SYNAPTG2S儀器操作規(guī)程

1、Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S 操作規(guī)程編寫人：日期：審核人：日期：批準人：日期：術(shù)語說明UPLCUltra Performance Liquid Chromatography超高效液相色譜儀SourceIon Source離子源TOFTime of Flight飛行時間質(zhì)譜QuadQuadrupole四級桿Full scanScan全掃描模式 目 錄1.目的42.適用范圍43.設(shè)備、化學(xué)試劑、實驗室備件44.儀器操作步驟45.維護保養(yǎng)606.記錄61Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作規(guī)程1. 目的規(guī)范Waters UPLC I-

2、Class SYNAPT G2-S聯(lián)用儀操作管理工作，確保技術(shù)人員對該儀器進行安全、熟練、高效、有序的操作。2. 適用范圍適用于Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S的操作管理工作。3. 設(shè)備、化學(xué)試劑、實驗室備件3.1設(shè)備：序號設(shè)備名稱型號1安捷倫氣相色譜7890A2沃特世超高效液相色譜儀Waters UPLC I-Class3沃特世四級桿-飛行時間質(zhì)譜Waters SYNAPT G2-S3.2化學(xué)試劑：亮腦啡肽(leucine enkephalin)：CAS: 58822-25-6 ；甲酸鈉（NaFA）：CAS: 141-53-74. 儀器操作步驟4.1 UPLC

3、SYNAPT G2-S聯(lián)用儀的開啟4.1.1 打開電腦，輸入用戶名：waters，密碼：waters。4.1.2 打開液相各個模塊電源（沒有順序）。4.1.3 打開氮氣發(fā)生器的電源，確認壓力指示100 psi；打開氬氣減壓閥確認壓力指示在7 psi；高分辨質(zhì)譜還需打開氦氣減壓閥確認壓力指示在7 psi，此時關(guān)閉sample cone的isolation valve。4.1.4 打開質(zhì)譜電源開關(guān)，在質(zhì)譜背面板右側(cè)位置有四個黑色可以上下搬動的開關(guān)，按照從下到上的順序依次將這四個開關(guān)搬到向上的位置。4.1.5 等待約5分鐘，待儀器與電腦網(wǎng)絡(luò)通訊連接好，雙擊桌面Masslynx V4.1圖標，打開Ma

4、sslynx軟件，等待軟件主窗口狀態(tài)欄中部偏右位置出現(xiàn)Not Scanning的信息。4.1.6 打開MS Console窗口，左邊欄依次選中Synapt G2 QTOF/Intellistart，在右側(cè)窗口中點擊operate快捷圖標。（點擊operate圖標后應(yīng)該能聽到外置真空泵發(fā)出很大噪音，隨后聲音逐漸變?。?.1.7 打開MS tune窗口，單擊氬氣的控制開關(guān)，關(guān)閉氬氣。等待右下角紅色方塊變?yōu)榫G色，表明儀器可以工作了（通常這個過程需要7-8個小時?？梢詮腗S tune/view /vacuum中觀察真空度的變化，當TOF的真空度小于1.2e10-6時，右下角紅色方塊會變成綠色），此時可

5、打開isolation valve。4.2 液相系統(tǒng)的灌注準備流動相，如用到緩沖鹽流動相需用0.22 m的濾膜過濾，所有緩沖鹽流動相和超純水都要新配置，且使用不得超過兩天；所有樣品都要用初始流動相來溶解，并用0.22m的濾膜過濾。在MassLynx軟件主界面點擊Mass Console圖標，打開液相控制臺窗口。選擇ACQUITY UPLC System界面下的Control/Prime A/B solvents，分別灌注A1、B1和A2、B2流路3 min；然后選擇ACQUITY UPLC System界面下的Control/ Prime Seal Wash，灌注Seal Wash流路，觀察S

6、eal Wash管路沒有氣泡后，點擊Prime Seal Wash，停止灌注Seal Wash；選擇ACQUITY UPLC System目錄樹的Sample Manager，點擊右側(cè)的Control/Prime syringes，灌注進樣針和洗針系統(tǒng)。4.3 新項目的建立注：如在已有的項目下進行試驗，此步驟可以不做。4.3.1在MassLynx主窗口選擇 Wizard。4.3.2當出現(xiàn)以下窗口時，點擊Yes。4.3.3 輸入項目名稱，點擊Next。4.3.4 選擇Create using existing project as template，點擊Browse，選擇新建項目的模板，點擊Ne

