家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范 第1部分：總則 征求意見稿

GB/Txxxx.1-xxxx家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第1部分:總則本文件規(guī)定了家畜遺傳資源保種場(chǎng)基本條件、管理要求、保護(hù)對(duì)象、保種要求、保種監(jiān)測(cè)、遺傳資源補(bǔ)充交換的要求，描述了證實(shí)方法。本文件適用于家畜遺傳資源在保種場(chǎng)中的保種工作。2規(guī)范性引用文件下列文件中的內(nèi)容通過文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中，注日期的引用文件，僅該日期對(duì)應(yīng)的版本適用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。GB/T27534.1畜禽遺傳資源調(diào)查技術(shù)規(guī)范第1部分：總則GB/T36195畜禽糞便無害化處理技術(shù)規(guī)范GB/T40184畜禽基因組選擇育種技術(shù)規(guī)程N(yùn)Y/T1673畜禽微衛(wèi)星DNA遺傳多樣性檢測(cè)技術(shù)規(guī)程N(yùn)Y/T2995家畜遺傳資源瀕危等級(jí)評(píng)定3術(shù)語和定義下列術(shù)語和定義適用于本文件。3.1保種場(chǎng)conservationfarm有固定場(chǎng)所、設(shè)施設(shè)備及相應(yīng)技術(shù)人員等基本條件，以活體保護(hù)為手段保護(hù)家畜遺傳資源的單位。3.2系譜pedigree記載種畜祖先信息及相關(guān)生產(chǎn)性能資料的文件。3.3群體有效含量effectivepopulationsize與實(shí)際群體有相當(dāng)近交增量的理想群體數(shù)量。3.4近交系數(shù)inbreedingcoefficient同一基因座位的兩個(gè)等位基因來自共同祖先的概率。GB/Txxxx.1-xxxx3.5近交增量inbreedingcoefficientincrement群體近交系數(shù)每世代增量。3.6雜合度heterozygosity群體中某一基因座上雜合子個(gè)體所占的比例。3.7分子近交系數(shù)inbreedingcoefficientbasedonmolecularmarkers利用分子標(biāo)記信息來估算的個(gè)體或群體的近交系數(shù)。3.8分子家系數(shù)量numberoffamilylinesbasedonmolecularmarkers基于分子標(biāo)記推斷的群體內(nèi)家系數(shù)量。3.9分子群體有效含量effectivepopulationsizebasedonmolecularmarkers利用分子標(biāo)記信息估算的群體有效含量。4基本條件4.1場(chǎng)址選擇在原產(chǎn)地或與原產(chǎn)地自然生態(tài)條件基本一致或相近的區(qū)域，實(shí)行活體保種。4.2生產(chǎn)區(qū)與辦公區(qū)、生活區(qū)、糞污處理區(qū)、隔離區(qū)相互分開。應(yīng)配備相應(yīng)的設(shè)施設(shè)備，符合種畜場(chǎng)建設(shè)標(biāo)準(zhǔn)。4.3制定健全嚴(yán)格的消毒、防疫、免疫、檢疫等生物安全措施。保種場(chǎng)動(dòng)物健康標(biāo)準(zhǔn)見《種用動(dòng)物健康標(biāo)準(zhǔn)》（農(nóng)業(yè)農(nóng)村部（2022）574號(hào)公告）的規(guī)定。病死家畜和糞污無害化處理按照《病死及病害動(dòng)物無害化處理技術(shù)規(guī)范》（農(nóng)醫(yī)發(fā)（2017）25號(hào)）和GB/T36195的規(guī)定執(zhí)行。4.4技術(shù)負(fù)責(zé)人應(yīng)具有相關(guān)專業(yè)大專以上學(xué)歷或中級(jí)以上技術(shù)職稱。直接從事保種工作的技術(shù)人員應(yīng)經(jīng)專業(yè)技術(shù)培訓(xùn)，掌握家畜遺傳資源保護(hù)的基本知識(shí)和技能。4.5種群數(shù)量按照GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第2部分：豬》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第3部分：?！?、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第4部分：綿羊、山羊》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技GB/Txxxx.1-xxxx術(shù)規(guī)范第5部分：馬、驢》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第6部分：駱駝》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第7部分：兔》的規(guī)定執(zhí)行。4.6保種場(chǎng)基本信息參照附錄A進(jìn)行登記。5管理要求5.1保種場(chǎng)內(nèi)未經(jīng)許可不應(yīng)引入同一畜種的其他品種。