如何用MEGA50和Clustalx183構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)

1、用MEGA5.1和和Clustalx1.83構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)組員：湯宏赤 曾偉 董明右 構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)的意義n進(jìn)化樹(shù)：用來(lái)表示物種之間的進(jìn)化關(guān)系，又稱(chēng)“系統(tǒng)樹(shù)”、“系譜樹(shù)”。根據(jù)各類(lèi)生物間的親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近，把各類(lèi)生物安置在有分枝的樹(shù)狀的圖表上，簡(jiǎn)明地表示生物的進(jìn)化歷程和親緣關(guān)系。 n意義：研究從單細(xì)胞有機(jī)體到多細(xì)胞有機(jī)體的生物進(jìn)化過(guò)程，而且可以粗略估計(jì)現(xiàn)存的各類(lèi)種屬生物的分歧時(shí)間。通過(guò)蛋白質(zhì)的分子進(jìn)化樹(shù)分析，為從分子水平研究物種進(jìn)化提供了新的手段，可以比較精確的確定某物種的進(jìn)化地位。 n 構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)的基本步驟：n1、核酸序列的獲?。簲?shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)、測(cè)序n2、序列比對(duì)：BLAST、Clustal X、Clus

2、tal W2等。n3、進(jìn)化樹(shù)分析：MEGA、PAUP4.0 、Phylip 、NETWORK4.11 、SplitsTree4 、TCS1.8 等。n參考序列選擇注意事項(xiàng)：n1、不選非培養(yǎng)(unclutured)微生物為參比；n2、不選未定分類(lèi)地位的微生物，最相近的僅作參考；c，在保證同屬的前提下，優(yōu)先選擇16S rDNA全長(zhǎng)測(cè)序或全基因組測(cè)序的種；d，每個(gè)種屬選擇一個(gè)參考序列，如果自己的序列中同一屬的較多，可適當(dāng)選擇兩個(gè)參考序列。n3、 使用clustalx1.83進(jìn)行序列比對(duì) MEGA簡(jiǎn)要介紹n MEGA是有亞利桑那州立大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院的Sudhir Kumar教授主持開(kāi)發(fā)和維護(hù)的一款免費(fèi)

3、的構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)軟件。n 主要功能：序列比對(duì)、格式轉(zhuǎn)換、數(shù)據(jù)修訂、距離計(jì)算、系統(tǒng)樹(shù)重建和可行度評(píng)估等全套功能，能對(duì)DNA、mRNA 、 氨基酸序列及遺傳距離進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生分析，目前最新版本為MEGA 5.1。 MEGA 5.1 主界面 ClustaX主界面 核酸序列的獲取 保存文件并命名nXXXXnAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGAATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGG

4、GGATCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGngi|289469964|gb|GU388381.1| Acinetobacter tandoii strain DSM 14970 16S ribosomal RNA gene, partial sequencenACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGGATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATG

5、AGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCTGTAGCGGGTCTGAGAGGATGA 合并文件點(diǎn)擊File/load sequences，將整理好的*.txt序列文件導(dǎo)入clustalx1.83，如圖接著點(diǎn)擊Alignment/Do Complete Aligment程序自動(dòng)運(yùn)行，得出結(jié)果，自動(dòng)輸出*.aln 和* .dnd 為后綴的兩個(gè)文件，并自動(dòng)存入你*.txt文件所在的文件夾內(nèi)。序列比對(duì)也可以直接用MEGA來(lái)做。4、運(yùn)行程序MEGA 5.0，如下圖所示： n點(diǎn)擊：File導(dǎo)入Clustal程序得到的*.aln文件。再點(diǎn)F

6、ile/Convert to MEGA Format，打開(kāi)轉(zhuǎn)換文件對(duì)話框，從目的文件夾中選中Clustal 對(duì)比分析后所產(chǎn)生的*.aln文件，轉(zhuǎn)換為*.meg文件。轉(zhuǎn)換時(shí)一路確認(rèn)相關(guān)界面。最后查看meg序列文件最后是否正常，命名新文件存盤(pán)保存*.meg文件，*.meg文件會(huì)和aln文件保存在上述*.txt同一個(gè)文件夾中。5、 關(guān)閉轉(zhuǎn)換窗口，回到主窗口，現(xiàn)在從File中打開(kāi)剛才保存的*.meg文件。 如果為核酸序列，選擇“Nucleotide sequence”，點(diǎn)擊“OK”，得到以下圖示。 選擇默認(rèn)的Standard，點(diǎn)擊OK后，如圖所示。點(diǎn)擊程序中的，可以得到下圖在另外一個(gè)窗口內(nèi)，出現(xiàn)以下數(shù)