7、xt。4.4. 質(zhì)譜質(zhì)量數(shù)粗校在MassLynx主界面點擊Mass Tune圖標進入Mass Tune界面，LockSpray Flow Control下的三個按鈕功能從左至右依次為：按設(shè)定流速進樣、停止進樣、灌注管路。將實時校正液放在設(shè)置瓶號位置，點擊灌注管路，排除氣泡。點擊Sprayer Position設(shè)定擋板位置在LockSpray；設(shè)定Reservoir為實時校正液瓶號位置（B）；設(shè)定Flow State為Infusion模式；設(shè)定Infusion Flow Rate，通常為5 L/min；點擊按鈕，進樣，如圖4.4.1 實時校正液（LE）進樣，信號穩(wěn)定后觀察主峰的質(zhì)量數(shù)，ES+時，

8、（LE+H）+的準確質(zhì)量數(shù)為556.2771，ES-時，（LE-H）-的準確質(zhì)量數(shù)為554.2615，觀察實測質(zhì)量數(shù)與理論準確質(zhì)量數(shù)的差別，如果其差值在±0.1則可省去粗校步驟；如果差值較大，進行粗校。4.4.2 點擊MS Tune主界面上部菜單的Setup，彈出下拉菜單，點擊System View，在彈出的窗口輸入密碼：access，點擊OK，進入system view模式。4.4.3 在system view模式下點擊上部菜單的System，彈出下拉菜單，點擊Acquisition Settings，彈出質(zhì)量數(shù)粗校窗口，如圖4.4.4 在質(zhì)量數(shù)粗校窗口右側(cè)，勾選Calculate

9、 and set Veff，設(shè)定計算并設(shè)置Veff值；Reference Mass：輸入LE（實時校正液）在該模式下的準確質(zhì)量數(shù)，Measured Mass：輸入剛觀察到的實際檢測質(zhì)量數(shù)，點擊Calculate，然后點擊Update，質(zhì)量數(shù)粗校完成。點擊Close退出粗校窗口。4.4.5 在System View窗口點擊上部菜單的Setup，彈出下拉菜單，點擊System View，彈出系統(tǒng)參數(shù)保存窗口，點擊保存Both Tuning Parameters and System Setting，點擊OK退出System View模式。4.5. 質(zhì)譜質(zhì)量軸校正4.5.1在MassLynx主界面點

10、擊Mass Tune圖標，進入Mass Tune界面。設(shè)置擋板位置Sprayer Position為Sample，設(shè)置Sample Flow Control參數(shù)，先將質(zhì)量軸校正液NaFA放在對應(yīng)位置，點擊灌注圖標排除管路氣泡。設(shè)定Infusion Flow Rate，通常為5-10 L/min，F(xiàn)low State為Infusion，Reservoir為校正液所放位置，灌注完成后點擊進樣按鈕。4.5.2在MassLynx主界面點擊Mass Console圖標，進入Mass Console界面，點擊左邊的目錄樹SYNAPT G2-S展開其目錄，選中IntelliStart，點擊右部菜單欄的Con

11、figure下拉菜單，單擊Configure Mode，選中Create Calibration，單擊界面右部的Start按鈕，如圖4.5.3彈出校正文件編輯向?qū)?。點擊左下角Calibration Pro按鈕，進入Calibration Pro界面，點擊，建立新的校正文件，輸入校正文件名稱，如圖。4.5.4 編輯校正文件。在Mass Range右側(cè)點擊Edit按鈕，編輯質(zhì)量數(shù)范圍，通常設(shè)定質(zhì)量數(shù)范圍50-1200Da，如圖4.5.5 設(shè)定校正類型，通常選擇自動校正，如圖。4.5.6點擊正離子模式或負離子模式右下角的Edit鍵，編輯用于校正正離子模式或負離子模式校準物質(zhì)，如圖。通常選擇甲酸鈉為質(zhì)

