家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范 第1部分：總則 編制說(shuō)明

2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種一、工作簡(jiǎn)況2023年12月，全國(guó)畜牧總站等單位向全國(guó)畜牧業(yè)標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委家標(biāo)準(zhǔn)化管理委員會(huì)關(guān)于下達(dá)2024年第三批推薦性國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)計(jì)劃及相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)外文版計(jì)劃的通知》（國(guó)標(biāo)委綜合〔2024〕25號(hào)）批準(zhǔn)項(xiàng)僅是育種的重要素材，也是歷史文化的見(jiàn)證。2021年中央全面深化改革委員會(huì)通過(guò)的種業(yè)振興行動(dòng)方案中明確將資源保護(hù)列為首要行3實(shí)行分類分級(jí)保護(hù)。同時(shí)指出，“國(guó)務(wù)院農(nóng)業(yè)農(nóng)村主管部門根據(jù)畜禽遺傳資源分布狀況，制定全國(guó)畜禽遺傳資源保護(hù)和利用規(guī)劃，制定、瀕危的畜禽遺傳資源實(shí)行重點(diǎn)保護(hù)?！眱?nèi)家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范（NY/T3450-2019），是2019資源品種名錄（2024年版）》公布結(jié)果，收錄畜禽地方品種、培育4地方豬、牛、羊、家禽等瀕危品種為76個(gè)?；谝陨衔覈?guó)地方畜禽2024年6月成立起草工作組，成員包括xxx等。具體起草單位序號(hào)姓名職稱單位主要分工1xxx研究員xxx標(biāo)準(zhǔn)文本統(tǒng)籌安排2xxx高級(jí)畜牧師xxx標(biāo)準(zhǔn)文本起草，編制說(shuō)明修改，預(yù)審及報(bào)送相關(guān)工作，調(diào)研、收集相關(guān)參考資料3xxx教授xxx標(biāo)準(zhǔn)文本、編制說(shuō)明修改，技術(shù)指導(dǎo)，調(diào)研、收集相關(guān)參考資料4xxx教授xxx標(biāo)準(zhǔn)文本和編制說(shuō)明修改，組織征求意見(jiàn)，調(diào)研、收集相關(guān)參考5xxx高級(jí)畜牧師xxx標(biāo)準(zhǔn)編制說(shuō)明起草，調(diào)研、收集標(biāo)準(zhǔn)編制說(shuō)明起草，調(diào)研、收集相關(guān)參考資料6xxx高級(jí)畜牧師xxx標(biāo)準(zhǔn)文本和編制說(shuō)明修改，組織征求意見(jiàn)，調(diào)研、收集相關(guān)參考資料57xxx教授xxx標(biāo)準(zhǔn)文本和編制說(shuō)明修改，組織征求意見(jiàn)，調(diào)研、收集相關(guān)參考8xxx高級(jí)畜牧師xxx標(biāo)準(zhǔn)文本和編制說(shuō)明修改，組織征求意見(jiàn)，調(diào)研、收集相關(guān)參考9xxx高級(jí)畜牧師xxx標(biāo)準(zhǔn)文本和編制說(shuō)明修改，組織征求意見(jiàn)，調(diào)研、收集相關(guān)參考xxx正高級(jí)畜牧師xxx標(biāo)準(zhǔn)文本和編制說(shuō)明修改，組織征求意見(jiàn)，調(diào)研、收集相關(guān)參考xxx副教授xxx標(biāo)準(zhǔn)文本和編制說(shuō)明修改，組織征求意見(jiàn)，調(diào)研、收集相關(guān)參考xxx高級(jí)畜牧師xxx標(biāo)準(zhǔn)文本和編制說(shuō)明修改，組織征求意見(jiàn)，調(diào)研、收集相關(guān)參考xxx高級(jí)畜牧師xxx標(biāo)準(zhǔn)文本和編制說(shuō)明修改，組織征求意見(jiàn)，調(diào)研、收集相關(guān)參考xxx研究員xxx標(biāo)準(zhǔn)文本和編制說(shuō)明修改，組織征求意見(jiàn)，調(diào)研、收集相關(guān)參考議通過(guò)的中華人民共和國(guó)農(nóng)業(yè)部令第64號(hào)《畜禽遺傳資源保種場(chǎng)保6以及在2011年國(guó)務(wù)院發(fā)布的《種畜禽管理?xiàng)l例(2011修訂)》的第二涉及與本標(biāo)準(zhǔn)的關(guān)1《標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則第一部分:標(biāo)準(zhǔn)化文件的提供行文和書(shū)寫規(guī)2《畜禽糞便無(wú)害化處為本標(biāo)準(zhǔn)保種場(chǎng)/基因庫(kù)生產(chǎn)管理提供3《畜禽遺傳資源調(diào)查為本標(biāo)準(zhǔn)監(jiān)測(cè)方法4畜禽基因組選擇育種為本標(biāo)準(zhǔn)提供基因75NY/T《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第1部分：總則》.