SYNAPTG2S儀器操作規(guī)程

1、Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S 操作規(guī)程編寫(xiě)人：日期：審核人：日期：批準(zhǔn)人：日期：術(shù)語(yǔ)說(shuō)明UPLCUltra Performance Liquid Chromatography超高效液相色譜儀SourceIon Source離子源TOFTime of Flight飛行時(shí)間質(zhì)譜QuadQuadrupole四級(jí)桿Full scanScan全掃描模式 目 錄1.目的42.適用范圍43.設(shè)備、化學(xué)試劑、實(shí)驗(yàn)室備件44.儀器操作步驟45.維護(hù)保養(yǎng)606.記錄61Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作規(guī)程1. 目的規(guī)范Waters UPLC I-

2、Class SYNAPT G2-S聯(lián)用儀操作管理工作，確保技術(shù)人員對(duì)該儀器進(jìn)行安全、熟練、高效、有序的操作。2. 適用范圍適用于Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S的操作管理工作。3. 設(shè)備、化學(xué)試劑、實(shí)驗(yàn)室備件3.1設(shè)備：序號(hào)設(shè)備名稱(chēng)型號(hào)1安捷倫氣相色譜7890A2沃特世超高效液相色譜儀Waters UPLC I-Class3沃特世四級(jí)桿-飛行時(shí)間質(zhì)譜Waters SYNAPT G2-S3.2化學(xué)試劑：亮腦啡肽(leucine enkephalin)：CAS: 58822-25-6 ；甲酸鈉（NaFA）：CAS: 141-53-74. 儀器操作步驟4.1 UPLC

3、SYNAPT G2-S聯(lián)用儀的開(kāi)啟4.1.1 打開(kāi)電腦，輸入用戶(hù)名：waters，密碼：waters。4.1.2 打開(kāi)液相各個(gè)模塊電源（沒(méi)有順序）。4.1.3 打開(kāi)氮?dú)獍l(fā)生器的電源，確認(rèn)壓力指示100 psi；打開(kāi)氬氣減壓閥確認(rèn)壓力指示在7 psi；高分辨質(zhì)譜還需打開(kāi)氦氣減壓閥確認(rèn)壓力指示在7 psi，此時(shí)關(guān)閉sample cone的isolation valve。4.1.4 打開(kāi)質(zhì)譜電源開(kāi)關(guān)，在質(zhì)譜背面板右側(cè)位置有四個(gè)黑色可以上下搬動(dòng)的開(kāi)關(guān)，按照從下到上的順序依次將這四個(gè)開(kāi)關(guān)搬到向上的位置。4.1.5 等待約5分鐘，待儀器與電腦網(wǎng)絡(luò)通訊連接好，雙擊桌面Masslynx V4.1圖標(biāo)，打開(kāi)Ma

4、sslynx軟件，等待軟件主窗口狀態(tài)欄中部偏右位置出現(xiàn)Not Scanning的信息。4.1.6 打開(kāi)MS Console窗口，左邊欄依次選中Synapt G2 QTOF/Intellistart，在右側(cè)窗口中點(diǎn)擊operate快捷圖標(biāo)。（點(diǎn)擊operate圖標(biāo)后應(yīng)該能聽(tīng)到外置真空泵發(fā)出很大噪音，隨后聲音逐漸變?。?.1.7 打開(kāi)MS tune窗口，單擊氬氣的控制開(kāi)關(guān)，關(guān)閉氬氣。等待右下角紅色方塊變?yōu)榫G色，表明儀器可以工作了（通常這個(gè)過(guò)程需要7-8個(gè)小時(shí)?？梢詮腗S tune/view /vacuum中觀(guān)察真空度的變化，當(dāng)TOF的真空度小于1.2e10-6時(shí)，右下角紅色方塊會(huì)變成綠色），此時(shí)可

5、打開(kāi)isolation valve。4.2 液相系統(tǒng)的灌注準(zhǔn)備流動(dòng)相，如用到緩沖鹽流動(dòng)相需用0.22 m的濾膜過(guò)濾，所有緩沖鹽流動(dòng)相和超純水都要新配置，且使用不得超過(guò)兩天；所有樣品都要用初始流動(dòng)相來(lái)溶解，并用0.22m的濾膜過(guò)濾。在MassLynx軟件主界面點(diǎn)擊Mass Console圖標(biāo)，打開(kāi)液相控制臺(tái)窗口。選擇ACQUITY UPLC System界面下的Control/Prime A/B solvents，分別灌注A1、B1和A2、B2流路3 min；然后選擇ACQUITY UPLC System界面下的Control/ Prime Seal Wash，灌注Seal Wash流路，觀(guān)察S