12、譜質(zhì)量軸校正物質(zhì)，編輯完成后如圖，點擊OK退出校正文件編輯界面。4.5.7點擊，又出現(xiàn)校正文件編輯向?qū)醉?，此時選中的校正文件就是剛編輯好的校正文件，點擊Next。4.5.8 校正設(shè)置。此時選中的校正是正離子模式下靈敏度（Sensitivity）、分辨率（Resolution）、高分辨率（High Resolution）三種模式的質(zhì)量軸校正，選擇要做的模式，通過右邊的勾去掉不需要模式下的校正；當需要做不止一種模式的質(zhì)量軸較正時最好分開做。點擊Next。4.5.9 校正數(shù)據(jù)采集參數(shù)設(shè)置，該界面可選擇單級質(zhì)譜模式或串聯(lián)質(zhì)譜模式；如果選擇了串聯(lián)質(zhì)譜模式（MSMS），需打開碰撞壓并設(shè)置其能量，點擊Ne

13、xt，如圖4.5.10 校正液流路設(shè)置，選擇Tune Page，按照MS Tune界面的參數(shù)設(shè)置進樣。4.5.11 設(shè)置校正文件可接受標準，選擇ppm，在Threshold（ppm）輸入1，表示各個質(zhì)量數(shù)的允許殘差為1ppm。點擊Next，出現(xiàn)準備校正窗口，點擊Start開始校正，如圖4.5.12 校正完成后自動彈出校正報告，顯示Pass，表明校正通過。4.5.13 校正完成后，到MS Tune點擊NaFA停止進樣圖標停止進樣。4.6. 實時校正離子源優(yōu)化4.6.1 在MassLynx主界面點擊Mass Tune圖標，進入Mass Tune界面，設(shè)置LockSpray Flow Control

14、參數(shù)。先將實時校正液LE放在對應(yīng)位置，點擊灌注圖標排除管路氣泡。設(shè)定Sprayer Position為LockSpray，設(shè)定Infusion Flow Rate，通常為5 L/min，F(xiàn)low State為Infusion，Reservoir為實時校正液所放位置，灌注完成后點擊進樣按鈕。4.6.2 與質(zhì)譜質(zhì)量軸校正相同，在Mass Console界面的Configure Mode模式下，點擊LockSpray Source setup，點擊右部的Start按鈕，進入到LockSpray Source setup編輯向?qū)?，點擊Next進入LockSpray Source setup編輯窗口，點

15、擊Next。4.6.3在此頁面點擊左下部的LockSpray Pro，編輯實時校正文件，彈出Lock Mass Editor窗口，點擊，建立新的實時校正文件。4.6.4實時校正文件編輯窗口，如圖。在此頁面編輯實時校正文件的名稱，設(shè)定實時校正的參考物質(zhì)（通常實時校正參考物質(zhì)為LE），設(shè)定質(zhì)譜模式（單質(zhì)譜或串聯(lián)質(zhì)譜），設(shè)定正離子模式或負離子模式，選擇相應(yīng)的質(zhì)量數(shù)。例如做單級質(zhì)譜正離子模式的實時校正文件，見下圖。參數(shù)設(shè)置完成后，點擊OK，退出編輯窗口。注：如果設(shè)定為單質(zhì)譜模式（Mode：MS），正離子模式選擇質(zhì)量數(shù)556.2771，負離子模式選擇質(zhì)量數(shù)554.2615；如果設(shè)定為串聯(lián)質(zhì)譜模式（Mod

16、e：MSMS），則需開啟碰撞能量，正負離子模式除了單質(zhì)譜模式選擇的質(zhì)量數(shù)外，可再添加一個響應(yīng)較高的質(zhì)量數(shù)。4.6.5此時自動彈出Lock Mass Editor窗口，點擊退出。4.6.6 回到LockSpray編輯向?qū)Ы缑?，點擊Next，如圖4.6.7進入LockSpray Setup設(shè)置，設(shè)置自動或自定義Setup類型，選擇Custom，點擊Next，如圖4.6.8 設(shè)定LockSpray的錐孔電壓及分析器傳輸，選擇Tune Page的編輯好的參數(shù)，點擊Next，如圖 4.6.9 設(shè)置實時校正樣品流路，選擇Tune Page，點擊Next，如圖 4.6.10 彈出窗口如下，點擊Start，開

