江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt

江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第1頁(yè)第一節(jié)通用分類單元一、種以上系統(tǒng)分類單元二、學(xué)名三、幾個(gè)概念江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第2頁(yè)第一節(jié) 通用分類單元種以上系統(tǒng)分類單元界Kingdom門

Phylum（或Division）——亞門綱

Class——亞綱

——超目

目Order——亞目

科Family——亞科

——族

——亞族

屬

Genus

種

Species分類單元之間科加入亞門、亞綱、亞目、亞科等次要分類單位。種以下又可分為亞種、變種、型、菌株等江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第3頁(yè)種概念種（Species）：最基礎(chǔ)分類單位定義：種是一個(gè)基礎(chǔ)分類單位，是一大群表型特征高度相同、親緣關(guān)系極其靠近、與同屬內(nèi)其它種有顯著差異菌株總稱。在微生物中，一個(gè)種只能用該種內(nèi)一個(gè)經(jīng)典菌株作為詳細(xì)標(biāo)本，它就是該種模式種。新種：（Speciesnova,sp.nov或novsp.）

指權(quán)威性分類判定手冊(cè)中從未記載過(guò)一個(gè)新分離并判定過(guò)微生物新被判定種發(fā)表時(shí)應(yīng)在其學(xué)名后標(biāo)上sp.nov.符號(hào)，江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第4頁(yè)亞種以下分類單元變種(Variety，Var.)

，某純種某一主要特征與經(jīng)典菌種不一樣，其余特征則完全相符，而這一特征又是穩(wěn)定，就稱該純種為經(jīng)典種變種。經(jīng)典枯草芽孢桿菌：不產(chǎn)黑色素一個(gè)芽孢桿菌：酪氨酸培養(yǎng)基上產(chǎn)黑色素，其它特征都相同——稱枯草芽孢桿菌黑色變種（BacillussubtilisVar.niger）江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第5頁(yè)亞種（Subspecies,subsp.,ssp.）

種深入細(xì)分亞種與變種是近義詞，二者經(jīng)?；煊贸Ｔ诜N名、署名加詞后寫上subsp.然后再寫詳細(xì)亞種加詞；亞種以下生物變型——表示特殊生化或生理特征血清變型——表示抗原結(jié)構(gòu)不一樣致病變型——表示一些寄主專一致病性噬菌變型——表示對(duì)噬菌體特異性反應(yīng)形態(tài)變型——表示特殊形態(tài)特征江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第6頁(yè)菌株（strain）或稱品系：表示任何由一個(gè)獨(dú)立分離單細(xì)胞繁殖而成純種群體極其一切后代；實(shí)際上是一個(gè)微生物到達(dá)遺傳性純標(biāo)志。同一菌種不一樣菌株作為分類判別主要性狀——相同非判別用“小”性狀——很大差異尤其是生化性狀，如代謝產(chǎn)物（抗生素、酶、有機(jī)酸等）產(chǎn)量性狀等江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第7頁(yè)類群（group）：有些微生物種類特征介于兩種微生物之間，把這兩種微生物和介于它們之間種類統(tǒng)稱為一個(gè)“群”。沒(méi)有分類地位彼此不易嚴(yán)格區(qū)分在研究某一階段還不準(zhǔn)備作深入判定把大腸桿菌和產(chǎn)氣桿菌（兩個(gè)種區(qū)分顯著）以及許多介于這兩種細(xì)菌之間中間類型，統(tǒng)稱為大腸菌群江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第8頁(yè)二、微生物學(xué)名俗名（Commonname，Vernacularname）結(jié)核桿菌紅色面包霉綠膿桿菌學(xué)名（ScientificName）結(jié)核分枝桿菌(Mycobacteriumtuberculosis)粗糙脈胞菌(Neurosporacrassa)銅綠假單胞菌(Pseudomonasaeruginosa）學(xué)名：為了便于交流和防止混同，依據(jù)一個(gè)統(tǒng)一命名法則，給每種微生物取一個(gè)為大家公認(rèn)科學(xué)用名。江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第9頁(yè)微生物命名標(biāo)準(zhǔn)學(xué)名（ScientificName,Scientificnomenclature