6、eal Wash管路沒(méi)有氣泡后，點(diǎn)擊Prime Seal Wash，停止灌注Seal Wash；選擇ACQUITY UPLC System目錄樹(shù)的Sample Manager，點(diǎn)擊右側(cè)的Control/Prime syringes，灌注進(jìn)樣針和洗針系統(tǒng)。4.3 新項(xiàng)目的建立注：如在已有的項(xiàng)目下進(jìn)行試驗(yàn)，此步驟可以不做。4.3.1在MassLynx主窗口選擇 Wizard。4.3.2當(dāng)出現(xiàn)以下窗口時(shí)，點(diǎn)擊Yes。4.3.3 輸入項(xiàng)目名稱(chēng)，點(diǎn)擊Next。4.3.4 選擇Create using existing project as template，點(diǎn)擊Browse，選擇新建項(xiàng)目的模板，點(diǎn)擊Ne

7、xt。4.4. 質(zhì)譜質(zhì)量數(shù)粗校在MassLynx主界面點(diǎn)擊Mass Tune圖標(biāo)進(jìn)入Mass Tune界面，LockSpray Flow Control下的三個(gè)按鈕功能從左至右依次為：按設(shè)定流速進(jìn)樣、停止進(jìn)樣、灌注管路。將實(shí)時(shí)校正液放在設(shè)置瓶號(hào)位置，點(diǎn)擊灌注管路，排除氣泡。點(diǎn)擊Sprayer Position設(shè)定擋板位置在LockSpray；設(shè)定Reservoir為實(shí)時(shí)校正液瓶號(hào)位置（B）；設(shè)定Flow State為Infusion模式；設(shè)定Infusion Flow Rate，通常為5 L/min；點(diǎn)擊按鈕，進(jìn)樣，如圖4.4.1 實(shí)時(shí)校正液（LE）進(jìn)樣，信號(hào)穩(wěn)定后觀(guān)察主峰的質(zhì)量數(shù)，ES+時(shí)，

8、（LE+H）+的準(zhǔn)確質(zhì)量數(shù)為556.2771，ES-時(shí)，（LE-H）-的準(zhǔn)確質(zhì)量數(shù)為554.2615，觀(guān)察實(shí)測(cè)質(zhì)量數(shù)與理論準(zhǔn)確質(zhì)量數(shù)的差別，如果其差值在±0.1則可省去粗校步驟；如果差值較大，進(jìn)行粗校。4.4.2 點(diǎn)擊MS Tune主界面上部菜單的Setup，彈出下拉菜單，點(diǎn)擊System View，在彈出的窗口輸入密碼：access，點(diǎn)擊OK，進(jìn)入system view模式。4.4.3 在system view模式下點(diǎn)擊上部菜單的System，彈出下拉菜單，點(diǎn)擊Acquisition Settings，彈出質(zhì)量數(shù)粗校窗口，如圖4.4.4 在質(zhì)量數(shù)粗校窗口右側(cè)，勾選Calculate

9、 and set Veff，設(shè)定計(jì)算并設(shè)置Veff值；Reference Mass：輸入LE（實(shí)時(shí)校正液）在該模式下的準(zhǔn)確質(zhì)量數(shù)，Measured Mass：輸入剛觀(guān)察到的實(shí)際檢測(cè)質(zhì)量數(shù)，點(diǎn)擊Calculate，然后點(diǎn)擊Update，質(zhì)量數(shù)粗校完成。點(diǎn)擊Close退出粗校窗口。4.4.5 在System View窗口點(diǎn)擊上部菜單的Setup，彈出下拉菜單，點(diǎn)擊System View，彈出系統(tǒng)參數(shù)保存窗口，點(diǎn)擊保存Both Tuning Parameters and System Setting，點(diǎn)擊OK退出System View模式。4.5. 質(zhì)譜質(zhì)量軸校正4.5.1在MassLynx主界面點(diǎn)

10、擊Mass Tune圖標(biāo)，進(jìn)入Mass Tune界面。設(shè)置擋板位置Sprayer Position為Sample，設(shè)置Sample Flow Control參數(shù)，先將質(zhì)量軸校正液NaFA放在對(duì)應(yīng)位置，點(diǎn)擊灌注圖標(biāo)排除管路氣泡。設(shè)定Infusion Flow Rate，通常為5-10 L/min，F(xiàn)low State為Infusion，Reservoir為校正液所放位置，灌注完成后點(diǎn)擊進(jìn)樣按鈕。4.5.2在MassLynx主界面點(diǎn)擊Mass Console圖標(biāo)，進(jìn)入Mass Console界面，點(diǎn)擊左邊的目錄樹(shù)SYNAPT G2-S展開(kāi)其目錄，選中IntelliStart，點(diǎn)擊右部菜單欄的Con