17、始運行LockSpray Source Setup。4.6.11實時校正完成后自動彈出報告，顯示Pass，表明實時校正通過。4.6.12 實時校正設(shè)定完成后回到MS Tune界面，點擊LE停止進樣圖標停止進樣。 4.7. 檢測器設(shè)置4.7.1 同4.6.1，設(shè)置LE進樣參數(shù)。4.7.2 在MS Console界面的Configure模式下，點擊Detector Setup，點擊右部Start按鈕，如圖4.7.3 進入Detector Setup向?qū)Вc擊Next4.7.4 進入Detector Setup編輯界面，點擊Next，如圖4.7.5 設(shè)置Detector Setup的樣品流路，選擇T

18、une Page，點擊Next，如圖4.7.6 彈出如下界面，點擊Start。4.7.7 Detector Setup完成后自動彈出報告。4.7.8回到MS Tune界面，點擊LE停止進樣圖標停止進樣。4.8. 數(shù)據(jù)的采集4.8.1 液相方法的編輯在MassLynx主界面點擊Inlet Method圖標，編輯液相方法。點擊新建或打開快捷鍵，新建或打開已有的液相方法見下圖點擊Inlet Method主界面上的Inlet圖標，編輯流動相洗脫方法。選擇相應(yīng)的流動相管路A1、B1、A2、B2（A1、A2不能同時選擇，B1、B2不能同時選擇），設(shè)置流動相洗脫梯度、Seal Wash（柱塞桿）清洗頻率、R

19、un Time（方法總運行時間）。點擊Inlet Method主界面上的Auto Sampler圖標，在General選項卡下設(shè)置進樣模式、強洗弱洗體積、樣品室管理器溫度。在該界面Column Manager選項卡下設(shè)置色譜柱位置、溫度。參數(shù)設(shè)置完成后，點擊OK退出Inlet和Auto Sampler編輯界面，回到Inlet Method主界面，點擊左上角File下拉菜單，將方法另存為XX.wvhp文件，如圖4.8.2 質(zhì)譜方法的編輯在MassLynx主界面點擊圖標，編輯MS File方法文件。如圖為MS File方法編輯窗口。點擊新建或打開按鈕新建或打開一個已有的MS File方法；點擊，新

20、建一個Function，雙擊已有的Function可打開已有的進行編輯；點擊LockSpray圖標，編輯實時校正；點擊編輯方法事件。4.8.2.1 Function的編輯 在Acquisition選項卡下，設(shè)置此Function的采集時間、離子源、采集模式（包括極性、分析器模式、動態(tài)范圍、靈敏度，通常后兩者為默認值）。 在TOF MS選項卡下，設(shè)置采集質(zhì)量數(shù)范圍，Scan Time，數(shù)據(jù)類型（Centroid、Continue）。若Function為MS模式，則不需要對Trap CE Control和Transfer CE Control兩個選項卡參數(shù)進行設(shè)置。4.8.2.2 LockSpra

21、y參數(shù)設(shè)置點擊LockSpray圖標，編輯實時校正參數(shù)。選擇采集實時校正并校正，調(diào)用實驗前做好的LockSpray Source Setup文件，設(shè)置實時校正采集參數(shù)，包括Scan Time、間隔時間、Scans to Average，質(zhì)譜窗口，設(shè)置完成后點擊OK。4.8.2.3 方法事件編輯在MS File文件編輯主窗口，點擊圖標編輯方法事件。勾選事件下的Enable，使編輯的方法事件運行。通常方法中的事件包括以下4個，如圖：4.8.3 MS Tune方法的編輯在MassLynx主界面點擊MS Tune圖標，進入調(diào)諧方法編輯界面，如圖。點擊快捷菜單欄的新建或打開按鈕，新建或打開已有的調(diào)諧文件