5.2保種場(chǎng)的家畜應(yīng)佩戴耳標(biāo)或埋植芯片、登記入冊(cè)，保種家畜淘汰前應(yīng)留下后代，不應(yīng)擅自調(diào)換、出售或宰殺保種家畜。5.3保種場(chǎng)應(yīng)制定保種方案、飼養(yǎng)生產(chǎn)、安全管理、消防防疫、重大突發(fā)事件應(yīng)急預(yù)案等制度。6保護(hù)對(duì)象應(yīng)為以下任一家畜遺傳資源：——列入國家級(jí)和省級(jí)畜禽遺傳資源保護(hù)名錄的地方家畜遺傳資源?！戳腥雵壹?jí)和省級(jí)畜禽遺傳資源保護(hù)名錄的，但瀕危程度嚴(yán)重的地方家畜遺傳資源。——具有特殊品質(zhì)或特性的家畜遺傳資源。7保種要求豬、牛、綿羊和山羊、馬和驢、駱駝、兔的留種方式、選配方式、世代間隔、保種群繁育分別按照GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第2部分：豬》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第3部分：?！贰B/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第4部分：綿羊、山羊》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第5部分：馬、驢》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第6部分：駱駝》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第7部分：兔》的規(guī)定執(zhí)行。8保種監(jiān)測(cè)8.1監(jiān)測(cè)數(shù)量和監(jiān)測(cè)頻率分別按照GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第2部分：豬》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第3部分：?！?、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第4部分：綿羊、山羊》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第5部分：馬、驢》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第6部分：駱駝》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第7部分：兔》的規(guī)定執(zhí)行。8.2監(jiān)測(cè)指標(biāo)GB/TGB/Txxxx.1-xxxx要生產(chǎn)性能、群體有效含量和群體平均近交系數(shù)、群體瀕危程度，有條件的情況下還應(yīng)監(jiān)測(cè)遺傳多樣性。8.3監(jiān)測(cè)方法8.3.1群體的體型外貌特征、數(shù)量消長(zhǎng)情況、種公畜血統(tǒng)數(shù)量、主要生產(chǎn)性能豬、牛、綿羊和山羊、馬和驢、駱駝、兔分別按照GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第2部分：豬》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第3部分：?！贰B/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第4部分：綿羊、山羊》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第5部分：馬、驢》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第6部分：駱駝》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第7部分：兔》的規(guī)定執(zhí)行。8.3.2基于系譜的近交系數(shù)、近交系數(shù)增量和群體有效含量按照附錄B的公式計(jì)算。保種群體的近交系數(shù)不超過0.125。8.3.3群體瀕危程度按照NY/T2995的規(guī)定進(jìn)行評(píng)定。8.3.4遺傳多樣性監(jiān)測(cè)8.3.4.1基于微衛(wèi)星標(biāo)記的監(jiān)測(cè)按照NY/T1673的附錄規(guī)定執(zhí)行。8.3.4.2全基因組DNA序列按照GB/T30989進(jìn)行高通量測(cè)序，單核苷酸多樣性（SNP）標(biāo)記按照GB/T40184的4.3規(guī)定執(zhí)行?；诜肿訕?biāo)記計(jì)算的雜合度、近交系數(shù)、近交增量、家系含量、群體有效含量的計(jì)算按照附錄C執(zhí)行。8.4評(píng)價(jià)8.4.1根據(jù)監(jiān)測(cè)指標(biāo)結(jié)果，開展保種場(chǎng)保護(hù)效果評(píng)價(jià)。8.4.2豬、牛、綿羊和山羊、馬和驢、駱駝、兔評(píng)價(jià)效果分別按照GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第2部分：豬》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第3部分：?！?