手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹

1、如何構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹如何構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹YZU.TRY系統(tǒng)發(fā)生樹（英文：Phylogenetic tree）又稱為演化樹（evolutionary tree），是表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物種間演化關(guān)系 的 樹 。 是 一 種 親 緣 分 支 分 類 方 法（cladogram）。在樹中，每個(gè)節(jié)點(diǎn)代表其各分支的最近共同祖先，而節(jié)點(diǎn)間的線段長度對(duì)應(yīng)演化距離（如估計(jì)的演化時(shí)間）。 MEGA是一個(gè)關(guān)于序列分析以及比較統(tǒng)計(jì)的軟件?，F(xiàn)主要介紹使用Mega 6.0構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹的方法。供大家參考。用MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹有以下步驟：1、測(cè)序： 將克隆擴(kuò)增測(cè)序得到的基因進(jìn)行測(cè)序。2、NCBI上做Blast http

2、://blast/Blast.cgi 比對(duì)找到相似度最高的幾個(gè)基因，將這幾個(gè)基因的序列（Fasta格式文件）下載下來，或點(diǎn)擊GenBank登錄號(hào)，復(fù)制FSATA格式，整合在一個(gè)* *.txt.txt文檔中。3、比對(duì)序列，比對(duì)結(jié)果轉(zhuǎn)化為*.meg格式 用Mega 6.0的ClustalW做多序列聯(lián)配，比對(duì)結(jié)果用*.meg格式保存?；蛘哂肅lustal X軟件進(jìn)行比對(duì)，比對(duì)結(jié)果保存為*.aln,再用Mega 6.0轉(zhuǎn)化為*.meg格式。4、構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹 打開保存的*.meg格式文件，選擇鄰接法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹。以外米綴蛾的cds為例，點(diǎn)擊cds，出現(xiàn)下圖

3、。點(diǎn)擊FASTA，出現(xiàn)下圖。該圖為外米綴蛾的FASTA格式，如何保存見下圖一般情況下點(diǎn)擊該頁的右上角有send 圖標(biāo)，選擇后點(diǎn)擊create file 即可下載。Txt可以打開。該圖顯示的是序列全長的FASTA格式下載。因?yàn)槲也扇』诎被嵝蛄斜葘?duì)，所以選擇coding sequences和fasta protein，下載編碼區(qū)氨基酸序列。文件名未下載時(shí)不要更改，下下來之后再更改MEGA6MEGA6可以識(shí)別可以識(shí)別fastafasta格式文件。如圖，將全格式文件。如圖，將全部部- -基因基因.txt.txt重命名為全部重命名為全部- -基因基因.fasta.fasta選擇打開方式為選擇打開方式

4、為MEGA6，打開，打開全部全部-基因基因.fasta，自動(dòng)跳出序列窗口，自動(dòng)跳出序列窗口用用ClustalW做多序列聯(lián)配做多序列聯(lián)配以以.meg格式保格式保存結(jié)果存結(jié)果回到回到MEGA主窗口主窗口打開所保存的文件（打開所保存的文件（.meg）點(diǎn)擊按鈕打開文件窗口點(diǎn)擊按鈕打開文件窗口顯示保守位點(diǎn)顯示保守位點(diǎn) 顯示變異位點(diǎn)顯示變異位點(diǎn)回到回到MEGA主窗口構(gòu)建進(jìn)化樹主窗口構(gòu)建進(jìn)化樹當(dāng)前打開的文件當(dāng)前打開的文件選擇鄰接法建樹選擇鄰接法建樹選擇選擇Bootstrap檢驗(yàn)檢驗(yàn)設(shè)定完成，點(diǎn)設(shè)定完成，點(diǎn)computecompute，開始計(jì)算得到進(jìn)化樹構(gòu)建的，開始計(jì)算得到進(jìn)化樹構(gòu)建的結(jié)果。結(jié)果。雙擊文字，可以修改樹枝后的名稱，名稱要么全部雙擊文字，可以修改樹枝后的名稱，名稱要么全部斜體，要么全部不斜體斜體，要么全部不斜體，無法只讓拉丁文斜體，無法只讓拉丁文斜體雙擊文字，可以修改樹枝后的名稱，名稱要么全部雙擊文字，可以修改樹枝后的名稱，名稱要么全部斜體，要么全部不斜體斜體，要么全部不斜體，無法只讓拉丁文斜體，無法只讓拉丁文斜體系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹優(yōu)化后，復(fù)制黏貼到WORD里