22、；點擊正離子或負離子快捷鍵，切換正負離子模式；點擊靈敏度、分辨率、高分辨率快捷鍵，實現(xiàn)三種模式的切換；點擊MS、MSMS快捷鍵，實現(xiàn)單級質(zhì)譜與串聯(lián)質(zhì)譜模式的切換；點擊，打開或關(guān)閉載氣氮氣；點擊，打開或關(guān)閉碰撞氣氬氣。設(shè)置好實驗所需的條件后，在ES選項卡下編輯離子源毛細管電壓、錐孔電壓，離子源補償、離子源溫度、脫溶劑氣溫度、錐孔反吹氣流速、脫溶劑氣流速等參數(shù)。在Fluidics選項卡下設(shè)置樣品流路狀態(tài)為LC，Spray Position為Sample。 編輯完成后點擊 as保存，實驗時打開所需要的MS Tune文件即可。4.8.4建立樣品測試序列表4.8.4.1 在MassLynx軟件主界面編輯

23、樣品運行序列表。點擊新建或打開快捷鍵，新建或打開已有的序列表，并根據(jù)需要添加行數(shù)。4.8.4.2 建立序列表時需包含以下信息：、（樣品信息）、Bottle（樣品瓶位置）、Sample Type（樣品類型）、Inlet Method（液相方法）、MS 文件），其他參數(shù)可以酌情增減。在此過程中，確保的唯一性。序列文件編輯完畢后，通過運行此序列，所有樣品將按順序進樣分析。4.8.4.2 序列表編輯完成后，點擊左上角File下拉菜單，將序列表另存為XX.SPL。如圖：至此，方法編輯流程結(jié)束，接下來將樣品瓶放置在樣品盤相應(yīng)位置后，即可開始運行序列和方法，進行測試。4.8.4.3 方法運行運行已編輯好的序

24、列表，左鍵拖動選中需運行的樣品，單擊主界面的運行圖標，出現(xiàn)Sample List Run對話框，選中Acquire Sample Data，點擊OK即可開始運行樣品測試。4.9. 離子淌度分析 4.9.1 離子淌度采集參數(shù)設(shè)置4.9.1.1 在MS Tune界面，將TOF調(diào)整到淌度模式，點擊Acq Mode下拉菜單，選中mobility TOF。在TriWave控制界面，勾選Enable Manual Controls，試驗中手動調(diào)整淌度參數(shù)。檢查Triwave DC是否是Bias：45（普通模式下是2.0，淌度模式是45）。淌度的推薦參數(shù)，IMS Wave Velocity：700；End

25、Velocity：900?？筛鶕?jù)實際情況調(diào)整此參數(shù)，使淌度圖中總離子流圖兩端均能碰到基線，各提取離子的淌度峰能分離。若總離子流圖兩端高于基線，說明會有部分離子流到其他淌度時間段。 Gas Controls：調(diào)節(jié)各部位的氣體流量，推薦值如下，Trap：2.0；Helium Cell：180，增加此值可減少Trap的碎片；IMS：90，調(diào)節(jié)此值可改變淌度的driftime。TrapTransfer Collision Energy根據(jù)實際需要選擇和設(shè)置。4.9.1.2 淌度數(shù)據(jù)的采集點擊MS Tune上部菜單欄的三角形采集按鈕，根據(jù)實際需要設(shè)置，勾選Add Drift Time Function。

26、4.9.1.3 淌度數(shù)據(jù)的查看在MassLynx主界面點擊查看色譜圖按鈕，打開采集的淌度圖，色譜圖中Function 1是總離子流圖，F(xiàn)unction 2是淌度圖。在MassLynx主界面點擊Drift Score查看采集的淌度結(jié)果。點擊選取離子按鈕，選擇需要的形狀，劃取需要的離子。導(dǎo)出譜圖 to MassLynxRetain Retention Time/Drift Time?；氐組assLynx主界面查看色譜和質(zhì)譜圖，點擊查看色譜圖按鈕查看剛存好導(dǎo)出的淌度色譜質(zhì)譜圖。4.10. 數(shù)據(jù)分析 4.10.1 MarkerLynx分析4.10.1.1 進行MarkerLynx分析前采樣要遵循此原則

