氫生成的，你也是一步步添加的？而且你的氧原子是368個但是氫原子是1472個，他們應(yīng)