、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第4部分：綿羊、山羊》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第5部分：馬、驢》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第6部分：駱駝》、GB/TXXX.2《家畜遺傳資源保種場(chǎng)保種技術(shù)規(guī)范第7部分：兔》的規(guī)定執(zhí)行。如發(fā)生以上不符合監(jiān)測(cè)指標(biāo)的個(gè)體，應(yīng)補(bǔ)充更新至相應(yīng)規(guī)定數(shù)量。9遺傳資源補(bǔ)充交換當(dāng)累積近交系數(shù)超過0.125時(shí)，應(yīng)從原產(chǎn)地或主產(chǎn)區(qū)引入同一遺傳資源的活體或精液等GB/Txxxx.1-xxxx遺傳材料。引入前應(yīng)按相關(guān)規(guī)定進(jìn)行隔離和檢疫。10.證實(shí)方法記錄保種群日常生產(chǎn)管理、留種和選配、生產(chǎn)性能測(cè)定、保護(hù)效果監(jiān)測(cè)和遺傳資源補(bǔ)充交換等內(nèi)容。檔案應(yīng)以紙質(zhì)和電子兩種版本定期備份保存。GB/Txxxx.1-xxxx附錄A（資料性附錄）家畜遺傳資源保種場(chǎng)基本信息登記表家畜遺傳資源保種場(chǎng)基本信息登記表見表A.1表A.1家畜遺傳資源保種場(chǎng)基本信息登記表真后備公畜數(shù)后備母畜數(shù)GB/Txxxx.1-xxxx附錄B（規(guī)范性附錄）群體平均近交系數(shù)與群體有效含量的計(jì)算B.1近交系數(shù)計(jì)算B.1.1個(gè)體近交系數(shù)個(gè)體近交系數(shù)按公式（B.1）進(jìn)行計(jì)算：式中：FX——個(gè)體近交系數(shù)；N——親本相關(guān)通徑鏈中的個(gè)體數(shù)；FA——親本近交系數(shù)。B.1.2群體平均近交系數(shù)先求出每個(gè)個(gè)體的近交系數(shù)，再計(jì)算其平均值。B.2近交增量計(jì)算a）長(zhǎng)期不引進(jìn)種畜的閉鎖隨機(jī)交配畜群，近交增量按式（B.2）進(jìn)行計(jì)算：式中：ΔF——近交系數(shù)每代增量；NE——群體有效含量；Ns——每代參加配種的公畜數(shù)；ND——每代參加配種的母畜數(shù)；b）如果每代參加配種的公母數(shù)不同按式（B.3）進(jìn)行計(jì)算：式中：NE——群體有效含量；t——世代數(shù)；Nt——連續(xù)t個(gè)世代群體有效含量。B.3群體有效含量計(jì)算在一個(gè)完全閉鎖的實(shí)際大小為N的群體中，群體有效含量（Ne)的計(jì)算如下：a)隨機(jī)留種，隨機(jī)交配的群體群體有效含量（Ne)按式（B.4）進(jìn)行計(jì)算：式中：Nm——群體內(nèi)的公畜數(shù)量；GB/Txxxx.1-xxxxNf——群體內(nèi)的母畜數(shù)量。注：當(dāng)Nm=Nf=N2時(shí)，Ne≈Nb)各家系等量留種，隨機(jī)交配群體群體有效含量（Ne)按式（B.5）進(jìn)行計(jì)算：注：當(dāng)Nm=Nf=N2時(shí)，Ne≈2N。在兩種情況下群體實(shí)際大小與有效群體含量的關(guān)系參考表B.1。在家畜保種場(chǎng)中根據(jù)實(shí)際群體大小在兩種留種的方式下直接推算群體有效含量。表B.1隨機(jī)交配時(shí)實(shí)際群體大小與群體有效含量（Ne）的關(guān)系NeNe♂♀♂♀GB/Txxxx.1-xxxx（規(guī)范性附錄）基于分子標(biāo)記的遺傳多樣性監(jiān)測(cè)指標(biāo)的計(jì)算C.1雜合度計(jì)算C.1.1單個(gè)位點(diǎn)雜合度個(gè)體單個(gè)位點(diǎn)按照公式（C.1）進(jìn)行計(jì)算：式中：Pi——表示k等位基因i的頻率C.1.2多個(gè)位點(diǎn)雜合度個(gè)體多個(gè)位點(diǎn)按照公式（C.2）進(jìn)行計(jì)算：式中：Pi——表示k等位基因i的頻率；m——表示代表位點(diǎn)數(shù)量；C.1.3群體平均雜合度先求出每個(gè)個(gè)體的雜合度，再計(jì)算其平均值。C.2分子近交系數(shù)計(jì)算C2.1個(gè)體近交系數(shù)按公式（C.3）進(jìn)行計(jì)算：式中：LROHj——基因組上不同長(zhǎng)度連續(xù)純合片段；LGenome——基因組上被標(biāo)記覆蓋的全部長(zhǎng)度；C.2.2群體平均近交系數(shù)計(jì)算先求出每個(gè)個(gè)體的近交系數(shù)，再計(jì)算其平均值。C.3分子家系數(shù)量基于分子標(biāo)記的親緣關(guān)系系數(shù)(kinshipcoefficient,φ)按公式（C.4）進(jìn)行計(jì)算:式中：φij——個(gè)體i和個(gè)體j之間的親緣關(guān)系系數(shù)；xim——個(gè)體i在第m個(gè)SNP位點(diǎn)上的基因型值（0,1,2）；xjm——個(gè)體j在第m個(gè)SNP位點(diǎn)上的基因型值（0,1,2pm——該位點(diǎn)m的等位基因頻率；Mij——SNP位