27、：樣品至少重復(fù)進樣3次或更多（推薦5次平行）。4.10.1.2在MassLynx主界面點擊左側(cè)的MarkerLynx選項卡，如圖，進入MarkerLynx分析步驟。4.10.1.3 設(shè)置樣品列表。更改樣品列表格式：在MassLynx主界面點擊Sample下拉列表，選擇FormatLoad，在彈出的對話框中選擇Metabonomics，點擊Ok退出。分組排序：點擊Sample下拉列表，選擇SortSample Group，更改后將Sample List另存。如樣品CPL1重復(fù)進三針，在其Sample Group均填A(yù)，樣品CPL2重復(fù)進三針，在其Sample Group均填B。4.10.1.4

28、編輯方法（Edit Method）。 在MarkerLynx選項卡下點擊Edit Method圖標，編輯處理方法。首先在編輯處理方法界面編輯方法參數(shù)，如圖Mass Exclusion List：Function：1；Analysis Type：Peak Detection；Noise Elimination Level：（Yes）6.0 默認值；Deisotope Data：Yes（是否去除同位素數(shù)據(jù)）；XIC Window（Da）：0.02。Collection Parameters：Marker Intensity Threshold（Counts）：按基線設(shè)置，1000-10000；Ma

29、ss Window：0.02；Retention Window：0.1。Use relative retention Time：詢問是否有內(nèi)標，選擇Yes則進入到Internal Standards選項下的Int Std中設(shè)置。Model Mass List（通過頂部菜單欄導(dǎo)入TXT文本實現(xiàn)只監(jiān)測或不監(jiān)測某些質(zhì)量數(shù)峰）：Import a mass List：不監(jiān)測某些質(zhì)量數(shù)峰；Import a model List：只監(jiān)測某些質(zhì)量數(shù)峰。事先通過TXT文本設(shè)置好需要監(jiān)測或排除的精確質(zhì)量數(shù)，每一個質(zhì)量數(shù)為一行，存為TXT文本。Element Composition Method：事先導(dǎo)入元素組成界

30、面設(shè)置好元素組成方法，設(shè)置范圍需要相對較寬。將元素組成方法通過Save Settings另存為.els方法文件。整個方法編輯完成后另存。4.10.1.5 數(shù)據(jù)處理在MarkerLynx選項卡下點擊Process Sample圖標，處理數(shù)據(jù)。在跳出的對話框中勾選Process Data、Create Marker、Extended Statistic（統(tǒng)計分析），或者只勾選Extended Statistic，則前兩項自動勾選。選擇Project、Sample List、Samples和Method，Samples可選擇間隔樣品，以逗號區(qū)分。點擊Ok開始處理數(shù)據(jù)。處理結(jié)束后，會自動彈出兩個窗口，

31、一個為Marker結(jié)果窗口Table View，一個為統(tǒng)計分析窗口XS。4.10.1.6 Marker結(jié)果窗口Table View。整個窗口分為5部分，由上至下三個列表，最低層并排兩個圖，分別為：第一個列表為Sample Bar，是處理樣品的信息；第二個列表為Marker Bar，是樣品中所有質(zhì)量數(shù)組分的信息，包括該組分在不同樣品中的響應(yīng)；第三個列表為Result Bar，是選中樣品進行元素分析或譜庫檢索的結(jié)果顯示窗口；左下角圖為Chromatogram View，是Sample Bar中當前選中Sample的TIC圖；右下角圖為Trend Bar，是在Marker Bar中當前選中的質(zhì)量數(shù)組

32、分在不同樣品中的差異比較圖。在Maker Bar 中選擇需要處理的樣品，右鍵菜單中選擇Add to New Result Tab或者Add to Current Result Tab，就將選中的Maker添加到了Result Bar列表中。選中Result Tab，右鍵選擇Elemental Composition可進行元素組成分析（需在處理方法中編輯和加載過元素組成分析方法）。選擇Search Database by Elemental Composition，可得到元素分析檢索的結(jié)果。選擇Search Database by Mass，可得到譜庫檢測結(jié)果，View Hit Details

