引物設(shè)計(jì)保護(hù)堿基列表

1、引物設(shè)計(jì)保護(hù)堿基列表-CAL-FENGHAI-(2020YEAR-YICAI)JINGBIAN在分子克隆實(shí)驗(yàn)中，有時(shí)我們會(huì)在待擴(kuò)增的I的基因片段兩端加上特定的酶切位點(diǎn)， 用 于后續(xù)的酶切和連接反應(yīng)。山于直接暴露在末端的酶切位點(diǎn)不容易直接被限制性核酸內(nèi)切 酶 切開，因此在設(shè)計(jì)PCR引物時(shí)，人為的在酶切位點(diǎn)序列的 5 “端外側(cè)添加額外的堿基序 列，即保護(hù)堿基，用來提咼將來酶切時(shí)的活性。添加保護(hù)堿基，需要考慮兩個(gè)因素：一是堿基數(shù) LL 一是堿基種類。添加保護(hù)堿基時(shí)，最關(guān)心的應(yīng)該是保護(hù)堿基的數(shù) LL而不是種類。什么樣的酶切位點(diǎn), 添加兒個(gè)保護(hù)堿基，是有數(shù)據(jù)可以參考的，見附表。添加什么保護(hù)堿基，如果嚴(yán)格

2、點(diǎn)，是根據(jù)兩條引物的 Tm值和各引物的堿基分布及 GC 含量。如果某條引物Tm值偏小，GC%較低，添加時(shí)多加G或C,反之亦反。保護(hù)堿基列表En zymeOligo Seque neeChai n Len gth% Cleavage2 hr20 hrGGTCGACC800AcclCGGTCGACCG1000CCGGTCGACCGG1200CACATGTG800AfllllCCACATGTGG10>90>90CCCACATGTGGG12>90>90GGCGCGCC8>90>90AsciAGGCGCGCCT10>90>90TTGGCGCGCCAA12&

3、gt;90>90CCCCGGGG850>90AvalCCCCCGGGGG10>90>90TCCCCCGGGGGA12>90>90CGGATCCG81025BamHICGGGATCCCG10>90>90CGCGGATCCGCG12>90>90CAGATCTG800BglllGAAGATCTTC1075>90GGAAGATCTTCC1225>90GGCGCGCC800BssHIIAGGCGCGCCT1000TTGGCGCGCCAA1250>90BstEIIGGGT(A/T)ACCC9010AACTGCAGAACCAATG

4、CATTGG2200BstXIAAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA242550CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT2725>90CATCGATG800ClalGATCGATC800CCATCGATGG10>90>90CCCATCGATGGG125050GGAATTCC8>90>90EcoRICGGAATTCCG10>90>90CCGGAATTCCGG12>90>90GGGGCCCC8>90>90HaelllAGCGGCCGCT10>90>90TTGCGGCCGCAA12>90>

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6、TCCC2275>90GGCTAGCC800NhelCGGCTAGCCG101025CTAGCTAGCTAG121050TTGCGGCCGCAA1200ATTTGCGGCCGCTTTA161010NotlAAATATGCGGCCGCTATAAA201010ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT242590AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA2825>90NsilTGCATGCATGCACCAATGCATTGGTTCTGCAGTT1210>9022>90>90TTAATTAA800PadGTTAATTAAC10025CCTTAATTAA

7、GG120>90GTTTAAAC800PmelGGTTTAAACC GGGTTTAAACCC1012002550AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG2475>90GCTGCAGC800TGCACTGCAGTGCA141010PstlAACTGCAGAACCAATGCATTGG22>90>90AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA24>90>90CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT2600CCGATCGG800PvulATCGATCGAT101025TCGCGATCGCGA12010SaclCGAGCTCG81010GCC

8、GCGGC800saciiTCCCCGCGGGGA1250>90GTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC2800SallGCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGGi301050ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA 321075SealGAGTACTC81025AAAAGTACTTTT127575CCCGGG6010CCCCGGGG8010smalCCCCCGGGGG101050TCCCCCGGGGGA12>90>90GACTAGTC810>90GGACTAGTCC1010>90spelCGGACTAGTCCG12050CTAGACTAGTCTAG14050GGCATGCC800SphlCATGCATGCATG12025ACATGCATGCATGT141050AAGGCCTT8>90>90StulGAAGGCCTTC10>90>90AAAAGGCCTTTT12>90>90CTCTAGAG8cwr-wr0c1 wr0XbolGCTCTAGAGC10>90>90XbalTGCTCTAGAGCA1275>90CTAGTCTAGACTAG1475&