）

菌種科學(xué)名稱，是按照《國(guó)際細(xì)菌命名法規(guī)》命名國(guó)際學(xué)術(shù)界公認(rèn)，并通用名稱。由拉丁詞或拉丁化詞組成菌種學(xué)名林奈“雙名法”Binomialnomenclature三名法學(xué)名其它知識(shí)一個(gè)微生物學(xué)工作者必須切記常見(jiàn)常見(jiàn)微生物學(xué)名江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第10頁(yè)微生物命名標(biāo)準(zhǔn)要求與常識(shí)：屬名應(yīng)大寫首字母、單數(shù)、通常是拉丁字名詞，用來(lái)描述微生物主要特征，如形態(tài)、生理特征等種加詞代表一個(gè)種次要特征，首字小寫,是拉丁字形容詞，來(lái)補(bǔ)充說(shuō)明微生物次要特征，如顏色、形狀、用途1.學(xué)名=屬名+種加詞+（首次定名人）+現(xiàn)名定名人和鮮明定名年份大腸埃希氏菌

Escherichiacoli(Migula)CastellanietChalmers1919兩歧雙歧桿菌

Bifidobacteriumbifidum（Tissier）Orla-Jensen1924江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第11頁(yè)2.學(xué)名=屬名+種名+菌株（用字母、符號(hào)等字形表示）表示菌株符號(hào)：隨意或研究機(jī)構(gòu)名稱縮寫；如“BF”為“北紡”，即北京紡織工業(yè)局科學(xué)研究所BacillussubtilisAS1.389枯草芽孢桿菌（可生產(chǎn)蛋白酶）B.subtilisBF7658（可生產(chǎn)淀粉酶）菌種保藏機(jī)構(gòu)縮寫如“AS”為AcademiaSinica（中國(guó)科學(xué)院），“ATCC”即AmericanTypeCultureCollection(美國(guó)模式菌種保藏中心）

江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第12頁(yè)雙名法實(shí)例3.學(xué)名=屬名+sp.(或spp.)只判定到屬名，對(duì)詳細(xì)種不能必定枯草芽孢桿菌

Bacillussubtilis(Ehrenberg)Cohn1872縮寫：B.subtilis

或Bac.SubtilisBacillussp.表示還未定種名芽孢桿菌（芽孢桿菌某一個(gè)）

Bacillusspp.表示一批還未定名芽孢桿菌（若干芽孢桿菌）江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第13頁(yè)菌株（品系）表示由一個(gè)獨(dú)立單細(xì)胞繁殖而成純種群體及其一切后代BacillussubtilisAS1.389枯草芽孢桿菌（可生產(chǎn)蛋白酶）B.subtilisBF7658（可生產(chǎn)淀粉酶）江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第14頁(yè)亞種/變種命名——“三名法”學(xué)名=屬名+種名

+subsp.或var.+亞種（或變種）加詞 排成斜體排成正體，但可省略排成斜體SaccharomycescerevisiaeHansenellipsoideus(Hansen)Dekker漢斯釀酒酵母橢圓形變種，原來(lái)由Hansen定名，以后Dekker將其劃為橢圓變種亞種（subspecies，簡(jiǎn)稱“subsp.”，排成正體字）變種（variety，簡(jiǎn)稱“var.”，排成正體字）Candidalipolytica(Harrison)DiddensetlodderVar.,lipolytica

表示解脂假絲酵母解脂變種江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第15頁(yè)新種命名新種：在實(shí)際工作中取得并判定了一個(gè)新種（sp.nov.或nov.sp.,是speciesnova縮寫）按照法則命名發(fā)表時(shí)，應(yīng)在其學(xué)名后附上“sp.nov.”符號(hào)，排成正體字。谷氨酸發(fā)酵新菌種Corynebacteriumpekinensesp.nov.AS1.299(北京棒桿菌AS1.299，新種）C.crenatumsp.nov.AS1.542（鈍齒棒桿菌AS1.542，新種）新種發(fā)表前，模式菌株培養(yǎng)物就應(yīng)存放在一個(gè)永久性菌種保藏機(jī)構(gòu)，并允許大家從中取得該菌種。江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第16頁(yè)江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第17頁(yè)第二節(jié) 微生物在自然界地位生物界級(jí)分類學(xué)說(shuō)：是在認(rèn)識(shí)發(fā)展過(guò)程中存在對(duì)生物分類不一樣階段不一樣觀點(diǎn)。二界→三界→四界→五界→六界→三原界（1753）（1860）（1956）（1969）（1949）（1978）五界系統(tǒng)包含動(dòng)物界、植物界、原生生物界（原生動(dòng)物、單細(xì)胞藻類、粘菌）、真菌界以及原核生物界。六界系統(tǒng)在五界系統(tǒng)基礎(chǔ)上增加一個(gè)病毒界。江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第18頁(yè)R.H.Whittaker五界系統(tǒng)示意圖江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第19頁(yè)六界系統(tǒng)表解原生生物界原生動(dòng)物、單細(xì)胞藻類、粘菌原核生物界細(xì)菌（真細(xì)菌和古生菌）、放線菌、藍(lán)細(xì)菌、支原體、立克次氏體、衣原體真菌界酵母菌、霉菌、蕈菌植物界動(dòng)物界病毒界病毒、亞病毒（類病毒、擬病毒、朊病毒）江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第20頁(yè)三原界系統(tǒng)是1978年由R.H.Whittaker和L.Margulis提出。全部生物存在一個(gè)共同祖先，由它分三條進(jìn)化路線，就形成了三個(gè)原界：古細(xì)菌原界（Archaebacteria)，包含產(chǎn)甲烷細(xì)菌、極端嗜鹽菌和嗜熱嗜酸菌；真細(xì)菌原界（Eubacteria)，包含藍(lán)細(xì)菌和各種除古細(xì)菌以外其它原核生物；真核生物原界（Eucaryotes），包含原生生物、真菌、動(dòng)物和植物。提出了內(nèi)共生學(xué)說(shuō)，主要是Margulis貢獻(xiàn)江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第21頁(yè)三原界系統(tǒng)示意圖江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第22頁(yè)第三節(jié) 各大類微生物分類系統(tǒng)綱要一、原核微生物分類系統(tǒng)綱要伯杰氏手冊(cè)二、真菌分類系統(tǒng)綱要Ainsworth菌物分類系統(tǒng)綱要江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第23頁(yè)一、原核微生物分類系統(tǒng)綱要原核生物分類學(xué)手冊(cè)發(fā)展細(xì)菌分類圖說(shuō)伯杰氏判定細(xì)菌學(xué)手冊(cè)細(xì)菌與放線菌判定細(xì)菌分類學(xué)原核生物伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第24頁(yè)伯杰氏手冊(cè)Breed《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》