33、可查看檢索結(jié)果的結(jié)構(gòu)式。選擇譜庫：在Chromatogam View欄中右鍵選擇Display Options，進入Database對話框，可選擇譜庫，Local譜庫為本地譜庫，勾選右邊的Makers。可自己在MakerLynx主界面編輯添加，添加內(nèi)容為質(zhì)量數(shù)、結(jié)構(gòu)式和備注。如果計算機為英文系統(tǒng)、時區(qū)為英國時區(qū)，而且計算機聯(lián)網(wǎng)的情況下，可以使用Online譜庫，包括Chemspider、Wiki等。4.10.1.7統(tǒng)計分析XS View。在Process Data時若勾選了Extended Statistic項，則處理完成后自動彈出統(tǒng)計分析結(jié)果的XS View窗口；如果沒有選擇，或中途關(guān)閉，可

34、選擇從Table View窗口菜單欄最后一個XS圖標進入。為了使PCA圖上的數(shù)據(jù)點標示簡單清楚，在菜單欄將Lables和Color By選項均選擇為Sample Group。雙擊Scores Plot進入可編輯狀態(tài)。根據(jù)頂部菜單欄，可選擇不同形式的統(tǒng)計圖：Scores Plot、Loadings Plot、Loadings Bi Plot：Scores Plot為樣品區(qū)分圖，相同的樣品會集中在同一個區(qū)域，樣品平行性越好，位置越集中。Loadings Plot為質(zhì)量數(shù)組分的分布圖，可與Scores Plot對比觀看，某個樣品中含量高或者出現(xiàn)概率大的組分也會出現(xiàn)在樣品的周邊區(qū)域。在Loadings

35、 Plot中可以左鍵拖動選中感興趣的組分，點擊右側(cè)Transfer Loadings Data可將選擇的組分添加到Result Bar，進行元素組成分析或譜庫檢索。Loadings Bi Plot為Scores Plot和Loadings Plot的疊加，可對比看結(jié)果。樣品的兩兩對比可使用s-Plot，在Scores Plot中選取兩組樣品，在Marked Points選項卡下點擊菜單欄Group Difference，彈出對話框中填寫Name of Group Column、First Marked Group和Second Marked Group，勾選Create OPLS-DA mod

36、el，得到s-Plot，數(shù)據(jù)點離Y軸越遠，可靠性越高，離X軸越遠，貢獻率越大。可選取兩樣品中差異大于90%或95%以上的數(shù)據(jù)點，Transfer Loadings Data回到Result Bar進行元素組成分析或譜庫檢索。注意：s-Plot分析時Scale Type必須為Pareto，在Scores Plot主界面中，選擇TemplateEditScale Type for X-variable 下拉列表中選擇Pareto，修改完成后Save as Default設(shè)置為默認模板，以后打開數(shù)據(jù)均為Pareto格式。4.10.2 ChromaLynx分析4.10.2.1 建立篩查庫。用TXT文檔

37、建立篩查庫；編寫格式：化合物名稱Tab鍵，化學(xué)式Tab鍵，保留時間（也可省去），回車，輸入下一個物質(zhì)信息；化學(xué)式區(qū)分字母大小寫。4.10.2.2 編輯數(shù)據(jù)處理方法（Identify Method）。按照下列參數(shù)設(shè)置Analysis Type：TargetedTarget mass file：選擇對應(yīng)篩查庫文件Combine parameters：Scans to combine either side of peak top scan：2（每個峰取五個點）Peak separation（Da）：0.02其他參數(shù)（如關(guān)注保留時間區(qū)間和質(zhì)量范圍）請根據(jù)實際情況調(diào)整。4.10.2.3 設(shè)置樣品列表。

38、更改樣品列表格式：Samples下拉菜單選擇FormatLoadChromaLynx Auto Processing。樣品列表的Process欄：Identify，Parameter File欄：選擇編輯好的數(shù)據(jù)處理方法。4.10.2.4 數(shù)據(jù)處理選擇一個需要處理的數(shù)據(jù)（不要多選），點擊上部菜單欄的三角形采集按鈕，跳出的對話框勾選Auto Process Samples，等待處理完成。View Identify Results查看結(jié)果，文件名自動保存為原始數(shù)據(jù)的名稱，需多次處理請另存，以免覆蓋結(jié)果。點擊Target導(dǎo)出TXT格式的結(jié)果。4.11. 關(guān)機4.11.1 關(guān)閉Sample Cone的