RealtimePCR操作步驟：從采樣到數(shù)據(jù)處理

1、RealtimePCR操作步驟：從采樣到數(shù)據(jù)處理1 .米樣：1.11.1 采樣前的準備：DEPC 水，滅菌手術刀剪，75%酒精，2mL 無 RNA 酶離心管，2 個盛有 DEPC 水的燒杯，一個用于沖洗樣品，一個用于放置手術刀剪，以減少外界污染。1.21.2 采樣過程中的注意事項：采樣人員需帶好口罩和手套，并且盡量少講話。當雞放血致死后，立即解剖，并優(yōu)先取 RNA 試驗用樣品。取樣量約 100mg 左右（根據(jù) RNA 提取方法不同可改變取樣量），盡量保證每管取樣大小和部位接近一致（可事先取些樣品，有個大概的標準即可）。RNA 樣品采集于離心管中，立即投入液氮（或者 RNA 保存液中）凍存，最后

2、統(tǒng)一轉入-70C 冰箱。根據(jù)實驗條件選擇 RNA 樣品的保存方式，優(yōu)先選擇液氮保存。建議：如果直接投入液氮保存，離心管蓋子要蓋嚴，以免液氮滲入管中，導致離心管在轉入-70C冰箱時管蓋崩開使樣品損失。2 .總 RNA 提取提取組織和細胞總 RNA 推薦使用 Trizol 法。2.12.1 TrizolTrizol 提取總 RNARNA 的操作步驟以下操作需在超凈臺中進行，超凈臺使用前需用 75%酒精擦拭臺面，紫外燈照射半小時后，打開風機排除臭氧，減少對實驗人員的傷害。此外，要提前制冰備用。每 50-100mg 樣品加 1mlTrizol,使用高通量研磨儀研磨 30s。研磨后樣品放置 5min,4

3、C12000g 離心 10min,上清液轉移到另一個 1.5ml 無 RNA 酶離心管中（已冰上預冷）。加入 200 山氯仿，用力搖晃 15s,室溫放置 5min。412000g 離心 15min,上清液轉移至另一個 1.5ml 無 RNA 酶離心管中（已冰上預冷）。加入 500L 異丙醇，上下顛倒混勻，室溫靜置 10min,沉淀 RNA。4C12000g 離心 10min,棄上清。加入 1ml75%乙醇（DEPC 水配制），用移液器反復吸打乙醇，洗滌 RNA 沉淀。4C7500g 離心 5min,棄去乙醇。9）用微型離心機將 EP 管內壁上的乙醇甩至管底，用 10L槍頭吸出，打開蓋子置于超凈

4、臺內晾十幾秒，但不能讓 RNA 全部干透，內壁上沒有水珠即可。10）根據(jù) RNA 的量加入無 Rnase 水 60-120 科 L,輕彈管壁，充分溶解 RNA,混勻后分裝出少許用于測定RNA 濃度以及用于電泳檢測。11）測定 OD260/OD280值以及 RNA 濃度。取 15RNA 用 DEPC 水稀釋 100 倍，紫外分光光度計下讀取RNA 濃度彳 1 和 OD260/OD280值（1.9-2.0 之間表示 RNA 純度較好，小于 1.8 說明含蛋白質、雜質較多，大于 2.2 表示 RNA 降解）。建議：建議使用 200 山的槍頭轉移上清液，可減少蛋白污染?？捎弥?RNA 提取試劑盒，推

5、薦 TAKARA 公司的產品，提取速度快，無毒性，質量很好，價格比較高。Trizol推薦invitrogen公司的產品， 直接從公司訂購要1200元/100mL,從科昊澤訂只要750元/100mL,所以可以多咨詢比對代購的價格。3 .反轉錄 cDNA多用轉錄試劑盒進行 cDNA 反轉錄，按照對應說明書操作即可。反轉錄過程需在超凈臺中進行。Invitrogen 和 TAKARA 的 cDNA 反轉錄試劑盒的質量很高。Invitrogen 的試劑盒步驟稍微繁瑣，但最后得到的終產物量多。TAKARA 的轉錄速度快，但終產物量少。我 所 用 過 的 產 品 Invitrogen 的 貨 號 是 C28

6、025-032 （ 50 次 反 應 ） ， TAKARA 的 是PrimeScriptRTMasterMixPerfectRealTime,貨號 DRR036A（200 次反應），和之后用的熒光定量試劑盒可以搭配使用。建議：cDNA 體系中 RNA 模板的濃度要一致，可用體系要求模板濃度和所測出的 RNA 濃度計算所需加模板量和無 RNA 酶水的量。推薦用 excel 計算，并打出表格，參照表格進行加樣。4 .引物PCR 引物設計的目的是找到一對合適的核甘酸片段，使其能有效地擴增模板 DNA 序列。引物的優(yōu)劣直接關系到 PCR 產物的特異性及成功與否。根據(jù)試驗選擇引物。做 Real-time