11、figure下拉菜單，單擊Configure Mode，選中Create Calibration，單擊界面右部的Start按鈕，如圖4.5.3彈出校正文件編輯向?qū)?。點(diǎn)擊左下角Calibration Pro按鈕，進(jìn)入Calibration Pro界面，點(diǎn)擊，建立新的校正文件，輸入校正文件名稱(chēng)，如圖。4.5.4 編輯校正文件。在Mass Range右側(cè)點(diǎn)擊Edit按鈕，編輯質(zhì)量數(shù)范圍，通常設(shè)定質(zhì)量數(shù)范圍50-1200Da，如圖4.5.5 設(shè)定校正類(lèi)型，通常選擇自動(dòng)校正，如圖。4.5.6點(diǎn)擊正離子模式或負(fù)離子模式右下角的Edit鍵，編輯用于校正正離子模式或負(fù)離子模式校準(zhǔn)物質(zhì)，如圖。通常選擇甲酸鈉為質(zhì)

12、譜質(zhì)量軸校正物質(zhì)，編輯完成后如圖，點(diǎn)擊OK退出校正文件編輯界面。4.5.7點(diǎn)擊，又出現(xiàn)校正文件編輯向?qū)醉?yè)，此時(shí)選中的校正文件就是剛編輯好的校正文件，點(diǎn)擊Next。4.5.8 校正設(shè)置。此時(shí)選中的校正是正離子模式下靈敏度（Sensitivity）、分辨率（Resolution）、高分辨率（High Resolution）三種模式的質(zhì)量軸校正，選擇要做的模式，通過(guò)右邊的勾去掉不需要模式下的校正；當(dāng)需要做不止一種模式的質(zhì)量軸較正時(shí)最好分開(kāi)做。點(diǎn)擊Next。4.5.9 校正數(shù)據(jù)采集參數(shù)設(shè)置，該界面可選擇單級(jí)質(zhì)譜模式或串聯(lián)質(zhì)譜模式；如果選擇了串聯(lián)質(zhì)譜模式（MSMS），需打開(kāi)碰撞壓并設(shè)置其能量，點(diǎn)擊Ne

13、xt，如圖4.5.10 校正液流路設(shè)置，選擇Tune Page，按照MS Tune界面的參數(shù)設(shè)置進(jìn)樣。4.5.11 設(shè)置校正文件可接受標(biāo)準(zhǔn)，選擇ppm，在Threshold（ppm）輸入1，表示各個(gè)質(zhì)量數(shù)的允許殘差為1ppm。點(diǎn)擊Next，出現(xiàn)準(zhǔn)備校正窗口，點(diǎn)擊Start開(kāi)始校正，如圖4.5.12 校正完成后自動(dòng)彈出校正報(bào)告，顯示Pass，表明校正通過(guò)。4.5.13 校正完成后，到MS Tune點(diǎn)擊NaFA停止進(jìn)樣圖標(biāo)停止進(jìn)樣。4.6. 實(shí)時(shí)校正離子源優(yōu)化4.6.1 在MassLynx主界面點(diǎn)擊Mass Tune圖標(biāo)，進(jìn)入Mass Tune界面，設(shè)置LockSpray Flow Control

14、參數(shù)。先將實(shí)時(shí)校正液LE放在對(duì)應(yīng)位置，點(diǎn)擊灌注圖標(biāo)排除管路氣泡。設(shè)定Sprayer Position為L(zhǎng)ockSpray，設(shè)定Infusion Flow Rate，通常為5 L/min，F(xiàn)low State為Infusion，Reservoir為實(shí)時(shí)校正液所放位置，灌注完成后點(diǎn)擊進(jìn)樣按鈕。4.6.2 與質(zhì)譜質(zhì)量軸校正相同，在Mass Console界面的Configure Mode模式下，點(diǎn)擊LockSpray Source setup，點(diǎn)擊右部的Start按鈕，進(jìn)入到LockSpray Source setup編輯向?qū)?，點(diǎn)擊Next進(jìn)入LockSpray Source setup編輯窗口，點(diǎn)