為標(biāo)準(zhǔn)制定提供保種場(chǎng)要求、保護(hù)對(duì)6NY/T傳多樣性檢測(cè)技術(shù)規(guī)為本標(biāo)準(zhǔn)提供了遺7NY/T遺傳多樣性檢測(cè)技術(shù)為本標(biāo)準(zhǔn)提供了遺8NY/T《家畜遺傳資源瀕危為標(biāo)準(zhǔn)瀕危等級(jí)評(píng)5)國(guó)家畜禽遺傳資源委員會(huì)組編．中國(guó)畜禽遺傳資源志[M].北京:8農(nóng)業(yè)大學(xué).2001,22(1):1-4.13)馬月輝，吳常信，畜禽遺傳資源受威脅程度評(píng)價(jià)，家畜生態(tài)，2001,22(2):8-13.14)魯云風(fēng)，吳克亮，夏敏，梁子安，王小立，畜禽保種群分子瀕危15)甘麥鄰.畜禽保種理論與方法在豬保種工作中的應(yīng)用[J].豬業(yè)科學(xué),報(bào)”.中國(guó)畜禽遺傳保護(hù)與利用(中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)技術(shù)出版社，2003年出版):3-9.17)馬月輝，吳常信，畜禽遺傳資源受威脅程度評(píng)價(jià)，家畜生態(tài)，2001,22(2):8-13.Insightsintothegeneticdiversityofindigenousgoatsandtheirconservationpriorities.AnimBiosci2019;32(10):9marker-basedmethodforestimatinginbcomponentsinapopulationunderconservation.AnimBiosci2020;33(1):12-23.ZouJ,WuK.Genomicdiversitydynamicsinconpopulationsarerevealedbygenome-wideSNPs.BMC22)FAO,Invivoconservationofanimalgeneticresou23)Nishio,M.,Inoue,K.,Ogawa,S.etal.Comparingpedigreeandgenomicinbreedingcoefficients,andinbreedingdepressionof(2023).https://doi.ocattlepopulation.BMCGenom/10.1186/25)FAO,GenomicChracterizationofanimalgeneticresour26)AniManichaikul,JosyfC.Mychaleckyj,StephenS.Rich,Robustrelationshipinferenceingenome-wideassociationstudies.Bioinformaticsv26,22,2867-2873(2010).2024年9月，在收集整理國(guó)內(nèi)畜禽遺傳資源保護(hù)相關(guān)法律、法部分:標(biāo)準(zhǔn)的結(jié)構(gòu)和編寫規(guī)則》（GB/T1.1-2020）的規(guī)定，標(biāo)準(zhǔn)起草高級(jí)職稱人員發(fā)出30份征求意見(jiàn)表（表2、3），共收回28份，提表2定向征求意見(jiàn)單位123456789表3征求意見(jiàn)單位和數(shù)量1772398432國(guó)畜牧總站等單位起草的國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第1部分：總則》（預(yù)審稿）進(jìn)行了認(rèn)真審查。專家組1.標(biāo)準(zhǔn)英文譯名修改為“Technicalspecificationforconservationoflivestockgeneticresourcein3.分子近交系數(shù)定義修改為“利用分子標(biāo)記信息來(lái)估算的個(gè)體或4.將“4基本條件”和“5技術(shù)要求”進(jìn)二、標(biāo)準(zhǔn)編制原則、主要內(nèi)容及其確定依據(jù)本標(biāo)準(zhǔn)嚴(yán)格按照《標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則第1部分：標(biāo)準(zhǔn)化文件的結(jié)前國(guó)內(nèi)家畜遺傳資源保種場(chǎng)保護(hù)的實(shí)際情況以及生產(chǎn)實(shí)踐的相關(guān)環(huán)保種場(chǎng)conservationfarm本定義參考中華人民共和國(guó)農(nóng)業(yè)部令第64號(hào)《畜禽遺傳資源保本定義參考NY/T3450-2019《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技名稱、出生日期等記錄的文件。”