化學(xué)相關(guān)軟件的使用.ppt

第4章 化學(xué)相關(guān)軟件的簡介及應(yīng)用,主要內(nèi)容,Photoshop軟件的使用 ChemBioOffice軟件的使用,4.1 ChemBioOffice軟件,Chembiodraw軟件使用簡介 Chem3D Pro：分子建模、計算，3D視覺呈現(xiàn)。 ChemBioFinder Std：支持結(jié)構(gòu)式、圖片的，化學(xué)和生物信息數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建、智能搜索、管理。 ChemBioViz Pro：多庫數(shù)據(jù)挖掘、分析，動態(tài)圖表創(chuàng)建。 E Notebook Pro for：日常工作記錄保存、查詢、管理。 MNova Lite：NMR數(shù)據(jù)處理、模擬、分析。,Chembiodraw軟件使用簡介,常用術(shù)語,點位：移動鼠標(biāo)直到鼠標(biāo)的光標(biāo)放到所要進(jìn)行操作的位置，如果選擇的位置在圖形結(jié)構(gòu)中的鍵、原子、線等的上面， 一般出現(xiàn)黑方塊，稱之為光標(biāo)塊，選擇塊或操作塊。,選擇：用鼠標(biāo)的光標(biāo)選中某種選擇，使對象產(chǎn)生光標(biāo)。選擇對象并不意味著動作，只是標(biāo)記要操作的對象和點位； 單擊：快速按下鼠標(biāo)鍵(左或右鍵)，然后快速抬起； 雙擊：快速操作兩次單擊； 拖動：由三部分動作組成按下鼠標(biāo)左鍵選擇對象，移動鼠標(biāo)，將被選的對象移動到指定位置后抬起鼠標(biāo)；,ChemBioDraw 起始界面,圖形工具板,狀態(tài)/信息欄,編輯區(qū),滾動欄,菜單欄,工具欄,ChemBioDraw 操作界面介紹,鍵工具,模板工具 27類,箭頭工具,軌道工具,畫圖工具,基元工具,符號工具,弧形工具,原子反應(yīng)工具,模板工具,氨基酸模板工具,芳香化合物模板工具,快捷鍵,命令,灰色表示命令未激活,小三角 表示 子菜單,省略號表示新對話框,國外化學(xué)刊物默認(rèn)文檔格式,打開文件,文件格式介紹,1 CD Template(*.ctp, *.ctr)用于保存模板文檔 2 ChemDraw (*.cdx)ChemDraw原本格式，是一個公共標(biāo)記的文件格式，易被其它程序建立和解釋 3 ChemDraw Steyl Sheet(*.cds)用于存儲文件設(shè)置和其它物體 4 Connection Table(*.ct)一種實例格式，存儲關(guān)于原子與元素、系列編號、X和Y軸、鍵序、鍵類型等的連接和聯(lián)系的列表。是用于多類應(yīng)用程序間互換信息的通用格式 5 DARC-F1 (*.fld)Questel DARC系統(tǒng)中存儲結(jié)構(gòu)的原本文件格式 6 DARC-F1 Query(*.flq)Questel DARC系統(tǒng)中存儲查詢的原本文件格式 7 ISIS Reaction(*.rxn)MDL開發(fā)的格式，用于存儲元素反應(yīng)信息,8 ISIS Sketch(*.skc)在Windows或Macintosh環(huán)境下，存儲并傳輸?shù)搅硗獾腎SIS應(yīng)用程序中 9 MDL MolFile (*.mol)MDL(分子設(shè)計有限公司) MolFile文件格式用于其它一些在Windows、Macintosh和Unix環(huán)境下的化學(xué)數(shù)據(jù)庫和繪畫應(yīng)用軟件 10 Galactic Spectra(*.spc)銀河圖譜文件格式 11 Jcamp Spectra(*.jdx，*.dx)圖譜文件格式，可讀入紫外、質(zhì)譜、紅外、核磁等數(shù)據(jù)文件 12 MSI ChemNote(*.msm)一種ASCII文本文件，可以用于像 ChemNote一類的應(yīng)用程序 13 SMD 4.2 (*.smd)ASCII文本文件，一般用于檢索化學(xué)文摘數(shù)據(jù)庫 14 Windows Metafile(*.wmf)圖片文件格式，可以將ChemDraw圖片傳輸?shù)狡渌鼞?yīng)用程序中，如Word。