7、據(jù)文件點(diǎn)擊選擇和編輯數(shù)據(jù)分類(lèi)圖標(biāo)， 可對(duì)所選擇的序列進(jìn)行編輯，完成后點(diǎn)擊close即可。序列編輯完成后，可進(jìn)行保存，點(diǎn)擊保存后出現(xiàn)以下界面，點(diǎn)擊ok即可。n 常用的構(gòu)樹(shù)方法n1、鄰接法：是居于最小進(jìn)化原理經(jīng)常被使用的一種算法，它不檢查素有可能的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)，同時(shí)給出拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和分支長(zhǎng)度。可以通過(guò)確定距離最近的成對(duì)分類(lèi)單位來(lái)使系統(tǒng)樹(shù)的總距離達(dá)到最小。優(yōu)點(diǎn)是重建的樹(shù)相對(duì)準(zhǔn)確，假設(shè)少，計(jì)算速度快，只得一棵樹(shù)，而缺點(diǎn)是在將序列上的所有位點(diǎn)等同對(duì)待，且所分析序列的進(jìn)化距離不能太大。n2、最大簡(jiǎn)約法：是居于形態(tài)特征分類(lèi)的需要發(fā)展起來(lái)的，優(yōu)點(diǎn)是該法無(wú)需引入處理核苷酸或者氨基酸替代時(shí)所必須的假設(shè)，對(duì)分析某些特殊的分

8、子數(shù)據(jù)（如插入序列和插入/缺失）等特別有用，在分析的序列位點(diǎn)上沒(méi)有回復(fù)突變或平行突變，并且在被檢查的序列位點(diǎn)樹(shù)很大時(shí)，也恩呢該獲得正確的系統(tǒng)樹(shù)。n3、最大似然法：該法是考慮到每個(gè)位點(diǎn)出現(xiàn)殘基的似然性，將每個(gè)位置所有可能出現(xiàn)的殘基替換概率進(jìn)行累加，產(chǎn)生特定位點(diǎn)的似然性。該法是與進(jìn)化事實(shí)吻合最好的建樹(shù)算法，其缺點(diǎn)是計(jì)算強(qiáng)度非常大，耗時(shí)。n4、貝葉斯法：保留了最大似然法的基本原理，又引進(jìn)了馬爾科夫鏈的蒙特卡洛方法，來(lái)模擬演化樹(shù)的較晚期可能性分布，并使計(jì)算時(shí)間大大縮短。（1） phylogenyUPGMA 具體構(gòu)建過(guò)程如下具體構(gòu)建過(guò)程如下參數(shù)的設(shè)置：點(diǎn)擊， 選擇該菜單中的Construct/test

9、Neighbor-Joining tree，選擇前面轉(zhuǎn)換得到的*meg文件，得到下圖對(duì)下圖的參數(shù)進(jìn)行設(shè)置：說(shuō)明：系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)的測(cè)試方法Test of Phylogeny，通常要選擇Bootstrap method，也可以選擇不進(jìn)行測(cè)試；重復(fù)次數(shù)No. of bootstrap Replications通常設(shè)定至少要大于100比較好，隨機(jī)數(shù)種子可以自己隨意設(shè)定，不會(huì)影響計(jì)算結(jié)果。一般選擇500或1000。Model/Method通常選擇Kimura 2-parameter。設(shè)定完成，點(diǎn)compute，開(kāi)始計(jì)算得到進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建的結(jié)果。如下圖所示；該窗口中有兩個(gè)屬性頁(yè)，一個(gè)是原始樹(shù)Original tr

10、ee，一個(gè)是bootstrap驗(yàn)證過(guò)的一致樹(shù)Bootstrap concensus tree。樹(shù)枝上的數(shù)字表示bootstrap驗(yàn)證中該樹(shù)枝可信度的百分比。得到構(gòu)建的進(jìn)化樹(shù)后可以對(duì)該進(jìn)化樹(shù)進(jìn)行優(yōu)化。(本文參考網(wǎng)友的文章，本文參考網(wǎng)友的文章，同同Mega的其它版本使的其它版本使用基本相同，在此表示用基本相同，在此表示感謝。以下進(jìn)化樹(shù)的優(yōu)感謝。以下進(jìn)化樹(shù)的優(yōu)化部分直接引用化部分直接引用)(1)利用該軟件可得到不同樹(shù)型，如下圖所示： 除此之外，還可以有多種樹(shù)型，根據(jù)需要來(lái)選擇。 ）顯示建樹(shù)的相關(guān)信息：點(diǎn)擊圖標(biāo)i。）點(diǎn)擊優(yōu)化圖標(biāo)，可進(jìn)行各項(xiàng)優(yōu)化： Tree欄中，可以進(jìn)行樹(shù)型選擇：rectangular

11、 tree/circle tree/radiation tree。每種樹(shù)都可以進(jìn)行長(zhǎng)度，寬度或角度等的設(shè)定 Branch：可對(duì)樹(shù)枝上的信息進(jìn)行修改。 Lable：可對(duì)樹(shù)枝的名字進(jìn)行修改。 Scale：標(biāo)尺設(shè)置 Cutoff：cut off for consensus tree。一般為50%。 9、進(jìn)化樹(shù)的分類(lèi)優(yōu)化 Place root on branch：可以來(lái)回轉(zhuǎn)換。 Flip subtree：180度翻轉(zhuǎn)分枝，名字翻轉(zhuǎn)180度。 Swab subtree：交換分枝，名字不翻轉(zhuǎn)。 Compress/expand subtree與Set divergent time：可以把同一分枝的基因壓縮或擴(kuò)展。 點(diǎn)擊Compress/expand subtree后，在要壓縮的分枝處點(diǎn)擊