群體有效含量efectivepopulationsize本定義參考吳常信院士等編著的《動(dòng)物比較育種學(xué)》P157對(duì)群體有效大小進(jìn)行了解釋“通常對(duì)群體大小的方式有3種3）群體中繁殖者的有效數(shù)量，這是一個(gè)計(jì)算得出的數(shù)值，他是一個(gè)有N個(gè)繁殖個(gè)體，雌雄各半，隨機(jī)交配的理想群體相比較得來(lái)的一個(gè)當(dāng)量”&Cie,Paris.提出來(lái)的“Malecot'scoancestrycoefficientisdefinedastheprobabilitythatanytwoalleles,sampledatrandom(onindividual),areidenti《家畜育種學(xué)》第二版P158提到的“Malecot(1948)將近交系數(shù)定率”。哈代-溫伯格奠定的理論基礎(chǔ)，到分子標(biāo)記、測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步，推動(dòng)義參考了鄧學(xué)梅主編的《動(dòng)物遺傳學(xué)》第3版P355提到保種群體遺傳分子家系數(shù)量numberoffamilylinesbas本定義的制定，參考了Ani（2010）的研究，是進(jìn)一步明確利用分子有效群體含量efectivepopulationsizebasedonmolecularmar和國(guó)農(nóng)業(yè)部令(第64號(hào))）第二章第和國(guó)農(nóng)業(yè)部令(第64號(hào))）第二章第疫病是畜禽遺傳遺傳資源保種場(chǎng)活體保種面臨的較大風(fēng)險(xiǎn)之一，標(biāo)準(zhǔn)》（農(nóng)業(yè)農(nóng)村部（2022）574號(hào)公告）的有關(guān)規(guī)定制定，《種用和國(guó)農(nóng)業(yè)部令(第64號(hào))）第二章第五條訓(xùn)掌握家畜遺傳資源保護(hù)的基本知識(shí)和技能”。和國(guó)農(nóng)業(yè)部令(第64號(hào))）第二章第五條對(duì)不同家畜的保種群不完全隨機(jī)交配和隨機(jī)留種隨機(jī)交配四種留種選配制度下的群體遺），傳多樣性動(dòng)態(tài)變化（圖2），說(shuō)明不同保種方案對(duì)保種效果有影響，畜禽遺傳資源保種場(chǎng)保護(hù)區(qū)和基因庫(kù)管理辦法（中華人民共和國(guó)農(nóng)業(yè)部令(第以上；三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少畜12頭以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少于6個(gè)。山東省省級(jí)畜禽遺傳資源保種場(chǎng)上，公兔不少于畜12頭以上，三代保護(hù)區(qū)和基因庫(kù)以上，三代之內(nèi)以上，三代之內(nèi)之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系管理辦法沒(méi)有血緣關(guān)系沒(méi)有血緣關(guān)系沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少于6的家系數(shù)不少的家系數(shù)不少的家系數(shù)不少個(gè)。廣東省省級(jí)畜禽遺傳資源保種場(chǎng)牛12頭以上，三代保護(hù)區(qū)和基因庫(kù)以上，三代之內(nèi)以上，三代之內(nèi)以上，三代之內(nèi)之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系管理辦法沒(méi)有血緣關(guān)系沒(méi)有血緣關(guān)系沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少于6的家系數(shù)不少的家系數(shù)不少的家系數(shù)不少個(gè)。云南省省級(jí)畜禽遺傳資源保種場(chǎng)保護(hù)區(qū)和基因庫(kù)管理辦法以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少安徽省省級(jí)畜禽遺傳資源保種場(chǎng)保護(hù)區(qū)和基因庫(kù)管理辦法以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少畜12頭以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少于6個(gè)。海南省畜禽遺傳資源保種場(chǎng)和基因庫(kù)管理辦法以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少畜12頭以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少于6個(gè)。