WMF 文件格式含有中 ChemDraw的結(jié)構(gòu)信息，可被ChemDraw早期版本編輯,ChemBioDraw使用實例,一、反應(yīng)方程式,選擇,點位,拖動,定位,單擊,單擊,定位,單擊生成雙鍵,拖動生成雙鍵,一、反應(yīng)方程式,雙擊生成文本框,輸入字母,按Ctrl鍵,拖動復(fù)制,一、反應(yīng)方程式,一、反應(yīng)方程式,定位,單擊生成一單鍵,再定位,連續(xù)單擊生成三單鍵,定位,雙擊后輸入OH,一、反應(yīng)方程式,用套索或蓬罩進(jìn)行部分選擇,一、反應(yīng)方程式,按Ctrl鍵,拖動復(fù)制,生成獨立的兩個分子,一、反應(yīng)方程式,選擇反應(yīng)箭頭,在兩個分子中單擊 生成一反應(yīng)箭頭,一、反應(yīng)方程式,箭頭上方建立文本框,輸入反應(yīng)條件,一、反應(yīng)方程式,選擇電荷,定位,添加負(fù)電荷,一、反應(yīng)方程式,選擇居中,分子下方建立文本框,一、反應(yīng)方程式,依次輸入文本信息,一、反應(yīng)方程式,選擇陰影框,將反應(yīng)方程式全部罩上,二、繪制中間體結(jié)構(gòu),二、繪制中間體結(jié)構(gòu),選擇環(huán)己烷以建立六員環(huán)模型,選擇橡皮，擦去六員環(huán)一部,二、繪制中間體結(jié)構(gòu),選擇單鍵定位,連續(xù)單擊生成新的單鍵,單擊單鍵中央，生成雙鍵,二、繪制中間體結(jié)構(gòu),在原子上定位建立標(biāo)記,二、繪制中間體結(jié)構(gòu),選擇筆工具,在曲線菜單中 選擇箭頭位于末端,二、繪制中間體結(jié)構(gòu),定位拖動鼠標(biāo)左鍵,定位單擊生成曲線箭,按Esc鍵退出繪制模式,單擊箭頭,二、繪制中間體結(jié)構(gòu),用小手形光標(biāo)移動 造另一虛線,小手形光標(biāo) 選中虛線柄,二、繪制中間體結(jié)構(gòu),拖動改變 虛線箭形狀,按Esc鍵,三、復(fù)雜環(huán)結(jié)構(gòu),三、復(fù)雜環(huán)結(jié)構(gòu),選擇環(huán)己烷； 并添加第一個環(huán),添加第二個環(huán),三、復(fù)雜環(huán)結(jié)構(gòu),橡皮擦去多余部分,三、復(fù)雜環(huán)結(jié)構(gòu),選擇鍵工具；單擊生成新的單雙鍵,三、復(fù)雜環(huán)結(jié)構(gòu),在原子上定位建立標(biāo)記,四、Fischer葡萄糖結(jié)構(gòu)圖,四、Fischer葡萄糖結(jié)構(gòu)圖,選擇鍵工具；連續(xù)單擊生成五連鍵,四、Fischer葡萄糖結(jié)構(gòu)圖,建立與五連鍵垂直的水平鍵,四、Fischer葡萄糖結(jié)構(gòu)圖,在原子上定位建立標(biāo)記,五、透視圖形,五、透視圖形,選擇環(huán)己烷,旋轉(zhuǎn)環(huán)己烷,在原子上定位建立標(biāo)記,旋轉(zhuǎn)指示箭頭,五、透視圖形,添加垂直鍵,按Alt鍵，任意鍵長,五、透視圖形,選擇套索工具，陰影右下腳按Shift鍵,向上按動， 垂直壓縮50,五、透視圖形,在原子上定位建立標(biāo)記,五、透視圖形,選擇黑體楔鍵,單擊下部兩側(cè)鍵的中央,五、透視圖形,選擇黑體鍵,單擊底鍵的中央,六、Newman結(jié)構(gòu),六、Newman結(jié)構(gòu),選擇鍵工具； 連續(xù)單擊生成三鍵對稱結(jié)構(gòu),按Ctrl鍵,拖動復(fù)制,六、Newman結(jié)構(gòu),選擇鍵工具；按住Alt鍵，連接兩個結(jié)構(gòu),六、Newman結(jié)構(gòu),選擇軌道工具,定位中心原子；按住Alt鍵， 按下鼠標(biāo)鍵，向外按動建立軌道,六、Newman結(jié)構(gòu),部分選擇