7、PCR 的引物片段最好在 200bp 以下。可通過查找相關英文文獻來選擇引物，文獻中會標注目的基因的引物、引物片段長度和在 NCBI 上的編號。如果引物查找不到，也可自行設計，在 NCBI 上查找所需基因，得到基因的堿基序列，用 DNAMAN 設計。確定了引物序列后，交由公司訂購，獲得引物后需要驗證是否能用。建議：實驗室所用引物主要在 invitrogen 公司設計，3 天左右能獲得引物，也可以在金維智設計引物。國內公司生產速度較快，1 天左右就能完成。5 .RealtimePCR使用 TAKARA 的 SYBRPremisExTaqII（PerfectRealTime）試劑盒。試劑盒的實驗原

8、理如下:SYBR.GreenI 是熒光定量 PCR 最常用的 DNA 結合染料，能與雙鏈 DNA 非特異性結合，結合后發(fā)出熒光，可以通過檢測反應體系中的 SYBR?GreenI 熒光強度，達到檢測 PCR產物擴增量的目的。PCR 反應生成雙鏈 DNA,SYBR?GreenI 與雙鏈 DNA 結合后會發(fā)出熒光， 通過檢測熒光信號的強弱，不但可以檢測反應體系中的 DNA 的擴增量，同時還能測定擴增產物的 DNA 熔解溫度。具體原理見下圖：3.延伸反應延伸反應嵌合熒光染料法原理圖根據(jù)說明書中不同的熒光定量儀器對應反應體系配制不同的反應液。耗材多用 96 孔板（半裙邊）和 8 聯(lián)管（8 聯(lián) TUBE）

9、。加樣方式推薦先用無菌離心管混好除樣品外的所有試劑，顛倒混勻，短暫離心，再分裝到每個 PCR 管中，取第一管時用槍頭吹打數(shù)次。分裝好后，再向管中加入樣本。按照說明書要求設置程序后，開始進行 PCR 擴增。每個樣品做 2-3 個重復，初上手建議做 3 個重復，數(shù)據(jù)處理時比較好剔值。擴增結果中 Ct 值標準差小于 0.5 時表示技術重復性好。5.ComparativeDelta-deltaCt 法ComparativeDelta-deltaCt 法即 AACCfe,是一種常用的相對定量方法，其最大特點是，當優(yōu)化的體系已經(jīng)建立后，在每次實驗中無需再對看家基因和目的基因做標準曲線，而只需對待測樣品分別

10、進行 PCR 擴增即可。此方法的缺點是，每次實驗都默認目的基因和看家基因的擴增效率一致，而并非真實擴增情況的反映，這里勢必存在一定的誤差。所以在正式試驗開始前，必須對目的基因和看家基因做標準曲線，如果兩組標準曲線的斜率之差小于 0.1,那么后續(xù)實驗中就可以用 AAC 怯進行相對定量分析。反之，如果斜率差值大于 0.1,就無法用該方法進行相對定量分析。只能優(yōu)化反應條件或選擇絕對定量方法進行分析。熒光定量儀器所帶的軟件可以給出兩組標準曲線的 R2值、擴增效率、斜率等信息。如下圖所示：熱變性熱變性2, ,引物退引物退火火Primerin對樣品進行梯度稀釋（1:5）,分別對目的基因（HIF-1）和看家

11、基因（actin）做標準曲線。二者斜率分別為-3.159 和-3.264,差值小于 0.1,所以可以用 AAC 怯對兩種基因進行檢測。進行正式試驗，對看家基因和目的基因進行擴增，得到一系列 Ct 值。導出數(shù)據(jù)前，可以先在軟件中進行數(shù)據(jù)處理。 調整所有結果中同種基因閾值 （Threshold） 相同。 根據(jù)熔解曲線 （MeltCurve）剔除熔解曲線異常的數(shù)據(jù)。導出數(shù)據(jù)后，根據(jù)相對定量公式（2-AACt 計算每個樣品基因的相對表達量。樣品目的基因 CtMean看家基因CtMeanCtCt八ACt2對照組X1X2X1-X2實驗組Y1Y2Y1-Y2(Y1-Y2)-(X1-X2)2-(Y1-Y2)-(

12、X1-X2)Ct=CtMean目的基因-CtMean看家基因；Ct=ACt實驗組-Ct對照組；實驗組和對照組的基因表達差異為2-AACt數(shù)據(jù)統(tǒng)計方法根據(jù)試驗設計進行選擇。111actinactinactinSTANDARDSTANDARDSTANDARDSYBR4-loneSYBR-NoneSYBR-None207142033020.7875actinSTANDARDSYBR,one22,5635actinSTANDARDSYBR-None22,6495actinSTANDARDSYBR-Non&22.73325actinSTANDARDSYBR-None24,79125actinSTANDA

13、RDSYBR-Tlone24.92725actinSTANDARDSYBRone24,848125actinSTANDARDSYBRAIone27,497I25actinSTANDAFCSYER-Mone27.517125actinSTANDARDSYER-None27.625StandardCurve口一叫7?1hrf-1STANDARDSYBR.-CJone25.9441hif-1STANDARDSYBR-None25.6701hif-1STANDARDSYBR-Nane25,8445hif-1STAPIDFC SYBR-NOHT27,9535hif-1STANDARDSYBR-Non-?27.9405hif-1STANDARDSYBR-Ilone20.