15、擊Next。4.6.3在此頁(yè)面點(diǎn)擊左下部的LockSpray Pro，編輯實(shí)時(shí)校正文件，彈出Lock Mass Editor窗口，點(diǎn)擊，建立新的實(shí)時(shí)校正文件。4.6.4實(shí)時(shí)校正文件編輯窗口，如圖。在此頁(yè)面編輯實(shí)時(shí)校正文件的名稱(chēng)，設(shè)定實(shí)時(shí)校正的參考物質(zhì)（通常實(shí)時(shí)校正參考物質(zhì)為L(zhǎng)E），設(shè)定質(zhì)譜模式（單質(zhì)譜或串聯(lián)質(zhì)譜），設(shè)定正離子模式或負(fù)離子模式，選擇相應(yīng)的質(zhì)量數(shù)。例如做單級(jí)質(zhì)譜正離子模式的實(shí)時(shí)校正文件，見(jiàn)下圖。參數(shù)設(shè)置完成后，點(diǎn)擊OK，退出編輯窗口。注：如果設(shè)定為單質(zhì)譜模式（Mode：MS），正離子模式選擇質(zhì)量數(shù)556.2771，負(fù)離子模式選擇質(zhì)量數(shù)554.2615；如果設(shè)定為串聯(lián)質(zhì)譜模式（Mod

16、e：MSMS），則需開(kāi)啟碰撞能量，正負(fù)離子模式除了單質(zhì)譜模式選擇的質(zhì)量數(shù)外，可再添加一個(gè)響應(yīng)較高的質(zhì)量數(shù)。4.6.5此時(shí)自動(dòng)彈出Lock Mass Editor窗口，點(diǎn)擊退出。4.6.6 回到LockSpray編輯向?qū)Ы缑?，點(diǎn)擊Next，如圖4.6.7進(jìn)入LockSpray Setup設(shè)置，設(shè)置自動(dòng)或自定義Setup類(lèi)型，選擇Custom，點(diǎn)擊Next，如圖4.6.8 設(shè)定LockSpray的錐孔電壓及分析器傳輸，選擇Tune Page的編輯好的參數(shù)，點(diǎn)擊Next，如圖 4.6.9 設(shè)置實(shí)時(shí)校正樣品流路，選擇Tune Page，點(diǎn)擊Next，如圖 4.6.10 彈出窗口如下，點(diǎn)擊Start，開(kāi)

17、始運(yùn)行LockSpray Source Setup。4.6.11實(shí)時(shí)校正完成后自動(dòng)彈出報(bào)告，顯示Pass，表明實(shí)時(shí)校正通過(guò)。4.6.12 實(shí)時(shí)校正設(shè)定完成后回到MS Tune界面，點(diǎn)擊LE停止進(jìn)樣圖標(biāo)停止進(jìn)樣。 4.7. 檢測(cè)器設(shè)置4.7.1 同4.6.1，設(shè)置LE進(jìn)樣參數(shù)。4.7.2 在MS Console界面的Configure模式下，點(diǎn)擊Detector Setup，點(diǎn)擊右部Start按鈕，如圖4.7.3 進(jìn)入Detector Setup向?qū)?，點(diǎn)擊Next4.7.4 進(jìn)入Detector Setup編輯界面，點(diǎn)擊Next，如圖4.7.5 設(shè)置Detector Setup的樣品流路，選擇T

18、une Page，點(diǎn)擊Next，如圖4.7.6 彈出如下界面，點(diǎn)擊Start。4.7.7 Detector Setup完成后自動(dòng)彈出報(bào)告。4.7.8回到MS Tune界面，點(diǎn)擊LE停止進(jìn)樣圖標(biāo)停止進(jìn)樣。4.8. 數(shù)據(jù)的采集4.8.1 液相方法的編輯在MassLynx主界面點(diǎn)擊Inlet Method圖標(biāo)，編輯液相方法。點(diǎn)擊新建或打開(kāi)快捷鍵，新建或打開(kāi)已有的液相方法見(jiàn)下圖點(diǎn)擊Inlet Method主界面上的Inlet圖標(biāo)，編輯流動(dòng)相洗脫方法。選擇相應(yīng)的流動(dòng)相管路A1、B1、A2、B2（A1、A2不能同時(shí)選擇，B1、B2不能同時(shí)選擇），設(shè)置流動(dòng)相洗脫梯度、Seal Wash（柱塞桿）清洗頻率、R

