4-Perl基礎(chǔ)【蘭州大學(xué)生物信息學(xué)】課件

1、Perl 的一些基礎(chǔ)概念提綱 1. Perl 的數(shù)據(jù)類型 2. Perl 的控制結(jié)構(gòu) 3.Perl 中的正則表達(dá)式 4. 其他高頻函數(shù) 5. BioPerl的簡(jiǎn)單使用 6. 關(guān)于Perl 應(yīng)該努力的方向 7. 幾個(gè)值得保持的好習(xí)慣 調(diào)試常見問題1. Perl 的數(shù)據(jù)類型 標(biāo)量變量 $ 列表 哈希 %1.1 標(biāo)量變量 定義賦值定義賦值: my $value = 1 調(diào)用調(diào)用: 正確書寫變量名字 $value 處理方法處理方法: 各種運(yùn)算符1.2 列表 定義賦值: My array =(a,1,”world”); 調(diào)用: array,$array0 處理方法: push, pop, reverse

2、, sort1.3 哈希 定義賦值定義賦值: my %rpkm; $rpkm$geneId$sample=$rpkm; 調(diào)用調(diào)用: $rpkm$geneId$sample; 處理方法處理方法: keys, values, exists, delete 遍歷多層哈希遍歷多層哈希 % Foreach my $geneId (keys %rpkm) foreach my $sample(keys %$rpkm$geneId) print “$rpkm$geneId$samplen”; 2. Perl 的控制結(jié)構(gòu) 分支結(jié)構(gòu) if.else. 循環(huán)結(jié)構(gòu) for, while2.1 分支結(jié)構(gòu) 常用于判斷一

3、個(gè)條件是否成立2.2 循環(huán)結(jié)構(gòu) 處理重復(fù)任務(wù). 讀取文件, 遍歷哈希列表.3.Perl 中的正則表達(dá)式 字符串是否匹配特定規(guī)則 $value = /d+/; 替換功能 $value = s/(d+)/$1/g;4. 其他高頻函數(shù) Split Chomp Substr System or 4.1 分隔函數(shù) split正則4.2 去掉結(jié)尾多余的換行符注:一般緊隨文件讀取操作使用4.3 根據(jù)坐標(biāo)提取序列 substr注: 起始坐標(biāo)為04.4 腳本內(nèi)調(diào)用linux命令5. BioPerl的簡(jiǎn)單使用6. 關(guān)于Perl 應(yīng)該努力的方向 增加程序穩(wěn)定性和準(zhǔn)確性(多用 if) 減少調(diào)試時(shí)間 (功能分塊,多用子程序) 增加程序可讀性 (一致清晰的變量命名,添加必要注釋)6.1 增加程序穩(wěn)定性和準(zhǔn)確性6.2 子程序的使用7. 幾個(gè)值得保持的好習(xí)慣 變量命名清晰明了 多使用子程序 記錄自己的跑過(guò)的命令到 Run.sh 大型的工作流程, 給未來(lái)寫一個(gè)readme網(wǎng)絡(luò)資源 http:/ http:/ Baidu and google調(diào)試常見問題 變量沒有賦值 變量沒有定義 (拼寫錯(cuò)誤) 文件格式不標(biāo)準(zhǔn) 意想不到的奇怪空白 (s/s+/g); 文件不完整 (重新下載)謝謝常用的有用數(shù)據(jù)庫(kù) Ncbi Ensembl and Pla