江蘇省畜禽遺傳資源保種場(chǎng)保護(hù)區(qū)和基因庫(kù)管理辦法以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少畜12頭以上，三代之內(nèi)沒(méi)有血緣關(guān)系的家系數(shù)不少于6個(gè)。和國(guó)農(nóng)業(yè)部令(第64號(hào))）第四章第十四條規(guī)定了畜禽遺傳配和隨機(jī)留種隨機(jī)交配四種留種選配制度下的群體遺傳多樣性的動(dòng)態(tài)變化（圖1）。此外，本條制定還參考了《畜禽遺傳資源保種場(chǎng)保護(hù)區(qū)和基因庫(kù)管理辦法》（中華人民共和國(guó)農(nóng)業(yè)部令(第64有相應(yīng)的保種計(jì)劃和質(zhì)量管理、出入庫(kù)管理、安全管理、消毒防疫、技術(shù)規(guī)程；有完整系統(tǒng)的技術(shù)檔案資料?！北菊鹿?jié)內(nèi)容制定主要參考2023年3月1日起施行的《中華人民務(wù)院農(nóng)業(yè)農(nóng)村主管部門根據(jù)全國(guó)畜禽遺傳資源保護(hù)和利用規(guī)劃及國(guó)保護(hù)對(duì)象分成三類列入國(guó)家級(jí)和省級(jí)家畜遺傳資源保護(hù)名錄的地方雖然《畜禽遺傳資源調(diào)查技術(shù)規(guī)范》（GBT27534）和第三次全群體有效含量和群體平均近交系數(shù)的計(jì)算參考了吳常信院士等第二版第九章第三節(jié)等繪制了附錄B的群體平均近交系數(shù)與群體有效含量的計(jì)算方法。保種群體的近交系數(shù)不超過(guò)0.125，該文本條目的制定參考了國(guó)標(biāo)現(xiàn)行的行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)NY/T3450-2019《家畜《家畜遺傳資源瀕危等級(jí)評(píng)定》（NY/T2995）是農(nóng)業(yè)農(nóng)村部對(duì)術(shù)規(guī)程（NY/T1673-2008）》詳細(xì)規(guī)定每個(gè)物種30個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)，然而隨著二代高通量測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步，基因組水平的SNP已經(jīng)被廣泛應(yīng)用，據(jù)2023年FAO《GenomicChracterizationofanimalgeneticresources》發(fā)布的文件中,提到了相比locationincodingregionphenotypicexpressioloci(QTL)ofinterest;and相比于傳統(tǒng)的微衛(wèi)星，全基因組水平的SNP遺傳標(biāo)記在檢測(cè)效率上有較大的提升中某位點(diǎn)雜合子的概率，對(duì)于雜合度的計(jì)算參考了1998年Nagylaki其中Pi表示k位點(diǎn)等位基因i的頻率。而對(duì)于多個(gè)位點(diǎn)的雜合度的基于分子標(biāo)記的近交系數(shù)的計(jì)算參考了Nishio(2023)和Bem(2024)文獻(xiàn)中的計(jì)算內(nèi)容，Nishio(2023)比較了基于系譜的近交系數(shù)到近交衰退，基因組近交系數(shù)FROH可以鑒定近交衰退，更準(zhǔn)確的反式中，LROHj代表基因組上不同長(zhǎng)度連續(xù)純和片段；LGenome代表注：FPED，基于家譜的近交系數(shù)；FGRM，基于基因組關(guān)系矩陣的近交系數(shù)；FUNI，基于聯(lián)合配子相關(guān)性的近交系數(shù)；FHOM，基于觀察到的純合基因型與預(yù)期純合基因型數(shù)量之比的近交系數(shù)；FROH，基于同源性片段（ROH）的近交系數(shù)；FROH30，基于ROH的近交系數(shù)，其中ROH包含的最少連續(xù)純合SNP數(shù)量為30；FROH_15，基于ROH的近交系數(shù)，其中ROH包含的最少連續(xù)純合SNP數(shù)量為15；FHBD，基于同源血統(tǒng)（HBD）的近交系數(shù)?；诜肿訕?biāo)記的親緣關(guān)系系數(shù)(kinshipcoefficient,?)的計(jì)算參考了ManichaikulA(2010)文獻(xiàn)中的計(jì)算內(nèi)容(2010-Robustrelationshipinferenceingenome-wideassociatio2φ=-m1Σ(xim-2φ=-mij2Σm2pm(1-pm)/Mij式中：φij——個(gè)體i和個(gè)體j之間的親緣關(guān)系系數(shù)；xim——個(gè)體i在第m個(gè)SNP位點(diǎn)上的基因型值（0,1,2）；xjm——個(gè)體j在第m個(gè)SNP位點(diǎn)上的基因型值（0,1,2pm——該位點(diǎn)m的等位基因頻率；Mij——SNP位點(diǎn)的數(shù)量；記間的連鎖不平衡的方法（Lin