19、un Time（方法總運(yùn)行時(shí)間）。點(diǎn)擊Inlet Method主界面上的Auto Sampler圖標(biāo)，在General選項(xiàng)卡下設(shè)置進(jìn)樣模式、強(qiáng)洗弱洗體積、樣品室管理器溫度。在該界面Column Manager選項(xiàng)卡下設(shè)置色譜柱位置、溫度。參數(shù)設(shè)置完成后，點(diǎn)擊OK退出Inlet和Auto Sampler編輯界面，回到Inlet Method主界面，點(diǎn)擊左上角File下拉菜單，將方法另存為XX.wvhp文件，如圖4.8.2 質(zhì)譜方法的編輯在MassLynx主界面點(diǎn)擊圖標(biāo)，編輯MS File方法文件。如圖為MS File方法編輯窗口。點(diǎn)擊新建或打開(kāi)按鈕新建或打開(kāi)一個(gè)已有的MS File方法；點(diǎn)擊，新

20、建一個(gè)Function，雙擊已有的Function可打開(kāi)已有的進(jìn)行編輯；點(diǎn)擊LockSpray圖標(biāo)，編輯實(shí)時(shí)校正；點(diǎn)擊編輯方法事件。4.8.2.1 Function的編輯 在Acquisition選項(xiàng)卡下，設(shè)置此Function的采集時(shí)間、離子源、采集模式（包括極性、分析器模式、動(dòng)態(tài)范圍、靈敏度，通常后兩者為默認(rèn)值）。 在TOF MS選項(xiàng)卡下，設(shè)置采集質(zhì)量數(shù)范圍，Scan Time，數(shù)據(jù)類(lèi)型（Centroid、Continue）。若Function為MS模式，則不需要對(duì)Trap CE Control和Transfer CE Control兩個(gè)選項(xiàng)卡參數(shù)進(jìn)行設(shè)置。4.8.2.2 LockSpra

21、y參數(shù)設(shè)置點(diǎn)擊LockSpray圖標(biāo)，編輯實(shí)時(shí)校正參數(shù)。選擇采集實(shí)時(shí)校正并校正，調(diào)用實(shí)驗(yàn)前做好的LockSpray Source Setup文件，設(shè)置實(shí)時(shí)校正采集參數(shù)，包括Scan Time、間隔時(shí)間、Scans to Average，質(zhì)譜窗口，設(shè)置完成后點(diǎn)擊OK。4.8.2.3 方法事件編輯在MS File文件編輯主窗口，點(diǎn)擊圖標(biāo)編輯方法事件。勾選事件下的Enable，使編輯的方法事件運(yùn)行。通常方法中的事件包括以下4個(gè)，如圖：4.8.3 MS Tune方法的編輯在MassLynx主界面點(diǎn)擊MS Tune圖標(biāo)，進(jìn)入調(diào)諧方法編輯界面，如圖。點(diǎn)擊快捷菜單欄的新建或打開(kāi)按鈕，新建或打開(kāi)已有的調(diào)諧文件

22、；點(diǎn)擊正離子或負(fù)離子快捷鍵，切換正負(fù)離子模式；點(diǎn)擊靈敏度、分辨率、高分辨率快捷鍵，實(shí)現(xiàn)三種模式的切換；點(diǎn)擊MS、MSMS快捷鍵，實(shí)現(xiàn)單級(jí)質(zhì)譜與串聯(lián)質(zhì)譜模式的切換；點(diǎn)擊，打開(kāi)或關(guān)閉載氣氮?dú)?；點(diǎn)擊，打開(kāi)或關(guān)閉碰撞氣氬氣。設(shè)置好實(shí)驗(yàn)所需的條件后，在ES選項(xiàng)卡下編輯離子源毛細(xì)管電壓、錐孔電壓，離子源補(bǔ)償、離子源溫度、脫溶劑氣溫度、錐孔反吹氣流速、脫溶劑氣流速等參數(shù)。在Fluidics選項(xiàng)卡下設(shè)置樣品流路狀態(tài)為L(zhǎng)C，Spray Position為Sample。 編輯完成后點(diǎn)擊 as保存，實(shí)驗(yàn)時(shí)打開(kāi)所需要的MS Tune文件即可。4.8.4建立樣品測(cè)試序列表4.8.4.1 在MassLynx軟件主界面編輯

