RNA-Seq數(shù)據(jù)質(zhì)控(RSeQC)_第1頁(yè)
RNA-Seq數(shù)據(jù)質(zhì)控(RSeQC)_第2頁(yè)
RNA-Seq數(shù)據(jù)質(zhì)控(RSeQC)_第3頁(yè)
全文預(yù)覽已結(jié)束

下載本文檔

版權(quán)說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內(nèi)容提供方,若內(nèi)容存在侵權(quán),請(qǐng)進(jìn)行舉報(bào)或認(rèn)領(lǐng)

文檔簡(jiǎn)介

1、RNA-Seq質(zhì)控(RSeQC)RNA-seq 提供了有關(guān)基因組中所有轉(zhuǎn)錄元件的有價(jià)值的信息,已經(jīng)被廣泛地用于轉(zhuǎn)錄組研究。使用 RNA-seq,研究者能夠描述基因表達(dá)譜,研究選擇性剪接、鑒定新的轉(zhuǎn)錄本,檢測(cè)異常轉(zhuǎn)錄本及編碼變異等。質(zhì)量控制(QualityControl,QC)對(duì)于保證 RNA-seq 高質(zhì)量且適合隨后分析是至關(guān)重要的。我們使用 RSeQC 程序包全面地評(píng)估 RNA-seq 結(jié)果質(zhì)量,例如序列質(zhì)量、GC 偏倚、PCR 偏倚、核甘酸組成偏倚、序列深度、鏈特異性、覆蓋均一性,和基因組結(jié)構(gòu)上的片段分布等,以確保后續(xù)分析的可靠性?;谠紲y(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控(例如 FastQC)不足以保證 R

2、NA-seq 數(shù)據(jù)的可用性。測(cè)序深度必須飽和,以便執(zhí)行許多 RNA-seq 應(yīng)用,例如表達(dá)譜,選擇性剪接分析,新亞型(isoform)鑒定,轉(zhuǎn)錄組重建等。非飽和測(cè)序深度給出不準(zhǔn)確的評(píng)估(例如 RPKM 和剪接索引),不能檢測(cè)低豐度剪接聯(lián)結(jié)點(diǎn)(splicejunctions),因此限制了許多分析的準(zhǔn)確性。有許多工具,例女口 FastQC(http:/www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)、htSeqT001sFASTX-ToolKit(/fastx_toolkit)和 SAMStat,

3、但是都集中于原始序列相關(guān)的度量。RNA-SeQC 缺乏許多重要的功能,例如飽和性檢查。RSeQC 被開發(fā)以解決這些需求。基本模塊快速檢查:序列質(zhì)量、核甘酸組成偏倚、PCR 偏倚和 GC 偏倚。RNA-seq 特異模塊:1) )bat_stat.py 比對(duì)片段檢查(QC 失敗、uniquemapped、splicemapped、mapped 至 U 合適對(duì)的 reads 等)2)inner_distance.py 配對(duì) reads 間的內(nèi)部距離分布,應(yīng)該與割膠大小匹配。3)geneBody.coverage.py 將所有轉(zhuǎn)錄本縮放到 100nt,并計(jì)算每個(gè)核甘酸覆蓋的 reads 數(shù),最后計(jì)算出

4、一個(gè)沿 genebody 的覆蓋譜。020406080100percentile。1genebody(5-方*)4)read_distribution.py 計(jì)算比對(duì)至 U 編碼 exons、5UTRexons、3UTRexons、introns 和 intergenic 區(qū)的 read 比例。例如對(duì)于 polyA+RNA-seq 的實(shí)驗(yàn)方案,reads 傾向于在 3UTR 過代表。5)RPKMsaturation.py 通過對(duì)總的比對(duì) reads 重采 1(jackknifing),評(píng)估在當(dāng)前測(cè)序深度下的 RPKMs。ChinaPubMedi事使用相對(duì)錯(cuò)誤率來測(cè)量評(píng)估的 RPKM 的準(zhǔn)確性(

5、100X|RPKMobs-RPKMreal|/RPKMreal)ResamplingpercentageResamplingpercentage7)infer_experiment.py 通過對(duì) BAM 文件進(jìn)行采樣,判斷測(cè)序是否是鏈特異的,若是的話,是怎么分布的。8)junction_annotation.py 將所有檢測(cè)至 U 的 splicejunction 分為 known,completenovel 和partialnovel(與 refgenome 相比)。 J JO8Q_PC8JO8Q_PC8J 6)junction_saturation.pyE003OSEOOLsOOOLX)Suo-BumpsldsBE003OSEOOLsOOOLX)Suo-BumpsldsBJGqEnNJGqEnNF-ANjuncoony-knownjunctionnovelJunctionF10F100 0I80I80i60i604 40 0i i2020Itiriiririiiriiiitii5153045607590判斷當(dāng)前測(cè)序深度是否足夠用來執(zhí)行選擇性剪接分析。Splkiejunctionannotation9)RPKM_count.py 計(jì)算原始 reads 計(jì)數(shù)和 RPKM 值(每個(gè) exon、intron 及 mRNA 區(qū))

溫馨提示

  • 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請(qǐng)下載最新的WinRAR軟件解壓。
  • 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請(qǐng)聯(lián)系上傳者。文件的所有權(quán)益歸上傳用戶所有。
  • 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網(wǎng)頁(yè)內(nèi)容里面會(huì)有圖紙預(yù)覽,若沒有圖紙預(yù)覽就沒有圖紙。
  • 4. 未經(jīng)權(quán)益所有人同意不得將文件中的內(nèi)容挪作商業(yè)或盈利用途。
  • 5. 人人文庫(kù)網(wǎng)僅提供信息存儲(chǔ)空間,僅對(duì)用戶上傳內(nèi)容的表現(xiàn)方式做保護(hù)處理,對(duì)用戶上傳分享的文檔內(nèi)容本身不做任何修改或編輯,并不能對(duì)任何下載內(nèi)容負(fù)責(zé)。
  • 6. 下載文件中如有侵權(quán)或不適當(dāng)內(nèi)容,請(qǐng)與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
  • 7. 本站不保證下載資源的準(zhǔn)確性、安全性和完整性, 同時(shí)也不承擔(dān)用戶因使用這些下載資源對(duì)自己和他人造成任何形式的傷害或損失。

評(píng)論

0/150

提交評(píng)論