全部細(xì)菌（包含古細(xì)菌在內(nèi)）放在原核生物界

細(xì)菌分類和判定依據(jù)Buchanan,R.E.etal.Bergey’sManualofDeterminativeBacteriology,伯杰氏判定細(xì)菌學(xué)手冊(cè)1923年,1925年,1930年,1934年,1939年,1948年,1957年,1974年分別出版了第一至第八版，1994年出了第九版以形態(tài)、生理生化、G+Cmol%、生態(tài)分布等特征為主表達(dá)了當(dāng)代分子生物學(xué)研究結(jié)果Bergey’sManualofSystematicBacteriology1984，9版

細(xì)菌（古細(xì)菌）、支原體、衣原體、立克次氏體、藍(lán)藻、放線菌江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第25頁(yè)江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第26頁(yè)細(xì)菌分類高級(jí)單位第九版《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》對(duì)全部微生物高級(jí)分類單元?jiǎng)澐忠韵拢?9類，250屬）:原核生物界(Procaryotae)薄壁菌門(Gracilicutes)暗細(xì)菌綱(Scotobacteria)不產(chǎn)氧光細(xì)菌(Anoxyphotobacteria)產(chǎn)氧光細(xì)菌(Oxyphotobacteria)

厚壁菌門(Firmicutes)厚壁菌綱(Firmibacteria)放線菌綱(Thallobzcteria)軟壁菌門(Teneribacteria)軟皮體綱(Mollicutes)偽壁菌綱(Mendosicutes古細(xì)菌綱(Archaeobacteria)

江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第27頁(yè)二、真菌分類系統(tǒng)綱要代表性真菌分類系統(tǒng)Ainsworth（1973）真菌分類系統(tǒng)N.J.W.Kreger-vanRij,Theyeasts:ataxonomicstudy,1984菌物與真菌江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第28頁(yè)第四節(jié) 微生物分類判定方法分類判定步驟取得該微生物純種培養(yǎng)物（pureculture)測(cè)定一系列必要判定指標(biāo)查找權(quán)威性判定手冊(cè)微生物分類中使用技術(shù)水平細(xì)胞形態(tài)水平細(xì)胞組分水平蛋白質(zhì)水平基因組水平江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第29頁(yè)經(jīng)典分類法早期，在細(xì)胞形態(tài)和習(xí)性水平。當(dāng)代分類判定方法60年代起，核酸和蛋白質(zhì)，紅外光譜、氣相色譜和質(zhì)譜以及計(jì)算機(jī)應(yīng)用數(shù)值分類法江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第30頁(yè)經(jīng)典微生物分類方法經(jīng)典分類法：依據(jù)少數(shù)幾個(gè)特征進(jìn)行分類方法隨機(jī)，不系統(tǒng)經(jīng)典分類方法分類依據(jù)：形態(tài)特征：個(gè)體群體生理、生化特征：營(yíng)養(yǎng)要求（碳源，氮源，生長(zhǎng)因子）；代謝產(chǎn)物（種類，產(chǎn)量，顯色反應(yīng)等）；酶（產(chǎn)酶種類，反應(yīng)特征等）生態(tài)特征：生長(zhǎng)溫度，對(duì)氧需要，酸堿要求，宿主種類等生活史特點(diǎn)血清學(xué)反應(yīng) 噬菌體敏感性其它江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第31頁(yè)形態(tài)特征形態(tài)特征包含個(gè)體特征和群體特征。個(gè)體特征：細(xì)胞形態(tài)，染色反應(yīng)，各種特殊結(jié)構(gòu)等群體特征：菌株在一定培養(yǎng)基中菌落特征菌落形態(tài)，在半固體或液體培養(yǎng)基中生長(zhǎng)狀態(tài)江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第32頁(yè)生理和生化特征營(yíng)養(yǎng)起源