23、樣品運(yùn)行序列表。點(diǎn)擊新建或打開(kāi)快捷鍵，新建或打開(kāi)已有的序列表，并根據(jù)需要添加行數(shù)。4.8.4.2 建立序列表時(shí)需包含以下信息：、（樣品信息）、Bottle（樣品瓶位置）、Sample Type（樣品類(lèi)型）、Inlet Method（液相方法）、MS 文件），其他參數(shù)可以酌情增減。在此過(guò)程中，確保的唯一性。序列文件編輯完畢后，通過(guò)運(yùn)行此序列，所有樣品將按順序進(jìn)樣分析。4.8.4.2 序列表編輯完成后，點(diǎn)擊左上角File下拉菜單，將序列表另存為XX.SPL。如圖：至此，方法編輯流程結(jié)束，接下來(lái)將樣品瓶放置在樣品盤(pán)相應(yīng)位置后，即可開(kāi)始運(yùn)行序列和方法，進(jìn)行測(cè)試。4.8.4.3 方法運(yùn)行運(yùn)行已編輯好的序

24、列表，左鍵拖動(dòng)選中需運(yùn)行的樣品，單擊主界面的運(yùn)行圖標(biāo)，出現(xiàn)Sample List Run對(duì)話(huà)框，選中Acquire Sample Data，點(diǎn)擊OK即可開(kāi)始運(yùn)行樣品測(cè)試。4.9. 離子淌度分析 4.9.1 離子淌度采集參數(shù)設(shè)置4.9.1.1 在MS Tune界面，將TOF調(diào)整到淌度模式，點(diǎn)擊Acq Mode下拉菜單，選中mobility TOF。在TriWave控制界面，勾選Enable Manual Controls，試驗(yàn)中手動(dòng)調(diào)整淌度參數(shù)。檢查T(mén)riwave DC是否是Bias：45（普通模式下是2.0，淌度模式是45）。淌度的推薦參數(shù)，IMS Wave Velocity：700；End

25、Velocity：900?？筛鶕?jù)實(shí)際情況調(diào)整此參數(shù)，使淌度圖中總離子流圖兩端均能碰到基線(xiàn)，各提取離子的淌度峰能分離。若總離子流圖兩端高于基線(xiàn)，說(shuō)明會(huì)有部分離子流到其他淌度時(shí)間段。 Gas Controls：調(diào)節(jié)各部位的氣體流量，推薦值如下，Trap：2.0；Helium Cell：180，增加此值可減少Trap的碎片；IMS：90，調(diào)節(jié)此值可改變淌度的driftime。TrapTransfer Collision Energy根據(jù)實(shí)際需要選擇和設(shè)置。4.9.1.2 淌度數(shù)據(jù)的采集點(diǎn)擊MS Tune上部菜單欄的三角形采集按鈕，根據(jù)實(shí)際需要設(shè)置，勾選Add Drift Time Function。

26、4.9.1.3 淌度數(shù)據(jù)的查看在MassLynx主界面點(diǎn)擊查看色譜圖按鈕，打開(kāi)采集的淌度圖，色譜圖中Function 1是總離子流圖，F(xiàn)unction 2是淌度圖。在MassLynx主界面點(diǎn)擊Drift Score查看采集的淌度結(jié)果。點(diǎn)擊選取離子按鈕，選擇需要的形狀，劃取需要的離子。導(dǎo)出譜圖 to MassLynxRetain Retention Time/Drift Time。回到MassLynx主界面查看色譜和質(zhì)譜圖，點(diǎn)擊查看色譜圖按鈕查看剛存好導(dǎo)出的淌度色譜質(zhì)譜圖。4.10. 數(shù)據(jù)分析 4.10.1 MarkerLynx分析4.10.1.1 進(jìn)行MarkerLynx分析前采樣要遵循此原則

27、：樣品至少重復(fù)進(jìn)樣3次或更多（推薦5次平行）。4.10.1.2在MassLynx主界面點(diǎn)擊左側(cè)的MarkerLynx選項(xiàng)卡，如圖，進(jìn)入MarkerLynx分析步驟。4.10.1.3 設(shè)置樣品列表。更改樣品列表格式：在MassLynx主界面點(diǎn)擊Sample下拉列表，選擇FormatLoad，在彈出的對(duì)話(huà)框中選擇Metabonomics，點(diǎn)擊Ok退出。分組排序：點(diǎn)擊Sample下拉列表，選擇SortSample Group，更改后將Sample List另存。如樣品CPL1重復(fù)進(jìn)三針，在其Sample Group均填A(yù)，樣品CPL2重復(fù)進(jìn)三針，在其Sample Group均填B。4.10.1.4

