磷酸化蛋白質(zhì)組如何鑒定

1、磷酸化蛋白質(zhì)組如何鑒定 接著上次的內(nèi)容，今天，小編跟您聊聊磷酸化蛋白質(zhì)組鑒定！蛋白質(zhì)翻譯后修飾（PTMs）幾乎參與了細(xì)胞所有正常生命活動的過程，并發(fā)揮十分重要的調(diào)控作用。蛋白修飾已經(jīng)成為國際上蛋白質(zhì)研究的一個極其重要的領(lǐng)域，目前研究比較成熟的有磷酸化、乙?；⑻腔?、泛素化等。蛋白質(zhì)磷酸化是生物體中最常見、最重要的一種蛋白質(zhì)翻譯后修飾方式，它可以通過激發(fā)、調(diào)節(jié)諸多信號通路進(jìn)而參與調(diào)控生物體的生長、發(fā)育、逆境應(yīng)激、疾病發(fā)生等多種生命過程，一直是生物學(xué)研究的重點與熱點。根據(jù)客戶需求，金開瑞蛋白質(zhì)組平臺可提供磷酸化蛋白質(zhì)組全譜鑒定、label-free定量技術(shù)服務(wù)。磷酸化蛋白質(zhì)組全譜鑒定以組織、細(xì)胞

2、等較為復(fù)雜樣本為研究對象，目的在于鑒定樣品中發(fā)生磷酸化的蛋白質(zhì)以及相應(yīng)的磷酸化位點。首先對蛋白樣本進(jìn)行酶解，TiO2或IMAC-Fe或IMAC-Ti富集磷酸化多肽，5600-plus質(zhì)譜檢測，利用得到的質(zhì)譜譜圖與相應(yīng)數(shù)據(jù)庫搜索比較，從而得到肽段序列結(jié)果，同時通過生物信息軟件計算出磷酸化位點。對于磷酸化位點鑒定，為了增加定位修飾位點的準(zhǔn)確性，金開瑞采用較流行的Ascore算法對發(fā)生在各位點的磷酸化修飾做進(jìn)一步打分評估，從而正確辨別真實修飾位點。技術(shù)路線：技術(shù)特點：富集方法特異性高，對低PH溶液、去垢劑、鹽類、其它低分子污染物有更高的耐受性，容易與非磷酸化肽段分離；通量大，一次可以鑒定1000個以

3、上磷酸化位點。適用范圍：已知物種基因組序列、ESTs序列或蛋白質(zhì)序列全庫；無其他特別要求。經(jīng)典案例：題目：Identification of tyrosine-phosphorylated proteins associated with lung cancer metastasis using label-free quantitative analyses.（用Label-free定量技術(shù)鑒定肺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)的酪氨酸磷酸化蛋白）期刊：Journal of proteome research主要技術(shù)：Label-free定量技術(shù)文章摘要：酪氨酸磷酸化（P-酪氨酸）蛋白可參與肺癌的侵襲和轉(zhuǎn)移，但目

4、前已被報道的數(shù)量還較少。本文采用Label-free定量技術(shù)進(jìn)行大規(guī)模研究酪氨酸磷酸化蛋白及其參與轉(zhuǎn)移過程的情況，共鑒定到來自276個磷酸化蛋白的335個P-Tyr位點。Label-free定量結(jié)果顯示，有36個磷酸化肽在不同酪氨酸磷酸化蛋白侵襲能力的樣品間呈現(xiàn)顯著差異。從這些肽段中提取了兩個新的位點保守序列和4個已知的特定激酶和磷酸化motif序列：EGFR, Src, JAK2和TC-PTP。通過對P-絡(luò)氨酸蛋白的蛋白相互作用分析發(fā)現(xiàn)，有11個蛋白連接在包含EGFR, c-Src, c-Myc和STAT的互作網(wǎng)絡(luò)中，該網(wǎng)絡(luò)已被確認(rèn)與肺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)。這11個蛋白中有7個之前未報道，這將提供一個

5、更好的、全面的了解肺癌的侵襲/轉(zhuǎn)移的機(jī)制及治療方法。 圖：新發(fā)現(xiàn)的三個motif展示 Wu HY, Tseng VS et al. Identification of tyrosine-phosphorylated proteins associated with lung cancer metastasis using label-free quantitative analyses. Journal of proteome research 圖： 表達(dá)量發(fā)生顯著變化的酪氨酸磷酸化蛋白的網(wǎng)絡(luò)互作圖 Wu HY, Tseng VS et al. Identification of tyrosine-phosphorylated proteins associated with lung cancer metastasis using label-free quantitative analyses. Journal of proteome research 參考文獻(xiàn)：Wu HY, Tseng VS, Chen LC, Chang HY, Chuang IC, Tsay YG, Liao PC: Identification of tyrosine-phosphorylated proteins associated with lung cancer metastas