各種糖能否被用作碳源和能源，對(duì)特定有機(jī)化合物和CO2利用能力氮源利用，是蛋白質(zhì)、蛋白胨、氨基酸或銨鹽、硝酸鹽中氮，還是大氣中游離氮。代謝產(chǎn)物檢測(cè)是否形成有機(jī)酸、產(chǎn)生氣體，能否分解色氨酸產(chǎn)生吲哚，能否還原硝酸鹽，能否產(chǎn)生色素或抗生素等與溫度和氧氣關(guān)系江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第33頁(yè)經(jīng)典分類依據(jù)生態(tài)特征微生物與其它生物寄生或共生等關(guān)系專一性微生物在自然界分布（是否耐高滲、嗜鹽）血清學(xué)反應(yīng)將已知菌種或菌株制成抗血清，未知菌是否與其發(fā)生特異性血清反應(yīng)用于微生物亞種分類、病毒分類（尤其是噬菌體分類）江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第34頁(yè)經(jīng)典分類依據(jù)生活史上代個(gè)體經(jīng)一系列生長(zhǎng)、發(fā)育階段而產(chǎn)生下一代個(gè)體全部經(jīng)歷微生物個(gè)體發(fā)育階段改變對(duì)噬菌體敏感性各噬菌體有嚴(yán)格寄生范圍菌體對(duì)噬菌體敏感性，區(qū)分不一樣類型江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第35頁(yè)當(dāng)代微生物分類方法遺傳分類法：從遺傳學(xué)角度估價(jià)微生物之間親緣關(guān)系分類方法主要分類依據(jù)：GC含量和DNA雜合情況。

化學(xué)分類法：指除核酸成份以外其它化學(xué)成份測(cè)定細(xì)胞壁、類脂、細(xì)胞色素組成，蛋白質(zhì)氨基酸次序，紅外吸收光譜，核磁共振譜等江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第36頁(yè)G+C含量G+C含量：DNA中堿基G和C在整個(gè)DNA中摩爾百分比。判斷微生物種屬間親緣關(guān)系遠(yuǎn)近親緣關(guān)系越遠(yuǎn)種，堿基數(shù)目和排列次序相差越大。各類微生物G+C含量：27-75摩爾%G+C含量相差10%以上，必定不屬于同一個(gè)種完全不相關(guān)兩種微生物，G+C含量可能相同/近注意：使用G+C含量性狀，必須結(jié)合其它性狀江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第37頁(yè)DNA雜交試驗(yàn)原理：不一樣起源DNA在體外加熱解鏈，適當(dāng)條件，使互補(bǔ)堿基配對(duì)結(jié)合成雙鏈DNA，然后測(cè)定雜合百分率雜合率越高，兩個(gè)DNA堿基序列相同性越高，親緣關(guān)系也越近兩條單鏈DNA堿基序列完全相同，完整雙鏈，雜合率100%個(gè)別相同，生成“雙鏈”含個(gè)別單鏈，雜合率小于100%。比較不一樣起源DNA堿基序列類似性江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第38頁(yè)DNA-rRNA雜交16SrRNA寡核苷酸序列分析分析后作出相同性圖，關(guān)系近集中到一起，關(guān)系遠(yuǎn)在圖上占據(jù)不一樣位置江南大學(xué)微生物學(xué)綜合ppt第39頁(yè)細(xì)胞壁成份分析組成單位或結(jié)構(gòu)，顯著特殊性霉菌細(xì)胞壁主要含有幾丁質(zhì)；細(xì)菌細(xì)胞壁主要成份是肽聚糖。革蘭氏陰性菌細(xì)胞壁肽聚糖含量較低，還有多肽、脂蛋白及脂多糖等；革蘭氏陽(yáng)性菌細(xì)胞壁肽聚糖百分比較高，還有蛋白質(zhì)、多糖、磷壁酸和磷壁質(zhì)等。廣泛用于放線菌