28、編輯方法（Edit Method）。 在MarkerLynx選項(xiàng)卡下點(diǎn)擊Edit Method圖標(biāo)，編輯處理方法。首先在編輯處理方法界面編輯方法參數(shù)，如圖Mass Exclusion List：Function：1；Analysis Type：Peak Detection；Noise Elimination Level：（Yes）6.0 默認(rèn)值；Deisotope Data：Yes（是否去除同位素?cái)?shù)據(jù)）；XIC Window（Da）：0.02。Collection Parameters：Marker Intensity Threshold（Counts）：按基線(xiàn)設(shè)置，1000-10000；Ma

29、ss Window：0.02；Retention Window：0.1。Use relative retention Time：詢(xún)問(wèn)是否有內(nèi)標(biāo)，選擇Yes則進(jìn)入到Internal Standards選項(xiàng)下的Int Std中設(shè)置。Model Mass List（通過(guò)頂部菜單欄導(dǎo)入TXT文本實(shí)現(xiàn)只監(jiān)測(cè)或不監(jiān)測(cè)某些質(zhì)量數(shù)峰）：Import a mass List：不監(jiān)測(cè)某些質(zhì)量數(shù)峰；Import a model List：只監(jiān)測(cè)某些質(zhì)量數(shù)峰。事先通過(guò)TXT文本設(shè)置好需要監(jiān)測(cè)或排除的精確質(zhì)量數(shù)，每一個(gè)質(zhì)量數(shù)為一行，存為T(mén)XT文本。Element Composition Method：事先導(dǎo)入元素組成界

30、面設(shè)置好元素組成方法，設(shè)置范圍需要相對(duì)較寬。將元素組成方法通過(guò)Save Settings另存為.els方法文件。整個(gè)方法編輯完成后另存。4.10.1.5 數(shù)據(jù)處理在MarkerLynx選項(xiàng)卡下點(diǎn)擊Process Sample圖標(biāo)，處理數(shù)據(jù)。在跳出的對(duì)話(huà)框中勾選Process Data、Create Marker、Extended Statistic（統(tǒng)計(jì)分析），或者只勾選Extended Statistic，則前兩項(xiàng)自動(dòng)勾選。選擇Project、Sample List、Samples和Method，Samples可選擇間隔樣品，以逗號(hào)區(qū)分。點(diǎn)擊Ok開(kāi)始處理數(shù)據(jù)。處理結(jié)束后，會(huì)自動(dòng)彈出兩個(gè)窗口，

31、一個(gè)為Marker結(jié)果窗口Table View，一個(gè)為統(tǒng)計(jì)分析窗口XS。4.10.1.6 Marker結(jié)果窗口Table View。整個(gè)窗口分為5部分，由上至下三個(gè)列表，最低層并排兩個(gè)圖，分別為：第一個(gè)列表為Sample Bar，是處理樣品的信息；第二個(gè)列表為Marker Bar，是樣品中所有質(zhì)量數(shù)組分的信息，包括該組分在不同樣品中的響應(yīng)；第三個(gè)列表為Result Bar，是選中樣品進(jìn)行元素分析或譜庫(kù)檢索的結(jié)果顯示窗口；左下角圖為Chromatogram View，是Sample Bar中當(dāng)前選中Sample的TIC圖；右下角圖為T(mén)rend Bar，是在Marker Bar中當(dāng)前選中的質(zhì)量數(shù)組

32、分在不同樣品中的差異比較圖。在Maker Bar 中選擇需要處理的樣品，右鍵菜單中選擇Add to New Result Tab或者Add to Current Result Tab，就將選中的Maker添加到了Result Bar列表中。選中Result Tab，右鍵選擇Elemental Composition可進(jìn)行元素組成分析（需在處理方法中編輯和加載過(guò)元素組成分析方法）。選擇Search Database by Elemental Composition，可得到元素分析檢索的結(jié)果。選擇Search Database by Mass，可得到譜庫(kù)檢測(cè)結(jié)果，View Hit Details

33、可查看檢索結(jié)果的結(jié)構(gòu)式。選擇譜庫(kù)：在Chromatogam View欄中右鍵選擇Display Options，進(jìn)入Database對(duì)話(huà)框，可選擇譜庫(kù)，Local譜庫(kù)為本地譜庫(kù)，勾選右邊的Makers。可自己在MakerLynx主界面編輯添加，添加內(nèi)容為質(zhì)量數(shù)、結(jié)構(gòu)式和備注。如果計(jì)算機(jī)為英文系統(tǒng)、時(shí)區(qū)為英國(guó)時(shí)區(qū)，而且計(jì)算機(jī)聯(lián)網(wǎng)的情況下，可以使用Online譜庫(kù)，包括Chemspider、Wiki等。4.10.1.7統(tǒng)計(jì)分析XS View。在Process Data時(shí)若勾選了Extended Statistic項(xiàng)，則處理完成后自動(dòng)彈出統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果的XS View窗口；如果沒(méi)有選擇，或中途關(guān)閉，可

