變性梯度凝膠電泳

變性梯度凝膠電泳變性梯度凝膠電泳（DGGE）是一種根據(jù)DNA片段的熔解性質而使之分離的凝膠系統(tǒng)。核酸的雙螺旋結構在一定條件下可以解鏈，稱之為變性。核酸50%發(fā)生變性時的溫度稱為熔解溫度（Tm）。Tm值主要取決于DNA分子中GC含量的多少。DGGE將凝膠設置在雙重變性條件下：溫度50~60℃詳細實驗方法變性梯度凝膠電泳(DGGE)實驗材料DNA樣品試劑、試劑盒尿素去離子甲酰胺丙烯酰胺甲叉雙丙烯酰胺瓊脂糖

儀器、耗材PCR擴增儀變性梯度凝膠電泳儀凝膠成像及分析系統(tǒng)紫外透射儀高速離心機電泳儀電泳槽微量加樣器Tip頭Tip頭盒Eppendorf管Eppendorf管架一、實驗原理變性梯度凝膠電泳（DGGE）是一種根據(jù)DNA片段的熔解性質而使之分離的凝膠系統(tǒng)。核酸的雙螺旋結構在一定條件下可以解鏈，稱之為變性。核酸50%發(fā)生變性時的溫度稱為熔解溫度（Tm）。Tm值主要取決于DNA分子中GC含量的多少。DGGE將凝膠設置在雙重變性條件下：溫度50~60℃為了提高DGGE的突變檢出率，可以人為地加入一個高熔點區(qū)——GC夾。GC夾（GCclamp）就是在一側引物的5′端加上一個30~40bp的GC結構，這樣在PCR產(chǎn)物的一側可產(chǎn)生一個高熔點區(qū)，使相應的感興趣的序列處于低熔點區(qū)而便于分析。因此，DGGE的突變檢出率可提高到接近于100%。作為一種突變檢測技術，DGGE具有如下的優(yōu)點：（1）突變檢出率高。DGGE的突變檢出率為99%以上。（2）檢測片段長度可達1kb，尤其適用于100~500bp的片段。（3）非同位素性。DGGE不需同位素摻入，可避免同位素污染及對人體造成的傷害。（4）操作簡便、快速。DGGE一般在24小時內(nèi)即可獲得結果。（5）重復性好。但是，該方法需要特殊的儀器，而且合成帶GC夾的引物也比較昂貴。二、實驗用品1．PCR擴增儀；變性梯度凝膠電泳儀；凝膠成像及分析系統(tǒng)；紫外透射儀；高速離心機；電泳儀；電泳槽。2．尿素、去離子甲酰胺、丙烯酰胺、甲叉雙丙烯酰胺、瓊脂糖3．微量加樣器（200μl，20μl）；Tip頭（200μl，20μl）。Tip頭盒（200μl，20μl）；Eppendorf管（0.5ml，0.2ml），Eppendorf管架。4．PCR擴增相關試劑三、實驗步驟1．PCR反應（同前）其中，上游引物加40bp[GC]Clamp。2．PCR產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳確認。3．垂直變性梯度凝膠電泳變性梯度遞增的方向與電泳方向垂直。所使用的膠為6%聚丙烯酰胺凝膠，變性濃度為0～100%。其中，含7M尿素和40%去離子甲酰胺的膠為100%變性，不含尿素和去離子甲酰胺的膠為0%變性。垂直變性梯度凝膠電泳主要是檢測引物的最適解鏈條件（即變性濃度）。PCR產(chǎn)物加上樣緩沖液后上樣，300～400μl/孔，電壓150V，溫度60℃4．平行變性梯度凝膠電泳變性梯度遞增的方向與電泳方向平行。根據(jù)垂直變性梯度凝膠電泳檢測的解鏈區(qū)域的變性濃度，制備相應變性濃度的平行變性梯度凝膠，檢測各標本是否存在突變。PCR產(chǎn)物加上樣緩沖液后，25μl～30μl/孔，電壓150V，溫度60℃5．染色5分鐘，凝膠成像儀分析結果。四、注意事