34、選擇從Table View窗口菜單欄最后一個(gè)XS圖標(biāo)進(jìn)入。為了使PCA圖上的數(shù)據(jù)點(diǎn)標(biāo)示簡(jiǎn)單清楚，在菜單欄將Lables和Color By選項(xiàng)均選擇為Sample Group。雙擊Scores Plot進(jìn)入可編輯狀態(tài)。根據(jù)頂部菜單欄，可選擇不同形式的統(tǒng)計(jì)圖：Scores Plot、Loadings Plot、Loadings Bi Plot：Scores Plot為樣品區(qū)分圖，相同的樣品會(huì)集中在同一個(gè)區(qū)域，樣品平行性越好，位置越集中。Loadings Plot為質(zhì)量數(shù)組分的分布圖，可與Scores Plot對(duì)比觀(guān)看，某個(gè)樣品中含量高或者出現(xiàn)概率大的組分也會(huì)出現(xiàn)在樣品的周邊區(qū)域。在Loadings

35、 Plot中可以左鍵拖動(dòng)選中感興趣的組分，點(diǎn)擊右側(cè)Transfer Loadings Data可將選擇的組分添加到Result Bar，進(jìn)行元素組成分析或譜庫(kù)檢索。Loadings Bi Plot為Scores Plot和Loadings Plot的疊加，可對(duì)比看結(jié)果。樣品的兩兩對(duì)比可使用s-Plot，在Scores Plot中選取兩組樣品，在Marked Points選項(xiàng)卡下點(diǎn)擊菜單欄Group Difference，彈出對(duì)話(huà)框中填寫(xiě)Name of Group Column、First Marked Group和Second Marked Group，勾選Create OPLS-DA mod

36、el，得到s-Plot，數(shù)據(jù)點(diǎn)離Y軸越遠(yuǎn)，可靠性越高，離X軸越遠(yuǎn)，貢獻(xiàn)率越大?？蛇x取兩樣品中差異大于90%或95%以上的數(shù)據(jù)點(diǎn)，Transfer Loadings Data回到Result Bar進(jìn)行元素組成分析或譜庫(kù)檢索。注意：s-Plot分析時(shí)Scale Type必須為Pareto，在Scores Plot主界面中，選擇TemplateEditScale Type for X-variable 下拉列表中選擇Pareto，修改完成后Save as Default設(shè)置為默認(rèn)模板，以后打開(kāi)數(shù)據(jù)均為Pareto格式。4.10.2 ChromaLynx分析4.10.2.1 建立篩查庫(kù)。用TXT文檔

37、建立篩查庫(kù)；編寫(xiě)格式：化合物名稱(chēng)Tab鍵，化學(xué)式Tab鍵，保留時(shí)間（也可省去），回車(chē)，輸入下一個(gè)物質(zhì)信息；化學(xué)式區(qū)分字母大小寫(xiě)。4.10.2.2 編輯數(shù)據(jù)處理方法（Identify Method）。按照下列參數(shù)設(shè)置Analysis Type：TargetedTarget mass file：選擇對(duì)應(yīng)篩查庫(kù)文件Combine parameters：Scans to combine either side of peak top scan：2（每個(gè)峰取五個(gè)點(diǎn)）Peak separation（Da）：0.02其他參數(shù)（如關(guān)注保留時(shí)間區(qū)間和質(zhì)量范圍）請(qǐng)根據(jù)實(shí)際情況調(diào)整。4.10.2.3 設(shè)置樣品列表。

38、更改樣品列表格式：Samples下拉菜單選擇FormatLoadChromaLynx Auto Processing。樣品列表的Process欄：Identify，Parameter File欄：選擇編輯好的數(shù)據(jù)處理方法。4.10.2.4 數(shù)據(jù)處理選擇一個(gè)需要處理的數(shù)據(jù)（不要多選），點(diǎn)擊上部菜單欄的三角形采集按鈕，跳出的對(duì)話(huà)框勾選Auto Process Samples，等待處理完成。View Identify Results查看結(jié)果，文件名自動(dòng)保存為原始數(shù)據(jù)的名稱(chēng)，需多次處理請(qǐng)另存，以免覆蓋結(jié)果。點(diǎn)擊Target導(dǎo)出TXT格式的結(jié)果。4.11. 關(guān)機(jī)4.11.1 關(guān)閉Sample Cone的